+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4we2 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Donor strand complemented FaeG of F4ab fimbriae | |||||||||
要素 | K88 fimbrial protein AB | |||||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Adhesin / Lectin / Immunoglobulin-like fold | |||||||||
機能・相同性 | pilus / K88 fimbrial protein AB 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Moonens, K. / Van den Broeck, I. / De Kerpel, M. / Deboeck, F. / Raymaekers, H. / Remaut, H. / De Greve, H. | |||||||||
資金援助 | ベルギー, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: Structural and Functional Insight into the Carbohydrate Receptor Binding of F4 Fimbriae-producing Enterotoxigenic Escherichia coli. 著者: Moonens, K. / Van den Broeck, I. / De Kerpel, M. / Deboeck, F. / Raymaekers, H. / Remaut, H. / De Greve, H. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4we2.cif.gz | 118.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4we2.ent.gz | 90.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4we2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4we2_validation.pdf.gz | 426.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4we2_full_validation.pdf.gz | 428 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4we2_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4we2_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/4we2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/4we2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29134.211 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 40-285 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: faeG / プラスミド: pDEST14 / 詳細 (発現宿主): Gateway technology / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P02970 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18 mM Na/K-phosphate, 18% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→51.43 Å / Num. obs: 41977 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 89.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3HLR 解像度: 1.5→51.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.774 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.167 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.5→51.43 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|