PDB-4wbo: Bovine G Protein Coupled Receptor Kinase 1 in Complex with Amlexanox

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wbo

タイトル

Bovine G Protein Coupled Receptor Kinase 1 in Complex with Amlexanox

要素

Rhodopsin kinase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / G-Protein-Coupled Receptor Kinase 1 / Amlexanox / Phosphorylation / Protein Conformation / Protein Kinase Inhibitors / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

rhodopsin kinase / rhodopsin kinase activity / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / regulation of signal transduction / visual perception / photoreceptor disc membrane / protein autophosphorylation / signal transduction / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.81 Å

データ登録者

Homan, K.T. / Tesmer, J.J.G.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	HL071818, HL086865	米国
American Heart Association	N014938	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	P60DK020572	米国

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2014
タイトル: Identification and characterization of amlexanox as a g protein-coupled receptor kinase 5 inhibitor.
著者: Homan, K.T. / Wu, E. / Cannavo, A. / Koch, W.J. / Tesmer, J.J.

履歴

登録	2014年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wbo.cif.gz	763.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wbo.ent.gz	644.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wbo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/4wbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/4wbo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l9i
類似構造データ	7bv5-2 1dig-d 3p2o-d 4pni-d 1a4i-d 4hdh-1 6lw4-d 2vsy-2 3e1h-d 2xgo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (6) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (3) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3)

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「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (6)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (3)
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アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
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バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)
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カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (3)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Rhodopsin kinase

B: Rhodopsin kinase

C: Rhodopsin kinase

D: Rhodopsin kinase

ヘテロ分子

246 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Rhodopsin kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Rhodopsin kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Rhodopsin kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Rhodopsin kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	118.112, 119.166, 174.261
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	ARG	ARG	A	A	30 - 532	30 - 532
2	1	SER	SER	ARG	ARG	B	B	30 - 532	30 - 532
1	2	ARG	ARG	TRP	TRP	A	A	31 - 531	31 - 531
2	2	ARG	ARG	TRP	TRP	C	C	31 - 531	31 - 531
1	3	SER	SER	TRP	TRP	A	A	30 - 531	30 - 531
2	3	SER	SER	TRP	TRP	D	D	30 - 531	30 - 531
1	4	ARG	ARG	TRP	TRP	B	B	31 - 531	31 - 531
2	4	ARG	ARG	TRP	TRP	C	C	31 - 531	31 - 531
1	5	SER	SER	TRP	TRP	B	B	30 - 531	30 - 531
2	5	SER	SER	TRP	TRP	D	D	30 - 531	30 - 531
1	6	ARG	ARG	TRP	TRP	C	C	31 - 531	31 - 531
2	6	ARG	ARG	TRP	TRP	D	D	31 - 531	31 - 531

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Rhodopsin kinase / RK / G protein-coupled receptor kinase 1 分子量: 61215.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GRK1, RHOK / プラスミド: PFastBac / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P28327, rhodopsin kinase
#2: 化合物	ChemComp-ANW / 2-amino-7-(1-methylethyl)-5-oxo-5H-chromeno[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid 分子量: 298.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₄N₂O₄ / コメント: 抗炎症剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.01 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25 / 詳細: 500 mM NaCl, 100 mM MES pH 6.25, and 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.82→25 Å / Num. obs: 60016 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 2.82→2.87 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0032 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.81→24.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 33.617 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.406 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26726	3023	5 %	RANDOM
R_work	0.24149	-	-	-
obs	0.24277	56928	99.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.114 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.81→24.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15786	0	92	54	15932

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	16255
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	15522
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.919	1.976	21938
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.906	3	35692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.699	5	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.472	23.596	801
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.984	15	2832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.107	15	129
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	18378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3883
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.191	4.513	7847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.191	4.513	7846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.079	6.765	9793
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.079	6.765	9794
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.002	4.548	8408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.002	4.548	8406
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.807	6.789	12143
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.675	34.974	18128
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.675	34.974	18129
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数
1	1	A	30113
1	2	B	30113
2	1	A	29291
2	2	C	29291
3	1	A	29901
3	2	D	29901
4	1	B	29480
4	2	C	29480
5	1	B	30036
5	2	D	30036
6	1	C	29325
6	2	D	29325

LS精密化シェル

解像度: 2.815→2.887 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.444	236	-
R_work	0.406	3886	-
obs	-	-	94.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7036	-0.6956	-0.1263	4.3276	0.6515	1.0876	-0.178	0.2501	0.2649	0.0415	0.1442	-0.1086	0.1609	0.186	0.0338	0.2304	-0.0449	-0.0515	0.252	0.0359	0.0273	51.9027	-79.0434	-19.4556
2	4.7687	-1.2569	-0.9156	7.3329	-1.6124	4.9113	0.2258	-0.0989	0.7078	0.0568	0.0597	0.994	-0.821	-0.1733	-0.2855	0.328	-0.032	0.0833	0.2153	-0.0349	0.535	35.1072	-53.6976	-11.033
3	4.6842	-0.6976	0.9899	8.6284	-0.8734	4.5409	-0.1627	-0.3251	0.7377	0.7098	0.1057	-1.1619	0.0173	0.2638	0.0569	0.1292	0.0701	-0.0872	0.3553	-0.1513	0.6608	59.1964	-46.3814	-6.3378
4	3.3781	-1.4465	3.014	7.2939	-1.1611	5.2724	-0.089	-0.0708	-0.2743	-0.1001	0.1788	0.5256	-0.092	0.0102	-0.0898	0.1841	0	0.0423	0.2077	0.01	0.0668	-27.4212	-76.9924	18.2751
5	6.4162	-1.9154	1.1728	5.5327	-1.5111	5.5552	-0.5961	-1.451	1.1623	2.0361	0.3028	-1.0832	-1.0511	0.497	0.2932	0.9747	0.0219	-0.3599	0.7305	-0.3158	0.4916	-12.2512	-54.9029	35.5357
6	3.7492	-1.289	2.8483	9.3985	-2.2691	7.1236	0.1255	0.0937	-0.1413	0.2145	0.2383	0.5506	0.0429	-0.0913	-0.3638	0.2875	-0.0009	0.0618	0.14	-0.0441	0.2406	28.1086	-69.1539	22.6194
7	4.3901	0.5178	1.5151	5.377	1.1556	3.2052	0.2604	-0.9458	0.3585	2.5024	0.0774	-0.2932	0.1089	0.0833	-0.3378	1.51	-0.0699	-0.2057	0.5243	-0.1202	0.624	38.3619	-47.9894	42.6119
8	3.1828	-0.7487	0.1831	7.1591	0.3275	4.709	-0.1599	0.1064	0.0628	0.7181	0.0206	-0.1582	-0.4176	-0.3163	0.1393	0.5379	-0.0231	0.0885	0.2556	-0.0385	0.2033	25.6896	-32.6848	26.5148
9	6.1466	-1.505	-0.9704	5.3762	2.038	2.8092	-0.2146	0.1176	0.0113	-0.2496	0.2691	-1.1237	0.41	0.5482	-0.0544	0.3534	0.1015	0.0817	0.2936	0.0765	0.4532	-10.3937	-87.448	-27.0155
10	5.5465	-2.3497	-0.6276	9.6803	-1.2935	6.2127	0.0703	-0.1318	0.7669	0.1253	0.1395	-0.4091	-0.9005	0.0039	-0.2099	0.1952	-0.0079	-0.0076	0.1899	0.0044	0.1589	-25.3506	-61.2923	-15.9968
11	4.6308	0.5957	0.4358	7.7498	0.2791	3.9402	-0.1072	-0.313	0.2979	0.3415	0.4961	-1.8231	-0.4739	0.8994	-0.3889	0.3141	-0.0468	-0.0393	0.7185	-0.2282	1.0874	-0.9273	-54.443	-14.1362

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 184
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	512 - 533
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	185 - 268
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	478 - 511
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	601
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	269 - 477
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	30 - 184
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	512 - 533
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	185 - 268
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	478 - 511
11	X-RAY DIFFRACTION	5	B	601
12	X-RAY DIFFRACTION	6	C	31 - 184
13	X-RAY DIFFRACTION	6	C	512 - 531
14	X-RAY DIFFRACTION	7	C	185 - 268
15	X-RAY DIFFRACTION	7	C	494 - 511
16	X-RAY DIFFRACTION	7	C	601
17	X-RAY DIFFRACTION	8	C	269 - 473
18	X-RAY DIFFRACTION	9	D	30 - 184
19	X-RAY DIFFRACTION	9	D	512 - 531
20	X-RAY DIFFRACTION	10	D	185 - 268
21	X-RAY DIFFRACTION	10	D	478 - 511
22	X-RAY DIFFRACTION	10	D	601
23	X-RAY DIFFRACTION	11	D	269 - 477

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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