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- PDB-4w92: Crystal structure of Bacillus subtilis cyclic-di-AMP riboswitch ydaO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w92
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis cyclic-di-AMP riboswitch ydaO
要素
  • C-di-AMP ribsoswitch
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
キーワードrna binding protein/rna / riboswitch / cyclic-di-AMP / protein-RNA complex / rna binding protein-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2BA / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.209 Å
データ登録者Jones, C.P. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of a c-di-AMP riboswitch reveals an internally pseudo-dimeric RNA.
著者: Jones, C.P. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2014年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Database references
改定 1.22014年12月3日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
C: C-di-AMP ribsoswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,53211
ポリマ－48,9932
非ポリマー1,5409
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area21730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.281, 83.062, 233.573
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#1: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A


分子量: 10692.992 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 6-96 / 変異: Y31H, Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / プラスミド: pIDTBlue / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012
#2: RNA鎖 C-di-AMP ribsoswitch


分子量: 38299.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)

-
非ポリマー , 4種, 9分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP


分子量: 658.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月7日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 9964 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 86.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 1.611 / Net I/av σ(I): 18.267 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 122045
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
3.2-3.266.84380.5130.4911.08891.1
3.26-3.318.94770.5850.4261.10695.2
3.31-3.389.64690.5690.4431.13598.9
3.38-3.4510.15060.590.411.21199.8
3.45-3.5211.64820.8520.2911.27999.80.962
3.52-3.611.84990.840.281.2021000.9310.973
3.6-3.6912.34810.8780.251.3221000.8450.882
3.69-3.7912.85050.9270.2111.2551000.7290.76
3.79-3.91134820.950.181.2331000.6280.653
3.91-4.0313.45110.9590.1561.2991000.5520.574
4.03-4.1813.54880.9710.1321.2331000.4690.488
4.18-4.3413.75010.9860.1051.3631000.3730.388
4.34-4.5413.95060.9840.0921.3991000.330.343
4.54-4.7813.64930.9870.0671.5381000.2390.248
4.78-5.0813.85080.9990.0611.5381000.2130.222
5.08-5.4713.55040.9940.0461.6981000.1630.17
5.47-6.0213.15180.9970.041.7661000.1390.145
6.02-6.8912.75110.9960.0352.05899.40.120.125
6.89-8.6713.65240.9950.0272.5561000.0950.099
8.67-5012.256110.0183.91599.30.0590.062

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 3.209→48.787 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.01 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2892 1807 9.93 %Random selection
Rwork0.2517 16383 --
obs0.2553 8069 98.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 211.66 Å2 / Biso mean: 100.4238 Å2 / Biso min: 31.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.209→48.787 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数658 2033 98 0 2789
Biso mean--54.75 --
残基数----186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033044
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7284599
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027596
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002215
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7531399
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2094-3.29620.42041100.36841008111881
3.2962-3.39310.3711430.33571278142197
3.3931-3.50260.36811440.31491269141399
3.5026-3.62780.33051390.298212531392100
3.6278-3.7730.30611450.282413211466100
3.773-3.94460.33281400.252512821422100
3.9446-4.15250.25241390.236812791418100
4.1525-4.41250.27271420.235912741416100
4.4125-4.75290.2481390.222912751414100
4.7529-5.23070.27561390.208912961435100
5.2307-5.98650.24211490.214612881437100
5.9865-7.53780.25791460.24512791425100
7.5378-48.79270.29551320.24941281141399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35240.06150.10970.0350.00640.03880.29280.0493-0.0660.21930.03710.02290.0478-0.09530.15581.6375-0.0885-0.11461.01330.19890.320940.6191-153.6712761.2609
20.11960.148-0.02370.21140.05250.28610.11310.1188-0.17720.2978-0.0073-0.1534-0.1006-0.064-0.00180.9646-0.2246-0.23491.1274-0.20020.391842.0671-156.7037751.529
30.09390.02550.19990.06160.10150.4392-0.5817-0.4298-0.8025-0.2099-0.1138-0.0995-0.22260.2676-0.03280.56630.06360.03711.28020.11941.478742.3941-160.2353738.1968
40.101-0.10730.02330.1083-0.02840.0574-0.30510.120.5288-0.0649-0.3469-0.41030.5209-0.2137-0.00080.5328-0.005-0.07540.5896-0.15970.900331.7124-156.4511744.7798
50.01160.0112-0.00490.0045-0.01170.0283-0.3122-0.02620.4368-0.03820.43370.2939-0.2574-0.135600.8237-0.16360.12910.7703-0.17990.858834.212-149.7389748.5748
6-0.00070.0020.0028-0.0031-0.00350.01990.1436-0.4390.20580.1575-0.1514-0.2241-0.08650.20780.14670.2376-0.1356-0.57290.709-0.13812.199347.735-153.6299741.488
70.0007-0.0232-0.01620.76410.50860.33720.0080.1327-0.0862-0.3612-0.0129-0.1121-0.04230.0789-0.4890.769-0.1652-0.05290.4765-0.41830.271436.1333-151.64752.7831
80.1593-0.14830.15150.4666-0.04350.18010.17490.0652-0.1714-0.0874-0.01780.0276-0.0721-0.04680.62080.8561-0.063-0.04460.9745-0.00430.139432.9802-159.9406757.4525
90.1718-0.52920.1682.0975-1.08770.8872-1.11930.4721-0.0511.02430.1184-0.7037-0.24380.2474-0.01950.6225-0.0682-0.13051.1105-0.01841.520637.6691-166.1625745.1451
100.16610.38530.10951.54320.4670.13360.2075-0.55650.07630.5088-0.09690.0076-0.20340.47750.06980.9658-0.0982-0.24251.1078-0.04070.548842.5954-155.232755.972
110.0422-0.01940.11880.18650.03830.378-0.0115-0.07750.00390.01760.00290.0247-0.0162-0.07340.00911.1457-0.1441-0.60771.36970.45160.642939.6864-141.0731756.5213
122.82151.1766-0.92731.83230.66280.9908-0.25370.35410.3026-0.46860.15940.4643-0.1921-0.5839-0.00560.8264-0.0866-0.37981.01940.17341.459765.6915-146.0327723.8217
130.2013-0.14490.23470.246-0.07170.2679-0.5088-0.97721.33380.58780.08120.9739-0.1022-0.05950.00010.9320.03810.18161.2013-0.14861.548783.7583-146.7647738.8935
140.1148-0.3513-0.15581.8913-0.41071.4443-0.21580.0550.577-0.24910.18850.7734-0.099-0.4259-0.00010.7796-0.1147-0.10790.9828-0.09021.329574.2971-142.9455724.4702
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 6 through 10 )B0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 11 through 15 )B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 16 through 22 )B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 23 through 37 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 38 through 45 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 46 through 54 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 55 through 61 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 62 through 72 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 73 through 82 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 83 through 91 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 92 through 96 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 65 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 66 through 82 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 83 through 119 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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