PDB-4w7c: Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant D21H/K26C Disul...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w7c

タイトル

Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant D21H/K26C Disulfide and Metal-Mediated Dimer, C 2 Space Group

要素

fluorescent protein D21H/K26C

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / COPPER (II) ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Leibly, D.J. / Waldo, G.S. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Suite of Engineered GFP Molecules for Oligomeric Scaffolding.
著者: Leibly, D.J. / Arbing, M.A. / Pashkov, I. / DeVore, N. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2014年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w7c.cif.gz	362.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w7c.ent.gz	303.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w7c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/4w7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/4w7c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w69C 4w6aC 4w6bC 4w6cC 4w6dC 4w6fC 4w6gC 4w6hC 4w6iC 4w6jC 4w6kC 4w6lC 4w6mC 4w6nC 4w6oC 4w6pC 4w6rC 4w6sC 4w6tC 4w6uC 4w72C 4w73C 4w74C 4w75C 4w76C 4w77C 4w7aC 4w7dC 4w7eC 4w7fC 4w7rC 4w7xC 2b3pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4w7r-1 4w76-d 4w7r-2 4w77-d 4w7a-2 4w7a-1 5wkz-d 1jnh-3 4gq9-d 6c6x-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: fluorescent protein D21H/K26C

B: fluorescent protein D21H/K26C

C: fluorescent protein D21H/K26C

D: fluorescent protein D21H/K26C

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: fluorescent protein D21H/K26C

B: fluorescent protein D21H/K26C

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: fluorescent protein D21H/K26C

D: fluorescent protein D21H/K26C

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	205.490, 69.420, 102.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.73, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	fluorescent protein D21H/K26C 分子量: 26085.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG400, 0.1M Cacodylate pH 6.5, 0.2M Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→96.15 Å / Num. obs: 46757 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / R_sym value: 0.0733 / Net I/σ(I): 15.63

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p

解像度: 2.5→96.15 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2537	4648	10 %
R_work	0.2265	-	-
obs	0.2292	46491	98.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→96.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7026	0	2	0	7028

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	7184
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.336	9711
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.811	2652
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1052
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1253

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5005-2.5289	0.4803	148	0.434	1331	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5289-2.5586	0.394	149	0.4077	1358	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5586-2.5899	0.4294	156	0.4019	1396	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5899-2.6226	0.5034	151	0.3845	1353	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6226-2.6571	0.4237	155	0.3958	1407	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6571-2.6936	0.4104	152	0.3618	1383	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6936-2.732	0.3862	150	0.3753	1333	X-RAY DIFFRACTION	98
2.732-2.7728	0.3724	159	0.3473	1428	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7728-2.8161	0.3691	148	0.3308	1340	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8161-2.8623	0.3509	157	0.311	1405	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8623-2.9117	0.3548	154	0.3053	1376	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9117-2.9646	0.3401	155	0.2993	1395	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9646-3.0217	0.3652	158	0.3157	1433	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0217-3.0833	0.278	149	0.2868	1346	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0833-3.1504	0.3284	158	0.2509	1414	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1504-3.2237	0.2874	154	0.2481	1373	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2237-3.3043	0.2971	157	0.2446	1411	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3043-3.3936	0.2834	154	0.2252	1399	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3936-3.4935	0.2551	156	0.2315	1411	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4935-3.6063	0.2748	155	0.2408	1398	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6063-3.7352	0.2395	154	0.2177	1381	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7352-3.8847	0.2671	156	0.221	1412	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8847-4.0615	0.2411	156	0.2102	1395	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0615-4.2757	0.241	157	0.1851	1414	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2757-4.5435	0.1856	156	0.176	1411	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5435-4.8943	0.1872	158	0.158	1414	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8943-5.3868	0.1693	158	0.1767	1421	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3868-6.1662	0.2764	154	0.2142	1393	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1662-7.7682	0.251	162	0.2139	1458	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7682-96.2251	0.1843	162	0.2005	1454	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.5101	1.7038	0.9341	2.8831	0.4414	4.0046	-0.246	0.4161	-0.1058	0.0793	0.394	-0.2191	-0.1051	0.5972	-0.1255	0.6293	-0.0393	0.0267	0.5067	-0.164	0.6562	41.3148	44.3806	35.5817
2	4.3859	-0.1145	-0.138	2.1936	-0.5391	5.6865	0.2496	-0.143	-0.5046	0.2678	-0.1185	0.0775	0.4609	-0.0236	-0.1502	0.6352	-0.0186	-0.0112	0.5217	-0.1274	0.682	60.5285	56.1614	63.8784
3	3.7918	0.4543	0.3009	1.8824	0.2919	4.1064	0.2217	-0.1818	0.23	0.2021	-0.2198	-0.0286	-0.6048	0.5457	0.0194	0.7928	-0.0783	-0.007	1.0499	-0.1534	0.659	84.855	71.1388	73.1402
4	6.8021	1.0756	1.8849	2.2945	0.0209	6.0196	0.2117	1.1545	-0.0703	-0.1534	-0.0466	-0.1509	-0.2865	1.2467	-0.1637	0.7652	-0.2383	-0.0415	1.0637	-0.1596	0.6849	104.7553	79.1288	102.1643

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESSEQ 4:229)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B AND RESSEQ 4:229)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN C AND RESSEQ 4:228)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN D AND RESSEQ 6:227)

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