PDB-4w6r: Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant D102C Disulfide...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 4w6r

タイトル

Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant D102C Disulfide Dimer, P 1 Space Group

要素

fluorescent protein D102C

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / dimer / disulfide

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.471 Å

データ登録者

Leibly, D.J. / Waldo, G.S. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Suite of Engineered GFP Molecules for Oligomeric Scaffolding.
著者: Leibly, D.J. / Arbing, M.A. / Pashkov, I. / DeVore, N. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2014年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w6r.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w6r.ent.gz	1020.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w6r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4w6r_validation.pdf.gz	595.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w6r_full_validation.pdf.gz	714 KB	表示
XML形式データ	4w6r_validation.xml.gz	115.9 KB	表示
CIF形式データ	4w6r_validation.cif.gz	153.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w69C 4w6aC 4w6bC 4w6cC 4w6dC 4w6fC 4w6gC 4w6hC 4w6iC 4w6jC 4w6kC 4w6lC 4w6mC 4w6nC 4w6oC 4w6pC 4w6sC 4w6tC 4w6uC 4w72C 4w73C 4w74C 4w75C 4w76C 4w77C 4w7aC 4w7cC 4w7dC 4w7eC 4w7fC 4w7rC 4w7xC 2b3pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ck4-d 6wv7-2 3hy9-d 6qx6-d 3osg-d 6j5z-d 3qvk-d 1sg8-3 6ba1-4 2ymu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: fluorescent protein D102C

B: fluorescent protein D102C

C: fluorescent protein D102C

D: fluorescent protein D102C

E: fluorescent protein D102C

F: fluorescent protein D102C

G: fluorescent protein D102C

H: fluorescent protein D102C

I: fluorescent protein D102C

J: fluorescent protein D102C

K: fluorescent protein D102C

L: fluorescent protein D102C

M: fluorescent protein D102C

N: fluorescent protein D102C

O: fluorescent protein D102C

P: fluorescent protein D102C

430 kDa, 16 ポリマー
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1

A: fluorescent protein D102C

N: fluorescent protein D102C

登録者が定義した集合体
53.7 kDa, 2 ポリマー
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2

B: fluorescent protein D102C

I: fluorescent protein D102C

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53.7 kDa, 2 ポリマー
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3

C: fluorescent protein D102C

D: fluorescent protein D102C

登録者が定義した集合体
53.7 kDa, 2 ポリマー
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4

E: fluorescent protein D102C

J: fluorescent protein D102C

登録者が定義した集合体
53.7 kDa, 2 ポリマー
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5

F: fluorescent protein D102C

O: fluorescent protein D102C

登録者が定義した集合体
53.7 kDa, 2 ポリマー
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6

G: fluorescent protein D102C

P: fluorescent protein D102C

登録者が定義した集合体
53.7 kDa, 2 ポリマー
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7

H: fluorescent protein D102C

M: fluorescent protein D102C

登録者が定義した集合体
53.7 kDa, 2 ポリマー
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8

K: fluorescent protein D102C

L: fluorescent protein D102C

登録者が定義した集合体
53.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.420, 92.560, 124.530
Angle α, β, γ (deg.)	94.94, 96.17, 102.25
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	fluorescent protein D102C 分子量: 26848.260 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M NaSCN

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.471→89.88 Å / Num. obs: 46082 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 1.9 % / R_sym value: 0.09489 / Net I/σ(I): 5.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: DEV_1555)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p

解像度: 3.471→89.88 Å / SU ML: 0.62 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 40.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	4607	10.01 %
R_work	0.307	-	-
obs	0.312	46046	89.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.471→89.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25002	0	0	0	25002

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	26070
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.841	35158
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.745	9607
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	3879
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	4465

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.471-3.5104	0.4323	117	0.3909	1045	X-RAY DIFFRACTION	68
3.5104-3.5517	0.4325	167	0.368	1503	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5517-3.595	0.3958	155	0.3741	1392	X-RAY DIFFRACTION	94
3.595-3.6406	0.4114	160	0.3544	1444	X-RAY DIFFRACTION	94
3.6406-3.6885	0.3586	167	0.3576	1498	X-RAY DIFFRACTION	93
3.6885-3.739	0.3964	160	0.3473	1442	X-RAY DIFFRACTION	95
3.739-3.7924	0.4447	158	0.335	1421	X-RAY DIFFRACTION	94
3.7924-3.849	0.4081	162	0.3535	1454	X-RAY DIFFRACTION	92
3.849-3.9092	0.4169	155	0.3364	1399	X-RAY DIFFRACTION	92
3.9092-3.9732	0.3745	160	0.3343	1434	X-RAY DIFFRACTION	93
3.9732-4.0418	0.3333	156	0.3171	1399	X-RAY DIFFRACTION	90
4.0418-4.1153	0.3241	150	0.3053	1348	X-RAY DIFFRACTION	89
4.1153-4.1944	0.4035	155	0.2971	1401	X-RAY DIFFRACTION	89
4.1944-4.28	0.3239	149	0.2908	1349	X-RAY DIFFRACTION	89
4.28-4.3731	0.3387	152	0.2785	1366	X-RAY DIFFRACTION	87
4.3731-4.4748	0.298	142	0.2808	1272	X-RAY DIFFRACTION	83
4.4748-4.5867	0.3254	138	0.2763	1244	X-RAY DIFFRACTION	80
4.5867-4.7107	0.3337	155	0.2776	1400	X-RAY DIFFRACTION	92
4.7107-4.8493	0.3237	160	0.2598	1433	X-RAY DIFFRACTION	91
4.8493-5.0058	0.3327	155	0.2763	1394	X-RAY DIFFRACTION	92
5.0058-5.1847	0.2865	158	0.2746	1420	X-RAY DIFFRACTION	91
5.1847-5.3923	0.332	157	0.2781	1420	X-RAY DIFFRACTION	91
5.3923-5.6377	0.3391	152	0.2953	1365	X-RAY DIFFRACTION	90
5.6377-5.9348	0.3693	156	0.328	1400	X-RAY DIFFRACTION	91
5.9348-6.3066	0.4018	152	0.3436	1371	X-RAY DIFFRACTION	88
6.3066-6.7934	0.3613	140	0.3467	1263	X-RAY DIFFRACTION	81
6.7934-7.4767	0.3997	158	0.3586	1417	X-RAY DIFFRACTION	92
7.4767-8.5579	0.4026	160	0.3275	1441	X-RAY DIFFRACTION	92
8.5579-10.7792	0.2963	153	0.2528	1372	X-RAY DIFFRACTION	90
10.7792-89.9111	0.3729	148	0.3035	1332	X-RAY DIFFRACTION	85

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 31.9342 Å / Origin y: -3.8347 Å / Origin z: -98.0388 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.8967 Å²	0.0041 Å²	-0.0152 Å²	-	0.8609 Å²	0.0041 Å²	-	-	0.8585 Å²
L	0.062 °²	0.0197 °²	-0.0191 °²	-	0.0089 °²	-0.0319 °²	-	-	0.0075 °²
S	0.0468 Å °	0.0497 Å °	0.0724 Å °	0.0175 Å °	-0.0505 Å °	0.0061 Å °	-0.0862 Å °	-0.0709 Å °	-0.0023 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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