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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4w6m | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant D117C Disulfide Dimer, P 63 Space Group | ||||||
要素 | fluorescent protein D117C | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN / dimer / disulfide | ||||||
機能・相同性 | Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / ACETATE ION 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.794 Å | ||||||
データ登録者 | Leibly, D.J. / Waldo, G.S. / Yeates, T.O. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2015 タイトル: A Suite of Engineered GFP Molecules for Oligomeric Scaffolding. 著者: Leibly, D.J. / Arbing, M.A. / Pashkov, I. / DeVore, N. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Yeates, T.O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4w6m.cif.gz | 350.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4w6m.ent.gz | 294 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4w6m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4w6m_validation.pdf.gz | 481.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4w6m_full_validation.pdf.gz | 506.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4w6m_validation.xml.gz | 34.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4w6m_validation.cif.gz | 44 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4w69C 4w6aC 4w6bC 4w6cC 4w6dC 4w6fC 4w6gC 4w6hC 4w6iC 4w6jC 4w6kC 4w6lC 4w6nC 4w6oC 4w6pC 4w6rC 4w6sC 4w6tC 4w6uC 4w72C 4w73C 4w74C 4w75C 4w76C 4w77C 4w7aC 4w7cC 4w7dC 4w7eC 4w7fC 4w7rC 4w7xC 2b3pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26816.193 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 化合物 | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.48 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 10% PEG3350, 0.1M NaAcetate pH 4.6, 0.2M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.794→73.83 Å / Num. obs: 32658 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.7 % / Rsym value: 0.2659 / Net I/σ(I): 4.81 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2B3P 解像度: 2.794→73.83 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.09 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.794→73.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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