PDB-4w6m: Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant D117C Disulfide...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w6m

タイトル

Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant D117C Disulfide Dimer, P 63 Space Group

要素

fluorescent protein D117C

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / dimer / disulfide

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.794 Å

データ登録者

Leibly, D.J. / Waldo, G.S. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Suite of Engineered GFP Molecules for Oligomeric Scaffolding.
著者: Leibly, D.J. / Arbing, M.A. / Pashkov, I. / DeVore, N. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2014年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w6m.cif.gz	351.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w6m.ent.gz	294 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w6m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4w6m_validation.pdf.gz	481.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w6m_full_validation.pdf.gz	506.2 KB	表示
XML形式データ	4w6m_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	4w6m_validation.cif.gz	44 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w69C 4w6aC 4w6bC 4w6cC 4w6dC 4w6fC 4w6gC 4w6hC 4w6iC 4w6jC 4w6kC 4w6lC 4w6nC 4w6oC 4w6pC 4w6rC 4w6sC 4w6tC 4w6uC 4w72C 4w73C 4w74C 4w75C 4w76C 4w77C 4w7aC 4w7cC 4w7dC 4w7eC 4w7fC 4w7rC 4w7xC 2b3pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1wow-d 4d6p-d 4w6n-2 6uax-d 4w6n-1 1wnx-d 6izi-d 3gyw-1 1rtk-d 4iei-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: fluorescent protein D117C

B: fluorescent protein D117C

C: fluorescent protein D117C

D: fluorescent protein D117C

ヘテロ分子

107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: fluorescent protein D117C

C: fluorescent protein D117C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: fluorescent protein D117C

D: fluorescent protein D117C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.500, 170.500, 79.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	fluorescent protein D117C 分子量: 26816.193 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.48 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 10% PEG3350, 0.1M NaAcetate pH 4.6, 0.2M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.794→73.83 Å / Num. obs: 32658 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.7 % / R_sym value: 0.2659 / Net I/σ(I): 4.81

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: DEV_1555)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p

解像度: 2.794→73.83 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	3266	10 %
R_work	0.261	-	-
obs	0.263	32657	99.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.794→73.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6740	0	12	0	6752

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6987
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.218	9425
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.767	2588
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1025
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1212

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.794-2.8352	0.408	128	0.3869	1157	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8352-2.8795	0.3873	142	0.3782	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8795-2.9267	0.3763	141	0.3606	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9267-2.9771	0.3836	141	0.3558	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9771-3.0313	0.4063	142	0.3553	1285	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0313-3.0896	0.349	144	0.3541	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0896-3.1526	0.3646	143	0.3278	1291	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1526-3.2212	0.3639	140	0.3183	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2212-3.2961	0.3549	144	0.3126	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2961-3.3786	0.3189	140	0.3207	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3786-3.4699	0.3191	145	0.3154	1299	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4699-3.572	0.3298	140	0.3091	1263	X-RAY DIFFRACTION	100
3.572-3.6873	0.2888	143	0.2943	1290	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6873-3.8191	0.3028	141	0.2942	1265	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8191-3.972	0.3334	142	0.2596	1282	X-RAY DIFFRACTION	99
3.972-4.1527	0.2613	142	0.2341	1277	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1527-4.3717	0.2565	143	0.2178	1291	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3717-4.6455	0.2301	143	0.196	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6455-5.0041	0.2404	143	0.2039	1290	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0041-5.5076	0.2003	143	0.202	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5076-6.3041	0.2796	144	0.2385	1296	X-RAY DIFFRACTION	99
6.3041-7.9411	0.2864	144	0.2597	1301	X-RAY DIFFRACTION	99
7.9411-73.8544	0.2474	148	0.2376	1325	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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