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- PDB-4w5a: Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w5a
タイトルComplex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide
要素
  • Peptide from Histone H3.3
  • Transcriptional regulator ATRX
キーワードHYDROLASE/STRUCTURAL PROTEIN / Epigenetic regulation / Complex / Transcription / Mitosis / HYDROLASE-STRUCTURAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


post-embryonic forelimb morphogenesis / Defective Inhibition of DNA Recombination at Telomere Due to DAXX Mutations / Defective Inhibition of DNA Recombination at Telomere Due to ATRX Mutations / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / chromosome, subtelomeric region / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / negative regulation of chromosome condensation / Sertoli cell development / Barr body ...post-embryonic forelimb morphogenesis / Defective Inhibition of DNA Recombination at Telomere Due to DAXX Mutations / Defective Inhibition of DNA Recombination at Telomere Due to ATRX Mutations / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / chromosome, subtelomeric region / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / negative regulation of chromosome condensation / Sertoli cell development / Barr body / : / cellular response to hydroxyurea / meiotic spindle organization / chromo shadow domain binding / DNA translocase activity / seminiferous tubule development / condensed chromosome, centromeric region / inner kinetochore / pericentric heterochromatin formation / muscle cell differentiation / histone H3K9me2/3 reader activity / oocyte maturation / protein localization to chromosome, telomeric region / nucleosomal DNA binding / nuclear chromosome / nucleus organization / forebrain development / : / positive regulation of telomere maintenance / replication fork processing / pericentric heterochromatin / spermatid development / single fertilization / subtelomeric heterochromatin formation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / heterochromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / embryo implantation / telomere organization / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / RNA Polymerase I Promoter Escape / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / helicase activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / PML body / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / multicellular organism growth / male gonad development / Transcriptional regulation of granulopoiesis / osteoblast differentiation / structural constituent of chromatin / nucleosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / positive regulation of cell growth / Oxidative Stress Induced Senescence / spermatogenesis / histone binding / DNA helicase / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / cell population proliferation / nuclear body / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / DNA repair / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
ATRX, ADD domain / : / Cysteine Rich ADD domain / ADD domain / ADD domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Zinc finger, FYVE/PHD-type ...ATRX, ADD domain / : / Cysteine Rich ADD domain / ADD domain / ADD domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator ATRX / Histone H3.3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhao, D. / Xiang, B. / Li, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natral Science Foundation of China31270763 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: ATRX tolerates activity-dependent histone H3 methyl/phos switching to maintain repetitive element silencing in neurons
著者: Noh, K.M. / Maze, I. / Zhao, D. / Xiang, B. / Wenderski, W. / Lewis, P.W. / Shen, L. / Li, H. / Allis, C.D.
履歴
登録2014年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn / struct_conn_type / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator ATRX
C: Peptide from Histone H3.3
B: Transcriptional regulator ATRX
D: Peptide from Histone H3.3
E: Transcriptional regulator ATRX
F: Peptide from Histone H3.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,03415
ポリマ－49,4456
非ポリマー5899
水34219
1
A: Transcriptional regulator ATRX
C: Peptide from Histone H3.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6785
ポリマ－16,4822
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8310 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional regulator ATRX
D: Peptide from Histone H3.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6785
ポリマ－16,4822
非ポリマー1963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8310 Å2
手法PISA
3
E: Transcriptional regulator ATRX
F: Peptide from Histone H3.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6785
ポリマ－16,4822
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area7480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.522, 75.522, 137.599
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator ATRX / ATP-dependent helicase ATRX / X-linked helicase II / X-linked nuclear protein / XNP / Znf-HX


分子量: 14793.869 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 167-289 / 変異: K251R, F284Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATRX, RAD54L, XH2 / プラスミド: pGood6p
詳細 (発現宿主): Modified pGEX6p vector with N-GST and C-His tags
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46100, DNA helicase
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Histone H3.3


分子量: 1687.856 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84243
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 % / 解説: Hexagonal rod-like
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2 / PH範囲: 6

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月14日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 14562 / Num. obs: 14504 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 62.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.756 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QL9

3ql9


解像度: 2.6→37.5 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2597 1111 7.68 %Random selection
Rwork0.2211 ---
obs0.224 14463 99.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3201 0 9 19 3229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.451210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029468
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003567
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5986-2.71690.35281570.29061599X-RAY DIFFRACTION98
2.7169-2.86010.36311500.26921613X-RAY DIFFRACTION100
2.8601-3.03920.33331330.27661658X-RAY DIFFRACTION100
3.0392-3.27370.32471180.25981712X-RAY DIFFRACTION100
3.2737-3.60290.26331490.22891618X-RAY DIFFRACTION100
3.6029-4.12370.23471350.19711685X-RAY DIFFRACTION100
4.1237-5.19320.22091300.19171681X-RAY DIFFRACTION99
5.19-37.60.241390.21581786X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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