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- PDB-6lcy: Crystal structure of Synaptotagmin-7 C2B in complex with IP6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lcy
タイトルCrystal structure of Synaptotagmin-7 C2B in complex with IP6
要素Synaptotagmin-7
キーワードEXOCYTOSIS / Synaptotagmin-7 / IP6 / Insulin secretion
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion regulated lysosome exocytosis / vesicle-mediated cholesterol transport / regulation of glucagon secretion / regulation of bone remodeling / phagosome-lysosome fusion / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / synaptic vesicle recycling / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion sensor activity ...calcium ion regulated lysosome exocytosis / vesicle-mediated cholesterol transport / regulation of glucagon secretion / regulation of bone remodeling / phagosome-lysosome fusion / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / synaptic vesicle recycling / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion sensor activity / short-term synaptic potentiation / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / vesicle fusion / calcium-dependent phospholipid binding / dense core granule / early phagosome / regulation of phagocytosis / plasma membrane repair / syntaxin binding / peroxisomal membrane / insulin secretion / clathrin binding / phosphatidylserine binding / regulation of insulin secretion / regulation of dopamine secretion / regulation of synaptic vesicle endocytosis / phagocytosis / vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / axon terminus / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / SNARE binding / GABA-ergic synapse / phagocytic vesicle membrane / synaptic vesicle / peroxisome / synaptic vesicle membrane / presynaptic membrane / calmodulin binding / lysosome / axon / lysosomal membrane / neuronal cell body / calcium ion binding / synapse / dendrite / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin 7, C2A domain / Synaptotagmin 7, C2B domain / Synaptotagmin / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Synaptotagmin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.301 Å
データ登録者Zhang, Y. / Zhang, X. / Rao, F. / Wang, C.
引用ジャーナル: Nat Metab / 年: 2021
タイトル: 5-IP 7 is a GPCR messenger mediating neural control of synaptotagmin-dependent insulin exocytosis and glucose homeostasis.
著者: Zhang, X. / Li, N. / Zhang, J. / Zhang, Y. / Yang, X. / Luo, Y. / Zhang, B. / Xu, Z. / Zhu, Z. / Yang, X. / Yan, Y. / Lin, B. / Wang, S. / Chen, D. / Ye, C. / Ding, Y. / Lou, M. / Wu, Q. / ...著者: Zhang, X. / Li, N. / Zhang, J. / Zhang, Y. / Yang, X. / Luo, Y. / Zhang, B. / Xu, Z. / Zhu, Z. / Yang, X. / Yan, Y. / Lin, B. / Wang, S. / Chen, D. / Ye, C. / Ding, Y. / Lou, M. / Wu, Q. / Hou, Z. / Zhang, K. / Liang, Z. / Wei, A. / Wang, B. / Wang, C. / Jiang, N. / Zhang, W. / Xiao, G. / Ma, C. / Ren, Y. / Qi, X. / Han, W. / Wang, C. / Rao, F.
履歴
登録2019年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptotagmin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7753
ポリマ－16,4551
非ポリマー1,3202
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area480 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area7940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.406, 104.406, 53.404
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Synaptotagmin-7 / Synaptotagmin VII / SytVII


分子量: 16455.207 Da / 分子数: 1 / 断片: C2B domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Syt7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R0N7
#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM NaCl, 50mM Tris-Cl, 1mM EDTA, 1mM DDT, 5mM IP6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 14840 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 30.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.847 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 60777
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.343.90.5187240.8020.2980.61.002100
2.34-2.384.10.497290.8950.2680.560.94599.9
2.38-2.434.30.4197550.9060.2260.4770.922100
2.43-2.484.30.3777320.9110.2040.430.88100
2.48-2.534.20.3317380.9320.180.3780.89899.9
2.53-2.594.20.3197300.9370.1760.3650.941100
2.59-2.6640.2557550.9530.1430.2930.918100
2.66-2.733.90.2227350.9510.1250.2560.96599.6
2.73-2.814.20.27450.9620.1080.2280.85399.9
2.81-2.94.20.1737330.9680.0940.1980.83699.9
2.9-34.20.1227350.9820.0670.1390.85899.9
3-3.124.10.1017440.9830.0560.1160.87100
3.12-3.263.90.087500.9850.0450.0920.90899.7
3.26-3.444.20.0627260.990.0340.0720.88899.6
3.44-3.654.20.0517590.9920.0280.0590.82699.7
3.65-3.9340.0467360.9930.0260.0530.93599.7
3.93-4.3340.0367460.9940.020.0420.73798.9
4.33-4.954.20.0327520.9970.0170.0360.60799.5
4.95-6.2440.0327530.9960.0180.0370.58998.9
6.24-503.80.0357630.9940.0190.040.56496.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.13精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
MOLREP3.25位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N5A

3n5a


解像度: 2.301→45.209 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2387 740 5.03 %
Rwork0.2016 13973 -
obs0.2034 14713 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.88 Å2 / Biso mean: 33.0726 Å2 / Biso min: 13.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.301→45.209 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1120 0 84 34 1238
Biso mean--57.79 28.76 -
残基数----138
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.301-2.47840.31971560.2455266696
2.4784-2.72780.29931410.2482280699
2.7278-3.12240.23521350.23522829100
3.1224-3.93360.23081590.1952809100
3.9336-100.2041490.1666286399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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