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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lcy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Synaptotagmin-7 C2B in complex with IP6 | ||||||
要素 | Synaptotagmin-7 | ||||||
キーワード | EXOCYTOSIS (エキソサイトーシス) / Synaptotagmin-7 / IP6 / Insulin secretion | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium ion regulated lysosome exocytosis / vesicle-mediated cholesterol transport / regulation of glucagon secretion / phagosome-lysosome fusion / short-term synaptic potentiation / シナプス小胞 / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / regulation of bone remodeling / dense core granule / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter ...calcium ion regulated lysosome exocytosis / vesicle-mediated cholesterol transport / regulation of glucagon secretion / phagosome-lysosome fusion / short-term synaptic potentiation / シナプス小胞 / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / regulation of bone remodeling / dense core granule / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / 小胞融合 / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / plasma membrane repair / regulation of phagocytosis / calcium-dependent phospholipid binding / early phagosome / peroxisomal membrane / syntaxin binding / regulation of synaptic vesicle endocytosis / clathrin binding / phosphatidylserine binding / regulation of dopamine secretion / regulation of insulin secretion / GABA-ergic synapse / axon terminus / 食作用 / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / cellular response to calcium ion / SNARE binding / synaptic vesicle membrane / ペルオキシソーム / phagocytic vesicle membrane / シナプス小胞 / presynaptic membrane / リソソーム / calmodulin binding / lysosomal membrane / 神経繊維 / neuronal cell body / 樹状突起 / シナプス / glutamatergic synapse / calcium ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.301 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Zhang, X. / Rao, F. / Wang, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Metab / 年: 2021 タイトル: 5-IP 7 is a GPCR messenger mediating neural control of synaptotagmin-dependent insulin exocytosis and glucose homeostasis. 著者: Zhang, X. / Li, N. / Zhang, J. / Zhang, Y. / Yang, X. / Luo, Y. / Zhang, B. / Xu, Z. / Zhu, Z. / Yang, X. / Yan, Y. / Lin, B. / Wang, S. / Chen, D. / Ye, C. / Ding, Y. / Lou, M. / Wu, Q. / ...著者: Zhang, X. / Li, N. / Zhang, J. / Zhang, Y. / Yang, X. / Luo, Y. / Zhang, B. / Xu, Z. / Zhu, Z. / Yang, X. / Yan, Y. / Lin, B. / Wang, S. / Chen, D. / Ye, C. / Ding, Y. / Lou, M. / Wu, Q. / Hou, Z. / Zhang, K. / Liang, Z. / Wei, A. / Wang, B. / Wang, C. / Jiang, N. / Zhang, W. / Xiao, G. / Ma, C. / Ren, Y. / Qi, X. / Han, W. / Wang, C. / Rao, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lcy.cif.gz | 49 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lcy.ent.gz | 32.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lcy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lcy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3n5aS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16455.207 Da / 分子数: 1 / 断片: C2B domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Syt7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R0N7 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.91 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100mM NaCl, 50mM Tris-Cl, 1mM EDTA, 1mM DDT, 5mM IP6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月6日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 14840 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 30.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.847 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 60777 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3N5A 解像度: 2.301→45.209 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.21 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.88 Å2 / Biso mean: 33.0726 Å2 / Biso min: 13.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.301→45.209 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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