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- PDB-3ne9: Chronobacterium ammoiniagenes apo-ACPS structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ne9
タイトルChronobacterium ammoiniagenes apo-ACPS structure
要素Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
キーワードTRANSFERASE / acyl carrier protein synthase / acyl carrier protein / fatty acid synthase / ACPS / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project / XMTB / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
4'-phosphopantetheinyl transferase domain / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Ribosomal Protein L22; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium ammoniagenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gokulan, K. / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project (XMTB)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Mycobacterium tuberculosis acyl carrier protein synthase adopts two different pH-dependent structural conformations.
著者: Gokulan, K. / Aggarwal, A. / Shipman, L. / Besra, G.S. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2010年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年7月25日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32020年9月9日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: struct / struct_conn / struct_site
Item: _struct.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._struct.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
B: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
C: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2557
ポリマ－50,8703
非ポリマー3844
水1,31573
1
A: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1493
ポリマ－16,9571
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1493
ポリマ－16,9571
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9571
ポリマ－16,9571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.399, 59.002, 153.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p


分子量: 16956.828 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium ammoniagenes (バクテリア)
遺伝子: ACPS, PPT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O31302
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ACCORDING TO THE AUTHORS THE DISCREPANCIES MAY BE DUE TO ERRORS AT THE GENOMIC SEQUENCING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.46 %
結晶化手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES buffer pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG MME 5K, EVAPORATION

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.9792, 0.97906, 0.96380
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.979061
30.96381
反射解像度: 2.48→30 Å / Num. all: 16681 / Num. obs: 16681 / % possible obs: 94.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.35
反射 シェル解像度: 2.48→2.5 Å / 冗長度: 0.76 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 75.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 10.148 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.607 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2682 842 5.1 %RANDOM
Rwork0.20483 ---
obs0.20811 15717 98.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.139 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å20 Å2
2--1.12 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3225 0 20 73 3318
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0213304
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023055
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.571.9494472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.27437063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3495405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2310.2489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02700
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2610.23664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1080.22153
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.278
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.250.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3270.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4491.52043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.64123263
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.64731261
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0744.51209
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.285 57
Rwork0.214 1118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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