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万見
- PDB-4w4s: Crystal structure of ent-kaurene synthase BJKS from bradyrhizobiu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w4s
タイトルCrystal structure of ent-kaurene synthase BJKS from bradyrhizobium japonicum in complex with BPH-629
要素Uncharacterized protein blr2150
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / ALPHA DOMAIN / KAURENE CYCLIZATION / ENT-CPP
機能・相同性Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / Chem-B29 / Uncharacterized protein blr2150
機能・相同性情報
生物種Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liu, W. / Zheng, Y. / Huang, C.H. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2014
タイトル: Structure, function and inhibition of ent-kaurene synthase from Bradyrhizobium japonicum.
著者: Liu, W. / Feng, X. / Zheng, Y. / Huang, C.H. / Nakano, C. / Hoshino, T. / Bogue, S. / Ko, T.P. / Chen, C.C. / Cui, Y. / Li, J. / Wang, I. / Hsu, S.T. / Oldfield, E. / Guo, R.T.
履歴
登録2014年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2015年1月14日ID: 3W3H
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein blr2150
B: Uncharacterized protein blr2150
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2843
ポリマ－66,8362
非ポリマー4481
水6,485360
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area22700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.776, 65.776, 135.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein blr2150 / ORF8


分子量: 33417.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)
遺伝子: blr2150 / プラスミド: PET-42B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q45222
#2: 化合物 ChemComp-B29 / [2-(3-DIBENZOFURAN-4-YL-PHENYL)-1-HYDROXY-1-PHOSPHONO-ETHYL]-PHOSPHONIC ACID / [2-(3-DIBENZO[B,D]FURAN-4-YLPHENYL)-1-HYDROXYETHANE-1,1-DIYL]BIS(PHOSPHONIC ACID)


分子量: 448.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18O8P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.7M AMMONIUM TARTRATE DIBASIC PH 7.0, 2-4% W/V PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 38697 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→25 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 1875 -
Rwork0.197 --
obs0.197 38697 97.8 %
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4300 0 30 360 4690
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 199 -
Rwork0.179 --
obs--98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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