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- PDB-3zgf: Crystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N- acetylgalact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zgf
タイトルCrystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N- acetylgalactosaminyltransferase (GTA, cisAB mutant L266G, G268A) in complex with in complex with NPE caged UDP-Gal (P2(1)2(1)2(1) space group)
要素HISTO-BLOOD GROUP ABO SYSTEM TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASES
機能・相同性
機能・相同性情報


fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding ...fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / nucleotide binding / Golgi apparatus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 6 / Glycosyltransferase family 6 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(2-NITROPHENYL)ETHYL UDP-GALACTOSE / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Histo-blood group ABO system transferase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Jorgensen, R. / Batot, G.O. / Hindsgaul, O. / Tanaka, H. / Perez, S. / Imberty, A. / Breton, C. / Royant, A. / Palcic, M.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Structures of a Human Blood Group Glycosyltransferase in Complex with a Photo-Activatable Udp-Gal Derivative Reveal Two Different Binding Conformations
著者: Jorgensen, R. / Batot, G. / Mannerstedt, K. / Imberty, A. / Breton, C. / Hindsgaul, O. / Royant, A. / Palcic, M.M.
履歴
登録2012年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22014年8月13日Group: Database references
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTO-BLOOD GROUP ABO SYSTEM TRANSFERASE
B: HISTO-BLOOD GROUP ABO SYSTEM TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7178
ポリマ－69,3082
非ポリマー1,4096
水9,494527
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area22800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.840, 78.450, 155.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9999, -0.006791, 0.0138), (0.008068, -0.9955, 0.09471), (0.01309, 0.09481, 0.9954)
ベクター: 0.2076, -11.5858, 0.5584)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HISTO-BLOOD GROUP ABO SYSTEM TRANSFERASE / FUCOSYLGLYCOPROTEIN 3-ALPHA-GALACTOSYLTRANSFERASE / FUCOSYLGLYCOPROTEIN ALPHA-N- ...FUCOSYLGLYCOPROTEIN 3-ALPHA-GALACTOSYLTRANSFERASE / FUCOSYLGLYCOPROTEIN ALPHA-N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE / GLYCOPROTEIN-FUCOSYLGALACTOSIDE ALPHA-N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFER GLYCOPROTEIN-FUCOSYLGALACTOSIDE ALPHA-GALACTOSYLTRANSFERASE / HISTO-BLOOD GROUP A TRANSFERASE / A TRANSFERASE / HISTO-BLOOD GROUP B TRANSFERASE / B TRANSFERASE / NAGAT / FUCOSYLGLYCOPROTEIN ALPHA-N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE SOLUBLE


分子量: 34654.008 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 64-354 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): GOLD
参照: UniProt: P16442, fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase

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非ポリマー , 5種, 533分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-IUG / 1-(2-NITROPHENYL)ETHYL UDP-GALACTOSE


分子量: 702.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30N3O19P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 7-12% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1 - 0.3 M AMMONIUM SULPHATE, 0.05 M MNCL2, 0.05 M MOPS PH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.90772
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 詳細: MULTILAYER MIRROR
放射モノクロメーター: BENT SI (220) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.90772 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 71207 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2.96 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 20.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.94
反射 シェル解像度: 1.7→1.85 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RIT

2rit


解像度: 1.701→19.984 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.98 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: C-TERMINAL FROM RESIDUE 346 DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2173 2134 3 %
Rwork0.1816 --
obs0.1827 71129 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.364 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1346 Å20 Å20 Å2
2--0.0282 Å20 Å2
3---0.1064 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.701→19.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4697 0 83 527 5307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094951
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1076757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4961829
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079726
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006849
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7012-1.74070.41861270.33784110X-RAY DIFFRACTION90
1.7407-1.78420.29171430.27274589X-RAY DIFFRACTION100
1.7842-1.83250.30031410.23944555X-RAY DIFFRACTION100
1.8325-1.88630.24861410.21754583X-RAY DIFFRACTION100
1.8863-1.94720.26341400.20864559X-RAY DIFFRACTION100
1.9472-2.01670.21871430.19224612X-RAY DIFFRACTION100
2.0167-2.09740.26921410.18774571X-RAY DIFFRACTION100
2.0974-2.19270.24281430.18874609X-RAY DIFFRACTION100
2.1927-2.30820.24321430.17984625X-RAY DIFFRACTION100
2.3082-2.45250.21421420.18484591X-RAY DIFFRACTION100
2.4525-2.64150.23681420.1834658X-RAY DIFFRACTION100
2.6415-2.90660.23321440.18924640X-RAY DIFFRACTION100
2.9066-3.32550.22231440.17754659X-RAY DIFFRACTION100
3.3255-4.18350.17441470.15644721X-RAY DIFFRACTION100
4.1835-19.98530.15821530.14934913X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.19581.12312.47114.27771.48553.78480.0572-0.0090.3141-0.032-0.0576-0.2975-0.18470.150.02030.1073-0.01650.04850.18350.03910.13648.59175.4291-26.8262
22.12560.2348-0.06481.18841.29491.46320.11020.26950.0927-0.208-0.03570.0923-0.0069-0.0522-0.05860.15620.0184-0.03690.19080.00240.08011.6032-11.5742-28.7777
36.164-1.25281.64922.8658-0.2197.72470.0648-0.31590.25090.5983-0.0562-0.2837-0.12560.28060.00620.1706-0.0518-0.02950.15990.01120.132213.3587-1.8115-17.9438
41.0889-0.06650.41380.3524-0.21140.66360.15920.0573-0.25460.0956-0.0052-0.14670.18060.15850.04330.2029-0.0064-0.1920.1384-0.02420.301520.8595-26.8847-12.8882
53.7361-1.88440.83264.2692-1.25592.21270.12690.3819-0.1670.1984-0.1466-0.50590.1730.3553-0.00750.11880.0132-0.07670.1543-0.02720.19923.4734-15.3825-17.4421
66.5619-2.32480.66312.5025-2.31774.93380.2006-0.3687-0.01990.4376-0.0009-0.206-0.19720.1117-0.27460.256-0.0774-0.09090.17450.01090.143420.6137-16.9826-7.5493
70.7748-0.67480.7951.3691-0.65241.1513-0.06160.06170.11410.0923-0.1254-0.3309-0.15350.17970.18550.3533-0.0532-0.29960.18290.09530.517126.5932-30.0781-7.0112
82.3502-1.73780.65852.7010.03792.55790.3842-0.3595-0.24580.3954-0.1398-0.71710.39780.0857-0.3170.2152-0.0586-0.10430.14550.00310.27327.9364-14.1777-9.8487
90.3225-0.13750.15070.1156-0.2070.42630.08220.0064-0.10620.1403-0.0542-0.11840.04160.0141-0.26380.3321-0.0487-0.2750.14730.060.309114.1641-35.2137-7.7795
100.7929-0.36840.85540.649-0.46151.59350.0296-0.1863-0.08280.20510.0145-0.071-0.0231-0.1046-0.04790.4266-0.0898-0.15330.17870.07340.15559.485-27.1153-3.4815
113.9463-2.5457-0.17142.6980.48431.1752-0.0731-0.6388-0.30840.41860.153-0.0050.3242-0.0814-0.07570.3851-0.0997-0.08030.20240.04940.092712.4023-17.1603-2.0752
123.46051.0282-0.49865.5674-2.0463.01260.0320.2655-0.514-0.1861-0.0761-0.42910.29350.03190.01980.13950.0174-0.06610.1647-0.05540.16718.2748-21.9368-20.9418
131.04860.3747-0.71731.7331-0.0811.24010.12510.1851-0.16060.057-0.01120.07640.2114-0.0519-0.09390.16170.0179-0.06920.1441-0.02180.11254.7942-19.972-23.9303
141.02420.5680.24581.26270.18480.46590.1584-0.0584-0.30460.0694-0.01260.10690.2215-0.09370.05130.2533-0.1269-0.15840.13670.00250.2652-7.0314-33.7494-21.1858
151.9247-0.23370.21690.7669-0.32280.61060.20580.1037-0.18970.1274-0.0564-0.06550.16350.0558-0.12630.198-0.0311-0.07530.1429-0.01750.14783.9964-22.1667-18.7702
163.6851-0.01781.31592.1492-0.7652.12470.2636-0.433-0.12430.8961-0.06190.1634-0.0469-0.1764-0.19220.3413-0.0545-0.03470.19690.01330.13221.7848-23.7001-5.918
171.8143-0.1396-3.11876.88351.895.75670.2539-0.3108-0.58490.1413-0.1224-0.12550.30570.0986-0.11230.3307-0.1041-0.15450.210.07460.3378-1.4541-39.4456-9.156
180.70160.6206-0.20424.3394-0.3360.73130.13750.066-0.16450.13140.05750.16130.2517-0.0845-0.06020.169-0.0399-0.08830.13010.00170.1322-0.0131-25.5247-17.3919
191.4481.3725-1.18882.71051.35966.54890.02810.1677-0.1877-0.03510.1501-0.28490.23350.1533-0.14220.11950.0236-0.0650.2013-0.06770.160113.7105-22.4455-32.0659
201.1705-0.24050.02843.0297-2.14163.07470.1561-0.1606-0.6823-0.42710.1448-0.13640.85410.0548-0.08020.29790.0452-0.11290.2211-0.0050.391517.9399-29.5079-24.9895
213.27680.9694-1.43182.7865-0.45130.76610.1421-0.0838-0.2123-0.0474-0.06250.28330.2668-0.1124-0.05750.1998-0.0407-0.07510.2711-0.00850.1183-8.66-19.4862-26.6253
222.9307-0.07970.83841.1631-0.98911.04680.02540.1821-0.0696-0.2231-0.0321-0.01120.0605-0.0718-0.00590.177-0.009-0.0240.2137-0.0030.0768-1.7845-2.8134-29.1262
233.9001-1.688-1.4453.91110.11341.76060.1421-0.4816-0.37720.4703-0.13070.24650.10640.0490.00280.1617-0.0838-0.01170.20690.02370.1608-13.2804-11.2935-17.247
241.7349-0.07540.44070.03240.2172.0179-0.0269-0.08790.2315-0.0234-0.08110.3689-0.0558-0.11660.10220.09160.00360.03020.1324-0.01040.3226-21.038413.75-14.552
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322.97440.81331.49757.18513.0553.017-0.03360.1390.4006-0.3107-0.2310.5104-0.0933-0.23620.27810.07560.00570.02880.16380.02760.1448-18.47338.053-22.1015
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353.483-0.1667-1.49861.78610.89031.58310.1179-0.01480.28020.0724-0.0477-0.0196-0.12330.0001-0.0560.0882-0.0064-0.00670.09690.01160.1061-4.06388.6549-20.1021
363.59930.9472-0.64985.2694-1.10374.97340.1093-0.56650.26910.7659-0.09-0.5982-0.07750.35880.01460.1608-0.0209-0.04090.2091-0.04560.1243-1.721211.5367-7.5405
370.98481.09930.9821.94730.0792.4165-0.0989-0.05750.45640.0079-0.03280.3409-0.293-0.04180.12990.17670.0012-0.09590.1461-0.08340.50751.366126.9021-12.5695
382.8002-0.1363-0.2945.44050.74191.92470.03780.0740.366-0.0114-0.0501-0.1626-0.03260.02930.01890.0949-0.0181-0.01180.12240.02620.0986-0.079412.1283-19.1119
391.93941.74060.74792.3228-0.23356.46450.12160.18180.1398-0.20180.05490.2678-0.1031-0.0533-0.14770.11210.0098-0.02730.17590.06340.1267-13.62027.5404-33.4247
404.66980.3028-0.0063.47150.05124.74440.0660.40390.0787-0.4672-0.01720.3848-0.0983-0.35590.03920.1379-0.0048-0.07010.1840.03410.1081-17.19835.6586-29.7179
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 64:80)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 81:97)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 98:113)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 114:132)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 133:145)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 146:151)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 152:161)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 162:169)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 170:188)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 189:196)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 197:207)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 208:219)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN A AND RESID 220:242)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN A AND RESID 243:260)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN A AND RESID 261:274)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN A AND RESID 275:286)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN A AND RESID 287:298)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN A AND RESID 299:319)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN A AND RESID 320:335)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN A AND RESID 336:354)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN B AND RESID 65:80)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN B AND RESID 81:97)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN B AND RESID 98:113)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN B AND RESID 114:132)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN B AND RESID 133:145)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN B AND RESID 146:151)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN B AND RESID 152:161)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN B AND RESID 162:169)
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN B AND RESID 170:188)
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN B AND RESID 189:196)
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN B AND RESID 197:207)
32X-RAY DIFFRACTION32(CHAIN B AND RESID 208:219)
33X-RAY DIFFRACTION33(CHAIN B AND RESID 220:242)
34X-RAY DIFFRACTION34(CHAIN B AND RESID 243:260)
35X-RAY DIFFRACTION35(CHAIN B AND RESID 261:274)
36X-RAY DIFFRACTION36(CHAIN B AND RESID 275:286)
37X-RAY DIFFRACTION37(CHAIN B AND RESID 287:298)
38X-RAY DIFFRACTION38(CHAIN B AND RESID 299:319)
39X-RAY DIFFRACTION39(CHAIN B AND RESID 320:335)
40X-RAY DIFFRACTION40(CHAIN B AND RESID 336:345)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る