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Yorodumi- PDB-3zgf: Crystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N- acetylgalact... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3zgf | ||||||
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Title | Crystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N- acetylgalactosaminyltransferase (GTA, cisAB mutant L266G, G268A) in complex with in complex with NPE caged UDP-Gal (P2(1)2(1)2(1) space group) | ||||||
Components | HISTO-BLOOD GROUP ABO SYSTEM TRANSFERASE | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASES | ||||||
Function / homology | Function and homology information fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding ...fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / nucleotide binding / Golgi apparatus / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.701 Å | ||||||
Authors | Jorgensen, R. / Batot, G.O. / Hindsgaul, O. / Tanaka, H. / Perez, S. / Imberty, A. / Breton, C. / Royant, A. / Palcic, M.M. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2014 Title: Structures of a Human Blood Group Glycosyltransferase in Complex with a Photo-Activatable Udp-Gal Derivative Reveal Two Different Binding Conformations Authors: Jorgensen, R. / Batot, G. / Mannerstedt, K. / Imberty, A. / Breton, C. / Hindsgaul, O. / Royant, A. / Palcic, M.M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3zgf.cif.gz | 264.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3zgf.ent.gz | 214.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3zgf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/3zgf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/3zgf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3zggC 2ritS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9999, -0.006791, 0.0138), Vector: |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 34654.008 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: EXTRACELLULAR CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 64-354 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 / Variant (production host): GOLD References: UniProt: P16442, fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase |
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-Non-polymers , 5 types, 533 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-UDP / | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-IUG / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7 Details: 7-12% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1 - 0.3 M AMMONIUM SULPHATE, 0.05 M MNCL2, 0.05 M MOPS PH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-5 / Wavelength: 0.90772 |
Detector | Type: MARRESEARCH SX-165 / Detector: CCD / Details: MULTILAYER MIRROR |
Radiation | Monochromator: BENT SI (220) CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.90772 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→20 Å / Num. obs: 71207 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2.96 / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 20.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.94 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.85 Å / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / % possible all: 96.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2RIT Resolution: 1.701→19.984 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.99 / Phase error: 21.98 / Stereochemistry target values: ML / Details: C-TERMINAL FROM RESIDUE 346 DISORDERED
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.364 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.701→19.984 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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