PDB-4w4k: Crystal structure of a PE25-PPE41 heterodimer from a type VII sec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w4k

タイトル

Crystal structure of a PE25-PPE41 heterodimer from a type VII secretion system of M. tuberculosis

要素

PE family protein PE25
PPE family protein PPE41

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / antigen / virulence factor / protein secretion / adaptor

機能・相同性

機能・相同性情報

PPE superfamily / PPE family / PPE family / PE-PGRS family, N-terminal / PE family / HP0062-like domain / PPE superfamily / Ferritin / Helix Hairpins / Up-down Bundle ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Ekiert, D.C. / Cox, J.S.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure of a PE-PPE-EspG complex from Mycobacterium tuberculosis reveals molecular specificity of ESX protein secretion.
著者: Ekiert, D.C. / Cox, J.S.

履歴

登録	2014年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月15日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月29日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb4w4k.ent.gz	177.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w4k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4w4k_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w4k_full_validation.pdf.gz	459.3 KB	表示
XML形式データ	4w4k_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	4w4k_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/4w4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/4w4k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4w4iC 4w4jC 4w4lC 2g38S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5eoa-d 5j1g-2 3rk2-1 3rk2-2 2z5h-1 7bv6-6 5eof-d 3pdy-1 2c08-d 4wj2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PE family protein PE25

B: PPE family protein PPE41

C: PE family protein PE25

D: PPE family protein PPE41

63.7 kDa, 4 ポリマー
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1

A: PE family protein PE25

B: PPE family protein PPE41

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: PE family protein PE25

D: PPE family protein PPE41

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	40.980, 49.480, 284.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	17
Space group name H-M	P222₁

#1: タンパク質	PE family protein PE25 分子量: 11876.294 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: Erdman / 遺伝子: PE25, ERDMAN_2675, Q643_02517 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (BL21) / 参照: UniProt: H8ETC7, UniProt: A0A0H3LBR3*PLUS
#2: タンパク質	PPE family protein PPE41 分子量: 19966.570 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 1-174 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: Erdman / 遺伝子: PPE41, ERDMAN_2674, Q643_02516 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (BL21) / 参照: UniProt: H8ETC6, UniProt: A0A0H3LBN6*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 5% (w/v) PEG 1000, 50% (v/v) ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月19日
放射	モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 43451 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 35.8 Å² / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 1.94 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1727)	精密化
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2G38

2g38

解像度: 1.95→47.392 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.263	1714	3.96 %	RANDOM
R_work	0.2223	-	-	-
obs	0.2239	43322	99.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→47.392 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3994	0	0	92	4086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4169
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.676	5699
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.224	1530
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	634
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	753

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.0074	0.4833	139	0.3925	3350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0074-2.0722	0.4081	141	0.3541	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0722-2.1463	0.3144	139	0.31	3398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1463-2.2322	0.326	141	0.2738	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2322-2.3338	0.3284	140	0.2568	3428	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3338-2.4569	0.2878	143	0.2481	3467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4569-2.6108	0.2714	141	0.2367	3430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6108-2.8123	0.3311	143	0.2353	3476	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8123-3.0953	0.2345	143	0.2204	3485	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0953-3.5431	0.3066	144	0.2303	3506	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5431-4.4634	0.213	147	0.1831	3550	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4634-47.4056	0.2219	153	0.1979	3680	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7223	0.0161	-2.3586	0.3875	0.9462	4.5157	-0.0168	-0.3512	-0.245	0.7396	0.0155	0.4064	0.6683	-0.4094	-1.6795	1.0007	0.1949	0.193	0.8963	0.0618	0.3692	-23.8042	-6.4869	-24.64
2	0.273	0.1507	0.4912	0.9083	0.7676	1.1714	0.1398	-0.4996	0.2832	0.3895	0.1286	-0.1545	-0.4593	0.3949	0.1736	0.6963	0.0684	0.0721	0.7396	-0.0713	0.2742	-17.6155	0.681	-32.9018
3	2.6173	-0.1059	0.4401	1.6209	1.0607	0.7972	0.2323	0.0166	-0.2626	0.4203	-0.2198	-0.0899	-0.5388	0.4742	0.0511	0.4963	-0.0108	0.1045	0.671	0.0181	0.2398	-7.3643	-5.5384	-66.0993
4	2.9178	-0.9102	-3.2278	1.1231	1.4104	5.0581	-0.1107	0.0132	-0.2333	0.5032	-0.3026	0.5397	0.2171	-0.8731	-0.3781	0.7956	0.0523	0.1749	0.9667	-0.0811	0.4123	-31.8609	-3.931	-29.1088
5	1.4005	-0.1375	-1.5707	0.6153	0.489	1.9892	0.0451	0.235	0.008	0.1502	-0.2688	0.2878	-0.6064	-1.1961	0.2508	0.633	0.196	0.0566	0.802	0.0026	0.3149	-27.6445	0.9905	-40.5022
6	0.7579	-0.39	-1.5409	1.1307	1.5145	7.7614	0.1567	0.3059	0.014	-0.1149	-0.0568	0.0466	-0.63	-0.4509	0.0284	0.4396	0.0196	0.0793	0.6618	0.0322	0.3073	-8.5852	-5.6236	-78.2938
7	1.6802	0.6968	0.5302	0.3183	-0.088	3.472	0.5574	-0.1004	0.4339	-0.3384	-0.3074	0.0321	-1.6876	-0.4062	0.5316	0.8719	0.173	0.1395	0.5882	-0.0173	0.3154	-22.9042	7.8632	-33.8971
8	2.9741	-1.5398	-1.1245	1.8244	3.1052	6.6693	-0.2786	0.6665	-0.7561	-0.3431	-0.2401	0.3961	0.6434	-1.4805	-1.7149	1.1718	-0.0864	0.1399	0.7339	-0.0648	0.4246	-9.1306	-23.8942	-46.6597
9	0.4156	0.0698	-0.1454	0.3541	-0.0968	0.3705	-0.1334	0.2906	-0.0257	-0.5515	-0.1131	-0.227	0.1482	0.0772	-7.6548	0.8477	0.0977	0.2084	0.425	0.0754	-0.0862	-2.3439	-17.3308	-34.0964
10	1.7054	0.2302	-0.3447	2.5261	2.0534	2.5805	-0.0468	0.0131	-0.1649	-0.1655	-0.1072	-0.2175	0.1096	-0.1002	-1.1241	0.9711	0.0605	0.0813	0.4614	0.061	0.321	-7.4802	-23.0562	-25.3837
11	4.6466	-0.3496	5.599	3.4551	0.6839	7.1382	0.9204	-0.6298	-0.2595	1.2147	-0.3213	-0.4393	0.3416	-0.7471	-0.1202	1.4891	-1.0772	-0.0781	2.4408	-0.0992	2.0725	1.8984	-42.1974	-61.0499
12	2.1368	0.4757	-0.2195	0.1227	-0.0524	0.0264	-0.2063	0.1462	-0.3568	-0.2631	-0.3132	-0.3474	0.1824	0.1763	-8.7298	0.9197	0.2715	0.1618	0.4094	0.117	0.3646	-1.2279	-28.8823	-30.3964
13	0.6715	0.4108	0.6719	0.583	-0.1076	1.6902	0.0061	-0.4489	0.148	0.2312	0.0423	-0.2465	0.1056	0.7721	-0.2825	0.6883	0.0366	-0.0351	0.7618	-0.0492	0.3382	-4.9096	-14.3688	1.236

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 89 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 2 through 21 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 22 through 58 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 59 through 102 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 103 through 163 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 164 through 174 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 7 through 38 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 39 through 83 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 2 through 53 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 54 through 58 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 59 through 102 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 103 through 174 )

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新型コロナ情報

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