PDB-4v4f: The structure of the trp RNA-binding attenuation protein (TRAP) b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v4f

タイトル

The structure of the trp RNA-binding attenuation protein (TRAP) bound to a RNA molecule containing UAGAU repeats

要素

5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'
TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION ATTENUATION / RNA-BINDING PROTEIN / TRP RNA

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-templated transcription termination / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Hopcroft, N.H. / Manfredo, A. / Wendt, A.L. / Brzozowski, A.M. / Gollnick, P. / Antson, A.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The Interaction of RNA with Trap: The Role of Triplet Repeats and Separating Spacer Nucleotides
著者: Hopcroft, N.H. / Manfredo, A. / Wendt, A.L. / Brzozowski, A.M. / Gollnick, P. / Antson, A.A.

履歴

登録	2003年12月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2014年12月10日	ID: 1UTF, 1UTV
改定 1.1	2014年12月10日	Group: Other
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Advisory / Source and taxonomy カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4v4f.cif.gz	714 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4v4f.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4v4f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/4v4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/4v4f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1utdC 1c9sS 1gtf 1gtn 1qaw S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3aqd-1 5eey-1 3aqd-2 5eeu-1 1wap-1 5ef2-1 3zte-1 5eeu-2 1gtf-1 1utd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A0: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

A1: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

A2: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

A3: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

A4: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

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A6: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

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A8: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

A9: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

AA: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AB: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AC: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AD: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AE: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AF: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AG: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AH: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AI: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AJ: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AK: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AL: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AM: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AN: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AO: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AP: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AQ: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AR: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AS: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AT: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AU: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AV: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AZ: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

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B5: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

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B9: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

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BR: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

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ヘテロ分子

407 kDa, 66 ポリマー
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1

A0: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

A1: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

A2: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

A3: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

A4: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

A5: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

A6: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

A7: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

A8: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

A9: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

AA: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AB: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AC: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AD: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AE: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AF: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

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AH: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

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2

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AQ: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AR: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

AS: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

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3

B0: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

B1: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

B2: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

B3: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

B4: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

B5: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

B6: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

B7: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

B8: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

B9: 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3'

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ヘテロ分子

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4

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単位格子

Length a, b, c (Å)	113.907, 133.986, 232.826
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.11, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	AA	8 - 72
2	1	1	3	AB	8 - 72
3	1	1	3	AC	8 - 72
4	1	1	3	AD	8 - 72
5	1	1	3	AE	8 - 72
6	1	1	3	AF	8 - 72
7	1	1	3	AG	8 - 72
8	1	1	3	AH	8 - 72
9	1	1	3	AI	8 - 72
10	1	1	3	AJ	8 - 72
11	1	1	3	AK	8 - 72
12	1	1	3	BA	8 - 72
13	1	1	3	BB	8 - 72
14	1	1	3	BC	8 - 72
15	1	1	3	BD	8 - 72
16	1	1	3	BE	8 - 72
17	1	1	3	BF	8 - 72
18	1	1	3	BG	8 - 72
19	1	1	3	BH	8 - 72
20	1	1	3	BI	8 - 72
21	1	1	3	BJ	8 - 72
22	1	1	3	BK	8 - 72
1	2	1	1	AB	101
2	2	1	1	AC	101
3	2	1	1	AD	101
4	2	1	1	AE	101
5	2	1	1	AF	101
6	2	1	1	AG	101
7	2	1	1	AH	101
8	2	1	1	AI	101
9	2	1	1	AJ	101
10	2	1	1	AK	101
11	2	1	1	AA	101
12	2	1	1	BB	101
13	2	1	1	BC	101
14	2	1	1	BD	101
15	2	1	1	BE	101
16	2	1	1	BF	101
17	2	1	1	BG	101
18	2	1	1	BH	101 - 81
19	2	1	1	BI	101 - 81
20	2	1	1	BJ	101 - 81
21	2	1	1	BK	101 - 81
22	2	1	1	BA	101 - 81
1	1	2	4	A1	102
2	1	2	4	A2	102
3	1	2	4	A3	102
4	1	2	4	A4	102
5	1	2	4	A5	102
6	1	2	4	A7	102
7	1	2	4	A8	102
8	1	2	4	AZ	102
9	1	2	4	B0	102
10	1	2	4	B1	102
11	1	2	4	B3	102
12	1	2	4	B4	102
13	1	2	4	B5	102
14	1	2	4	B6	102
15	1	2	4	B7	102
16	1	2	4	B8	102
17	1	2	4	B9	102
18	1	2	4	BZ	102
1	1	3	4	A0	102
2	1	3	4	A6	102
3	1	3	4	A9	102
4	1	3	4	B2	102
1	1	4	4	A0	103 - 105
2	1	4	4	A1	103 - 105
3	1	4	4	A2	103 - 105
4	1	4	4	A3	103 - 105
5	1	4	4	A4	103 - 105
6	1	4	4	A5	103 - 105
7	1	4	4	A6	103 - 105
8	1	4	4	A7	103 - 105
9	1	4	4	A8	103 - 105
10	1	4	4	A9	103 - 105
11	1	4	4	AZ	103 - 105
12	1	4	4	B0	103 - 105
13	1	4	4	B1	103 - 105
14	1	4	4	B2	103 - 105
15	1	4	4	B3	103 - 105
16	1	4	4	B4	103 - 105
17	1	4	4	B5	103 - 105
18	1	4	4	B6	103 - 105
19	1	4	4	B7	103 - 105
20	1	4	4	B8	103 - 105
21	1	4	4	B9	103 - 105
22	1	4	4	BZ	103 - 105
1	1	5	3	AL	208 - 272
2	1	5	3	AM	208 - 272
3	1	5	3	AN	208 - 272
4	1	5	3	AO	208 - 272
5	1	5	3	AP	208 - 272
6	1	5	3	AQ	208 - 272
7	1	5	3	AR	208 - 272
8	1	5	3	AS	208 - 272
9	1	5	3	AT	208 - 272
10	1	5	3	AU	208 - 272
11	1	5	3	AV	208 - 272
12	1	5	3	BL	8 - 72
13	1	5	3	BM	8 - 72
14	1	5	3	BN	8 - 72
15	1	5	3	BO	8 - 72
16	1	5	3	BP	8 - 72
17	1	5	3	BQ	8 - 72
18	1	5	3	BR	8 - 72
19	1	5	3	BS	8 - 72
20	1	5	3	BT	8 - 72
21	1	5	3	BU	8 - 72
22	1	5	3	BV	8 - 72
1	2	5	1	AM	301
2	2	5	1	AN	301
3	2	5	1	AO	301
4	2	5	1	AP	301
5	2	5	1	AQ	301
6	2	5	1	AR	301
7	2	5	1	AS	301
8	2	5	1	AT	301
9	2	5	1	AU	301
10	2	5	1	AV	301
11	2	5	1	AL	301
12	2	5	1	BM	101
13	2	5	1	BN	101
14	2	5	1	BO	101
15	2	5	1	BP	101
16	2	5	1	BQ	101
17	2	5	1	BR	101
18	2	5	1	BS	101
19	2	5	1	BT	101
20	2	5	1	BU	101
21	2	5	1	BV	101
22	2	5	1	BL	101

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: RNA鎖	... 5'-R(UPAPGPAPUP)-3' 分子量: 1570.992 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC RNA IN-VITRO TRANSCRIPTION / 由来: (合成) synthetic construct*
#2: タンパク質	... TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB / TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN / TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN / TRAP 分子量: 8257.377 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TWO PROTEIN 11MERS (CHAINS A-K AND L-V) 由来: (組換発現) BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア) プラスミド: PTZSTMTRB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG62052/PGP1-2 / 参照: UniProt: Q9X6J6
#3: 化合物	... ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	REQUIRED FOR TRANSCRIPTION REGULATION IN THE TRP OPERON. THIS TRANS-ACTING FACTOR SEEMS TO ...REQUIRED FOR TRANSCRIPTION REGULATION IN THE TRP OPERON. THIS TRANS-ACTING FACTOR SEEMS TO RECOGNIZE A 10 BASES NUCLEOTIDE SEQUENCE IN THE TRP LEADER TRANSCRIPT CAUSING TRANSCRIPTION TERMINATION.
配列の詳細	RNA MOLECULE CONTAINS 11 UAG TRIPLETS SEPARATED BY AU DINUCLEOTIDES, RNA IS PRESENT IN RESIDUES 101- ...RNA MOLECULE CONTAINS 11 UAG TRIPLETS SEPARATED BY AU DINUCLEOTIDES, RNA IS PRESENT IN RESIDUES 101-105 IN CHAINS A-K OF THE STRUCTURE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.02 %
結晶化	pH: 8 詳細: 0.2M K-GLUTAMATE, 50 MM TRIETHANOLAMINE PH8.0, 10MM MGCL2, 8-11% MONOMETHYL ETHER PEG 2000, +0.4M KCL AT END, pH 8.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9336
検出器	日付: 2002年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9336 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→35 Å / Num. obs: 251906 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.284 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		モデル構築
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1C9S

1c9s

解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 4.03 / SU ML: 0.118 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	1248	0.5 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.186	249451	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.93 Å²	0 Å²	2.02 Å²
2-	-	-1.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11960	584	330	1682	14556

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	26139
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.422	1.976	35342
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.164	5	3044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	4032
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	19017
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	10117
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	2770
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.242	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
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4	9	AI	23	medium thermal	4.58	5
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1	11	AK	244	loose thermal	3.15	10
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5	3	AC	244	loose thermal	2.82	10
5	4	AD	244	loose thermal	2.91	10
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5	6	AF	244	loose thermal	3.17	10
5	7	AG	244	loose thermal	3.29	10
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5	20	AT	244	loose thermal	3.31	10
5	21	AU	244	loose thermal	3.29	10
5	22	AV	244	loose thermal	3.46	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.224	60
R_work	0.181	12084

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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