+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5eeu | ||||||
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Title | RADIATION DAMAGE TO THE TRAP-RNA COMPLEX: DOSE (DWD) 1.31 MGy | ||||||
Components |
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Keywords | RNA BINDING PROTEIN / protein-RNA complex / radiation damage | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA-templated transcription termination / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Geobacillus stearothermophilus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.98 Å | ||||||
Authors | Bury, C.S. / McGeehan, J.E. / Garman, E.F. / Shevtsov, M.B. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2016 Title: RNA protects a nucleoprotein complex against radiation damage. Authors: Bury, C.S. / McGeehan, J.E. / Antson, A.A. / Carmichael, I. / Gerstel, M. / Shevtsov, M.B. / Garman, E.F. #1: Journal: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. / Year: 2002 Title: Specificity of TRAP-RNA interactions: crystal structures of two complexes with different RNA sequences Authors: Hopcroft, N.H. / Wendt, A.L. / Gollnick, P. / Antson, A.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5eeu.cif.gz | 662.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5eeu.ent.gz | 546.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5eeu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/5eeu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/5eeu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5eevC 5eewC 5eexC 5eeyC 5eezC 5ef0C 5ef1C 5ef2C 5ef3C 1gtfS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 8257.377 Da / Num. of mol.: 22 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacillus stearothermophilus (bacteria) Gene: mtrB / Plasmid: PTZSTMTRB / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): SG62052/PGP1-2 / References: UniProt: Q9X6J6 #2: RNA chain | ( | Mass: 17906.479 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: (GAGUU)10GAG 53-NUCLEOTIDE RNA / Source method: obtained synthetically / Details: SYNTHETIC RNA. IN-VITRO TRANSCRIPTION / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-TRP / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: Potassium phosphate,L-tryptophan,potassium glutamate,triethanolamine,MgCl2,monomethyl ether PEG 2000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.94 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 8, 2010 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.94 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.98→62.54 Å / Num. obs: 129942 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 473080 / Scaling rejects: 36 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 3.5 % / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1gtf Resolution: 1.98→122.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 10.664 / SU ML: 0.139 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.157 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 130.1 Å2 / Biso mean: 36.99 Å2 / Biso min: 19.61 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.98→122.34 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.979→2.03 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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