[English] 日本語
Yorodumi- PDB-1gtf: The structure of the trp RNA-binding attenuation protein (TRAP) b... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1gtf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The structure of the trp RNA-binding attenuation protein (TRAP) bound to a 53-nucleotide RNA molecule containing GAGUU repeats | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX / TRANSCRIPTION ATTENUATION / RNA-BINDING PROTEIN / TRP RNA | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA-templated transcription termination / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Hopcroft, N.H. / Wendt, A.L. / Gollnick, P. / Antson, A.A. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2002 Title: Specificity of Trap-RNA Interactions: Crystal Structures of Two Complexes with Different RNA Sequences Authors: Hopcroft, N.H. / Wendt, A.L. / Gollnick, P. / Antson, A.A. #1: Journal: Nature / Year: 1999 Title: Structure of the Trp RNA-Binding Attenuation Protein, Trap, Bound to RNA Authors: Antson, A.A. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Greaves, R.B. / Chen, X.-P. / Gollnick, P. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1gtf.cif.gz | 365.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb1gtf.ent.gz | 296.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1gtf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gtf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gtf | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 1gtnC 1c9sS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 8257.377 Da / Num. of mol.: 22 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: TWO PROTEIN 11-MERS (CHAINS A TO K AND L TO V), RESIDUES 1 - 75 IN EACH CHAIN (SOME N- AND C-TERMINAL RESIDUES MISSING DUE TO DISORDER) Source: (gene. exp.) BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (bacteria) / Plasmid: PTZSTMTRB / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): SG62052/PGP1-2 / References: UniProt: Q9X6J6 #2: RNA chain | ( | Mass: 17906.479 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: SYNTHETIC RNA. IN-VITRO TRANSCRIPTION / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-TRP / #4: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | MOLECULE: (GAGUU)10GAG 53-NUCLEOTIDE RNA. 53-NUCLEOTIDE RNA CONTAINING 11 GAG TRIPLETS SEPARATED BY ...MOLECULE: (GAGUU)10GAG 53-NUCLEOTIDE | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Crystal grow | pH: 8 Details: 0.2M K-GLUTAMATE, 50 MM TRIETHANOLAMINE PH8.0, 10MM MGCL2, 8-11% MONOMETHYL ETHER PEG 2000 + 0.4M KCL AT END, pH 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS pH: 7.8 / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.946 |
Detector | Date: Feb 15, 1999 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→50 Å / Num. obs: 546919 / % possible obs: 96.1 % / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 15 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 82.6 |
Reflection | *PLUS Lowest resolution: 50 Å / Num. obs: 184884 / % possible obs: 97.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 82.6 % / Num. unique obs: 7925 / Rmerge(I) obs: 0.45 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1C9S Resolution: 1.75→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.545 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.119 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: THERE ARE 2 TRAP 11-MERS IN THE ASYMMETRIC UNIT, WITH RNA BOUND TO ONLY ONE. FOR THE PURPOSES OF APPLYING NCS RESTRAINTS, EACH RNA REPEAT NEEDED TO BE GIVEN A DIFFERENT CHAIN ID. DUE TO A ...Details: THERE ARE 2 TRAP 11-MERS IN THE ASYMMETRIC UNIT, WITH RNA BOUND TO ONLY ONE. FOR THE PURPOSES OF APPLYING NCS RESTRAINTS, EACH RNA REPEAT NEEDED TO BE GIVEN A DIFFERENT CHAIN ID. DUE TO A LACK OF LETTERS IN THE ALPHABET, RNA REPEATS THEREFORE HAD TO BE GIVEN THE SAME CHAIN ID AS THE CORRESPONDING PROTEIN MONOMER. RNA NUCLEOTIDES ARE NUMBERED 101-105 IN EACH OF CHAINS L-V. SIMILARLY, THE LREMARK 3 PROTEIN RESIDUES ARE NUMBERED 1-75 IN EACH CHAIN, A TO V, ALTHOUGH SOME N- AND C-TERMINAL RESIDUES ARE NOT VISIBLE DUE TO DISORDER. SOME PROTEIN SIDECHAIN ATOMS HAVE ZERO OCCUPANCY.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→47.67 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|