PDB-1gtn: Structure of the trp RNA-binding attenuation protein (TRAP) bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gtn

タイトル

Structure of the trp RNA-binding attenuation protein (TRAP) bound to an RNA molecule containing 11 GAGCC repeats

要素

(GAGCC)11G 56-NUCLEOTIDE RNA
TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX / TRANSCRIPTION ATTENUATION / RNA-BINDING PROTEIN / TRP RNA

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-templated transcription termination / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hopcroft, N.H. / Wendt, A.L. / Gollnick, P. / Antson, A.A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Specificity of Trap-RNA Interactions: Crystal Structures of Two Complexes with Different RNA Sequences
著者: Hopcroft, N.H. / Wendt, A.L. / Gollnick, P. / Antson, A.A.

履歴

登録	2002年1月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gtn.cif.gz	327.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gtn.ent.gz	263.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gtn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1gtn_validation.pdf.gz	584.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1gtn_full_validation.pdf.gz	644.1 KB	表示
XML形式データ	1gtn_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	1gtn_validation.cif.gz	57.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gtn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gtn	HTTPS FTP

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関連構造データ

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酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
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登録構造単位

A: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

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D: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

E: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

F: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

G: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

H: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

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M: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

N: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

O: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

P: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

Q: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

R: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

S: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

T: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

U: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

V: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

W: (GAGCC)11G 56-NUCLEOTIDE RNA

ヘテロ分子

205 kDa, 23 ポリマー
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1

A: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

B: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

C: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

D: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

E: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

F: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

G: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

H: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

I: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

J: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

K: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.3 kDa, 11 ポリマー
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2

L: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

M: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

N: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

O: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

P: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

Q: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

R: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

S: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

T: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

U: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

V: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN

W: (GAGCC)11G 56-NUCLEOTIDE RNA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	145.839, 111.722, 138.715
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.78, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

BIOMOLECULE 1 IS AN 11 MER WHILST BIOMOLECULE 2 IS A12 MER CONSISTING OF AN 11 MER WITH BOUND RNA CHAIN

#1: タンパク質	... TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN 分子量: 8257.377 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現詳細: THE STRUCTURE CONTAINS 2 11-MER MOLECULES (CHAINS A TO K AND L TO V), (RESIDUES 1-75) (SOME N- AND C-TERMINAL RESIDUES MISSING DUE TO DISORDER) 由来: (組換発現) BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア) プラスミド: PTZSTMTRB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG62052/PGP1-2 / 参照: UniProt: Q9X6J6
#2: RNA鎖	(GAGCC)11G 56-NUCLEOTIDE RNA 分子量: 18230.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	... ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.4 %

結晶化

pH: 8
詳細: 0.2M K-GLUTAMATE, 50MM TRIETHANOLAMINE PH8.0,10MM MGCL2, 8-11% MONOMETHYL PEG 2000,+0.4M KCL AT END, pH 8.00

結晶化

*PLUS

pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	15 mg/ml	protein-RNA	1	drop
2	70 mM	potassium phosphate	1	drop	pH7.8
3	10 mM	L-tryptophan	1	drop
4	0.2 M	potassium glutamate	1	reservoir
5	50 mM	tri-ethanolamine	1	reservoir	pH8.0
6	10 mM		1	reservoir		MgCl2
7	8-11 %	PEG2000 MME	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.946
検出器	日付: 1999年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 65753 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 77
反射	PLUS 最低解像度: 20 Å / R_merge(I) obs*: 0.05
反射シェル	PLUS 最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 77 % / Num. unique obs*: 5337

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.07	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GTF

1gtf

解像度: 2.5→19.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 14.27 / SU ML: 0.294 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.654 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO PROTEIN MOLECULES, EACH MADE UP OF 11 IDENTICAL POLYPEPTIDE CHAINS. ONE OF THESE 11-MERS HAS THE SINGLE RNA MOLECULE BOUND TO IT. THE PROTEIN CHAINS ARE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	1312	2 %	RANDOM
R_work	0.235	-	-	-
obs	0.236	63405	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11855	968	345	73	13241

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	13345
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.842	2.008	18072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.287	15	2214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.994	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	4616
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.386	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.339	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.458	1.5	7584
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.786	2	12139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.201	3	5761
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.706	4	5933
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	10	tight positional	0.16	0.3
1	2	B	10	tight positional	0.14	0.3
1	3	C	10	tight positional	0.22	0.3
1	4	D	10	tight positional	0.22	0.3
1	5	E	10	tight positional	0.16	0.3
1	6	F	10	tight positional	0.21	0.3
1	7	G	10	tight positional	0.18	0.3
1	8	H	10	tight positional	0.21	0.3
1	9	I	10	tight positional	0.17	0.3
1	10	J	10	tight positional	0.18	0.3
1	11	K	10	tight positional	0.9	0.3
2	1	L	636	tight positional	0.18	0.3
2	2	M	636	tight positional	0.2	0.3
2	3	N	636	tight positional	0.16	0.3
2	4	O	636	tight positional	0.21	0.3
2	5	P	636	tight positional	0.22	0.3
2	6	Q	636	tight positional	0.17	0.3
2	7	R	636	tight positional	0.19	0.3
2	8	S	636	tight positional	0.22	0.3
2	9	T	636	tight positional	0.19	0.3
2	10	U	636	tight positional	0.17	0.3
2	11	V	636	tight positional	0.21	0.3
1	1	A	269	medium positional	0.1	0.1
1	2	B	269	medium positional	0.1	0.1
1	3	C	269	medium positional	0.1	0.1
1	4	D	269	medium positional	0.1	0.1
1	5	E	269	medium positional	0.1	0.1
1	6	F	269	medium positional	0.11	0.1
1	7	G	269	medium positional	0.1	0.1
1	8	H	269	medium positional	0.1	0.1
1	9	I	269	medium positional	0.1	0.1
1	10	J	269	medium positional	0.11	0.1
1	11	K	269	medium positional	0.1	0.1
2	1	L	269	medium positional	0.02	0.1
2	2	M	269	medium positional	0.02	0.1
2	3	N	269	medium positional	0.02	0.1
2	4	O	269	medium positional	0.02	0.1
2	5	P	269	medium positional	0.02	0.1
2	6	Q	269	medium positional	0.02	0.1
2	7	R	269	medium positional	0.02	0.1
2	8	S	269	medium positional	0.02	0.1
2	9	T	269	medium positional	0.02	0.1
2	10	U	269	medium positional	0.02	0.1
2	11	V	269	medium positional	0.02	0.1
1	1	A	253	loose positional	0.63	2
1	2	B	253	loose positional	0.56	2
1	3	C	253	loose positional	0.81	2
1	4	D	253	loose positional	0.68	2
1	5	E	253	loose positional	0.72	2
1	6	F	253	loose positional	0.97	2
1	7	G	253	loose positional	0.48	2
1	8	H	253	loose positional	0.51	2
1	9	I	253	loose positional	0.59	2
1	10	J	253	loose positional	0.47	2
1	11	K	253	loose positional	0.44	2
2	1	L	253	loose positional	0.05	2
2	2	M	253	loose positional	0.05	2
2	3	N	253	loose positional	0.06	2
2	4	O	253	loose positional	0.05	2
2	5	P	253	loose positional	0.05	2
2	6	Q	253	loose positional	0.06	2
2	7	R	253	loose positional	0.04	2
2	8	S	253	loose positional	0.04	2
2	9	T	253	loose positional	0.05	2
2	10	U	253	loose positional	0.04	2
2	11	V	253	loose positional	0.04	2
1	1	A	10	tight thermal	0.48	1
1	2	B	10	tight thermal	0.4	1
1	3	C	10	tight thermal	0.67	1
1	4	D	10	tight thermal	0.23	1
1	5	E	10	tight thermal	0.38	1
1	6	F	10	tight thermal	0.55	1
1	7	G	10	tight thermal	0.61	1
1	8	H	10	tight thermal	0.18	1
1	9	I	10	tight thermal	0.43	1
1	10	J	10	tight thermal	0.36	1
1	11	K	10	tight thermal	0.34	1
2	1	L	636	tight thermal	2.2	1
2	2	M	636	tight thermal	2.02	1
2	3	N	636	tight thermal	2.58	1
2	4	O	636	tight thermal	1.55	1
2	5	P	636	tight thermal	1.97	1
2	6	Q	636	tight thermal	2.37	1
2	7	R	636	tight thermal	2.47	1
2	8	S	636	tight thermal	1.35	1
2	9	T	636	tight thermal	2.09	1
2	10	U	636	tight thermal	1.91	1
2	11	V	636	tight thermal	1.86	1
1	1	A	269	medium thermal	0.27	1
1	2	B	269	medium thermal	0.26	1
1	3	C	269	medium thermal	0.27	1
1	4	D	269	medium thermal	0.25	1
1	5	E	269	medium thermal	0.3	1
1	6	F	269	medium thermal	0.28	1
1	7	G	269	medium thermal	0.32	1
1	8	H	269	medium thermal	0.28	1
1	9	I	269	medium thermal	0.27	1
1	10	J	269	medium thermal	0.28	1
1	11	K	269	medium thermal	0.26	1
2	1	L	269	medium thermal	2.51	1
2	2	M	269	medium thermal	2.44	1
2	3	N	269	medium thermal	2.5	1
2	4	O	269	medium thermal	2.39	1
2	5	P	269	medium thermal	2.62	1
2	6	Q	269	medium thermal	2.54	1
2	7	R	269	medium thermal	2.71	1
2	8	S	269	medium thermal	2.54	1
2	9	T	269	medium thermal	2.51	1
2	10	U	269	medium thermal	2.53	1
2	11	V	269	medium thermal	2.47	1
1	1	A	253	loose thermal	0.39	1
1	2	B	253	loose thermal	0.35	1
1	3	C	253	loose thermal	0.38	1
1	4	D	253	loose thermal	0.37	1
1	5	E	253	loose thermal	0.38	1
1	6	F	253	loose thermal	0.42	1
1	7	G	253	loose thermal	0.49	1
1	8	H	253	loose thermal	0.42	1
1	9	I	253	loose thermal	0.35	1
1	10	J	253	loose thermal	0.41	1
1	11	K	253	loose thermal	0.36	1
2	1	L	253	loose thermal	3.08	1
2	2	M	253	loose thermal	2.93	1
2	3	N	253	loose thermal	3.08	1
2	4	O	253	loose thermal	3.04	1
2	5	P	253	loose thermal	3.06	1
2	6	Q	253	loose thermal	3.23	1
2	7	R	253	loose thermal	3.48	1
2	8	S	253	loose thermal	3.23	1
2	9	T	253	loose thermal	2.95	1
2	10	U	253	loose thermal	3.19	1
2	11	V	253	loose thermal	3	1

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.376	72
R_work	0.334	3795

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5535	-0.0765	-0.62	0.7053	0.0774	2.4044	-0.0144	0.0867	-0.0091	-0.4004	-0.0719	-0.1503	0.1883	0.1571	0.0864	0.2606	0.0523	0.0041	0.1789	-0.0037	0.2962	57.1446	0.0758	14.1041
2	0.6707	-0.0236	-0.6611	0.7785	0.0049	2.542	-0.0262	0.088	-0.0277	-0.2031	-0.0319	-0.064	0.1249	0.0623	0.0581	0.0178	-0.0011	-0.0728	0.206	-0.0067	0.2975	46.3265	-0.025	44.9895

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	81 - 181
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	6 - 74
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	81
5	X-RAY DIFFRACTION	1	C	6 - 74
6	X-RAY DIFFRACTION	1	C	81
7	X-RAY DIFFRACTION	1	D	7 - 75
8	X-RAY DIFFRACTION	1	D	81
9	X-RAY DIFFRACTION	1	E	7 - 74
10	X-RAY DIFFRACTION	1	E	81
11	X-RAY DIFFRACTION	1	F	7 - 75
12	X-RAY DIFFRACTION	1	F	81
13	X-RAY DIFFRACTION	1	G	6 - 75
14	X-RAY DIFFRACTION	1	G	81
15	X-RAY DIFFRACTION	1	H	7 - 75
16	X-RAY DIFFRACTION	1	H	81
17	X-RAY DIFFRACTION	1	I	7 - 75
18	X-RAY DIFFRACTION	1	I	81
19	X-RAY DIFFRACTION	1	J	7 - 74
20	X-RAY DIFFRACTION	1	J	81
21	X-RAY DIFFRACTION	1	K	7 - 75
22	X-RAY DIFFRACTION	1	K	81
23	X-RAY DIFFRACTION	2	L	5 - 74
24	X-RAY DIFFRACTION	2	L	81
25	X-RAY DIFFRACTION	2	M	5 - 75
26	X-RAY DIFFRACTION	2	M	81
27	X-RAY DIFFRACTION	2	N	5 - 74
28	X-RAY DIFFRACTION	2	N	81
29	X-RAY DIFFRACTION	2	O	5 - 75
30	X-RAY DIFFRACTION	2	O	81
31	X-RAY DIFFRACTION	2	P	5 - 74
32	X-RAY DIFFRACTION	2	P	81
33	X-RAY DIFFRACTION	2	Q	5 - 74
34	X-RAY DIFFRACTION	2	Q	81
35	X-RAY DIFFRACTION	2	R	5 - 74
36	X-RAY DIFFRACTION	2	R	81
37	X-RAY DIFFRACTION	2	S	5 - 74
38	X-RAY DIFFRACTION	2	S	81
39	X-RAY DIFFRACTION	2	T	5 - 74
40	X-RAY DIFFRACTION	2	T	81
41	X-RAY DIFFRACTION	2	U	5 - 74
42	X-RAY DIFFRACTION	2	U	81
43	X-RAY DIFFRACTION	2	V	5 - 74
44	X-RAY DIFFRACTION	2	V	81

精密化

*PLUS

最低解像度: 20 Å / R_factor obs: 0.235 / R_factor R_free: 0.273 / R_factor R_work: 0.235

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.019	0.02
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	2	2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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