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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v18 | ||||||
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タイトル | SeMet structure of a novel carbohydrate binding module from glycoside hydrolase family 5 glucanase from Ruminococcus flavefaciens FD-1 | ||||||
要素 | CARBOHYDRATE BINDING MODULE | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / CELLULOSOME | ||||||
機能・相同性 | Carbohydrate binding module 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | RUMINOCOCCUS FLAVEFACIENS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å | ||||||
データ登録者 | Venditto, I. / Centeno, M.S.J. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Complexity of the Ruminococcus Flavefaciens Cellulosome Reflects an Expansion in Glycan Recognition. 著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M.R. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M.A. / Coutinho, P.M. / ...著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M.R. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M.A. / Coutinho, P.M. / Henrissat, B. / Knox, J.P. / Basle, A. / Najmudin, S. / Gilbert, H.J. / Willats, W.G.T. / Fontes, C.M.G.A. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014 タイトル: Expression, Purification and Crystallization of a Novel Carbohydrate-Binding Module from the Ruminococcus Flavefaciens Cellulosome. 著者: Venditto, I. / Centeno, M.S.J. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v18.cif.gz | 124.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4v18.ent.gz | 104.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4v18.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4v18_validation.pdf.gz | 436.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4v18_full_validation.pdf.gz | 441.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4v18_validation.xml.gz | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4v18_validation.cif.gz | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/4v18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/4v18 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17413.873 Da / 分子数: 2 / 断片: CARBOHYDRATE BINDING MODULE, RESIDUES 436-594 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SELENOMETHIONINE DERIVATIVE 由来: (組換発現) RUMINOCOCCUS FLAVEFACIENS (バクテリア) 株: FD-1 / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: A0A140UH28*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 0.3 M AMMONIUM SULFATE, 24% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350. CRYO 30% GLYCEROL ADDED TO ABOVE, pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.96112 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月21日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96112 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→77.13 Å / Num. obs: 16115 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.35 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.28→77.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 15.537 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.284 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→77.13 Å
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拘束条件 |
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