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- PDB-4uyp: High resolution structure of the third cohesin ScaC in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uyp
タイトルHigh resolution structure of the third cohesin ScaC in complex with the ScaB dockerin with a mutation in the N-terminal helix (IN to SI) from Acetivibrio cellulolyticus displaying a type I interaction.
要素(Cellulosomal scaffoldin ...) x 2
キーワードCELL ADHESION/PROTEIN BINDING / CELL ADHESION-PROTEIN BINDING COMPLEX / CELLULOSOME / TYPE 1 COHESIN-DOCKERIN INTEREACTIONS / ADAPTOR SCAFFOLDIN SCAB / ANCHORING SCAFFOLDING SCAC
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / : / S-layer homology domain / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. ...: / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / : / S-layer homology domain / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellulosomal scaffoldin anchoring protein C / Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Cameron, K. / Alves, V.D. / Bule, P. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2015
タイトル: Cell-surface Attachment of Bacterial Multienzyme Complexes Involves Highly Dynamic Protein-Protein Anchors.
著者: Cameron, K. / Najmudin, S. / Alves, V.D. / Bayer, E.A. / Smith, S.P. / Bule, P. / Waller, H. / Ferreira, L.M. / Gilbert, H.J. / Fontes, C.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Characterization of the Acetivibrio Cellulolyticus Type I Cohesin Scac in Complex with the Scab Dockerin.
著者: Cameron, K. / Alves, V.D. / Bule, P. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.
履歴
登録2014年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22015年6月10日Group: Database references
改定 1.32018年11月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _entity.src_method / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulosomal scaffoldin anchoring protein C
B: Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
C: Cellulosomal scaffoldin anchoring protein C
D: Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,62230
ポリマ－49,7894
非ポリマー2,83326
水11,530640
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10760 Å2
ΔGint-262.5 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.750, 107.750, 100.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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Cellulosomal scaffoldin ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Cellulosomal scaffoldin anchoring protein C


分子量: 16512.172 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 326-467 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
遺伝子: scaC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: Q7WYN2
#2: タンパク質 Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B


分子量: 8382.468 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 868-942 / Mutation: I822S, N833I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
遺伝子: scaB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: Q7WYN3

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非ポリマー , 5種, 666分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID (EPE): FROM THE CRYSTALLISATION CONDITION. (4S)- ...4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID (EPE): FROM THE CRYSTALLISATION CONDITION. (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL (MPD): ROM THE CRYSTALLISATION CONDITION. SULFATE ION (SO4): ROM THE CRYSTALLISATION CONDITION. CALCIUM ION (CA): FROM TEH STORAGE BUFFER.
配列の詳細THE THIRD COHESIN CORRESPONDS TO RESIDUES 326 TO 427 OF THE ANCHORING SCAFFOLDIN SCAC. IT HAS A HIS ...THE THIRD COHESIN CORRESPONDS TO RESIDUES 326 TO 427 OF THE ANCHORING SCAFFOLDIN SCAC. IT HAS A HIS TAG AT THE C- TERMINUS. IT IS THE C-TERMINAL DOCKERIN MODULE CORRESPONDING TO RESIDUES 868 TO 942 OF THE ADAPTOR SCAFFOLDIN SCAB.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 30%(V/V) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→76.19 Å / Num. obs: 96788 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.49→1.53 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CCL

2ccl


解像度: 1.49→76.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.002 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18536 4843 5 %RANDOM
Rwork0.15548 ---
obs0.15696 91945 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.162 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→76.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3345 0 162 640 4147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.023845
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0850.023832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.86725307
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.77638656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2645530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.15325.337163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.96315630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9441512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.420.2638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0180.02833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9441.2981853
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8871.2961852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8321.932337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8131.6781992
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.49→1.529 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 361 -
Rwork0.243 6658 -
obs--98.87 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.975 Å / Origin y: -35.2473 Å / Origin z: 6.1908 Å
111213212223313233
T0.0121 Å20.0094 Å2-0.008 Å2-0.0184 Å2-0.003 Å2--0.0087 Å2
L0.0747 °2-0.0356 °2-0.0844 °2-0.0818 °20.0385 °2--0.0958 °2
S-0.0046 Å °-0.0008 Å °0.0085 Å °-0.0038 Å °0.0132 Å °-0.0038 Å °0.0072 Å °0.0029 Å °-0.0086 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 144
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 201
3X-RAY DIFFRACTION1C1 - 146
4X-RAY DIFFRACTION1D1 - 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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