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- PDB-4oa8: X-ray crystal structure of O-methyltransferase from Anaplasma pha... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4oa8 | ||||||
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Title | X-ray crystal structure of O-methyltransferase from Anaplasma phagocytophilum in apo form | ||||||
![]() | O-methyltransferase family protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / O-methyltransferase | ||||||
Function / homology | ![]() S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases / methylation Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: An O-Methyltransferase Is Required for Infection of Tick Cells by Anaplasma phagocytophilum. Authors: Oliva Chavez, A.S. / Fairman, J.W. / Felsheim, R.F. / Nelson, C.M. / Herron, M.J. / Higgins, L. / Burkhardt, N.Y. / Oliver, J.D. / Markowski, T.W. / Kurtti, T.J. / Edwards, T.E. / Munderloh, U.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 140.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 444.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 446.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4oa5SC ![]() 4pcaC ![]() 4pclC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 217 / Label seq-ID: 15 - 226
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 25309.230 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: HZ / Gene: APH_0584 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q2GKC7, Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 43.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.4 uL protein @ 20 mg/mL + 0.4 uL JCSG+ well D6 - 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.50, 20% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 5, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. all: 24924 / Num. obs: 24484 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.71 % / Biso Wilson estimate: 39.954 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 27.49 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4OA5 Resolution: 2.15→44.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.334 / SU ML: 0.145 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.194 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.74 Å2 / Biso mean: 38.35 Å2 / Biso min: 9.72 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→44.05 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 11925 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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