[日本語] English
万見
- PDB-4uy2: Crystal structure of the complex of the extracellular domain of h... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uy2
タイトルCrystal structure of the complex of the extracellular domain of human alpha9 nAChR with alpha-bungarotoxin.
要素
  • ALPHA-BUNGAROTOXIN ISOFORM V31
  • NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-9
キーワードTOXIN-BINDING PROTEIN/TOXIN / TOXIN-BINDING PROTEIN-TOXIN COMPLEX / LIGAND BINDING DOMAIN / CYS-LOOP RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / cholinergic synapse / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / acetylcholine-gated channel complex / response to auditory stimulus / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity ...Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / cholinergic synapse / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / acetylcholine-gated channel complex / response to auditory stimulus / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / transmembrane transporter complex / ion channel regulator activity / inner ear morphogenesis / postsynaptic specialization membrane / membrane depolarization / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / calcium channel activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / toxin activity / monoatomic ion transmembrane transport / chemical synaptic transmission / neuron projection / synapse / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Snake toxin and toxin-like protein / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Nicotinic acetylcholine receptor / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, ...Snake toxin and toxin-like protein / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Nicotinic acetylcholine receptor / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Snake toxin-like superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-bungarotoxin isoform V31 / Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-9
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
BUNGARUS MULTICINCTUS (タイワンアマガサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.697 Å
データ登録者Giastas, P. / Zouridakis, M. / Zarkadas, E. / Tzartos, S.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of Free and Antagonist-Bound States of Human Alpha9 Nicotinic Receptor Extracellular Domain
著者: Zouridakis, M. / Giastas, P. / Zarkadas, E. / Chroni-Tzartou, D. / Bregestovski, P. / Tzartos, S.J.
履歴
登録2014年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22014年10月15日Group: Database references
改定 1.32014年11月19日Group: Database references
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-9
B: NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-9
C: ALPHA-BUNGAROTOXIN ISOFORM V31
D: ALPHA-BUNGAROTOXIN ISOFORM V31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5668
ポリマ－66,6814
非ポリマー8854
水00
1
A: NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-9
C: ALPHA-BUNGAROTOXIN ISOFORM V31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7834
ポリマ－33,3402
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint0.4 kcal/mol
Surface area15250 Å2
手法PISA
2
B: NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-9
D: ALPHA-BUNGAROTOXIN ISOFORM V31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7834
ポリマ－33,3402
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-0.5 kcal/mol
Surface area15080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.319, 119.348, 79.107
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-9 / ALPHA9 NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR / NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-9 / NACHR ALPHA-9


分子量: 25307.029 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 26-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPICZAA / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: Q9UGM1
#2: タンパク質 ALPHA-BUNGAROTOXIN ISOFORM V31 / ALPHA-BTX V31 / ALPHA-BGT(V31) / BGTX V31 / LONG NEUROTOXIN 1


分子量: 8033.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) BUNGARUS MULTICINCTUS (タイワンアマガサ)
参照: UniProt: P60616
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.1 M MES PH 6.0, 0.2 M NACL, 30% W/V JEFFAMINE ED2003

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→47 Å / Num. obs: 21021 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 67.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 1.45 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1D01, 2QC1

1d01

2qc1


解像度: 2.697→47.185 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.12 / 位相誤差: 46.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3312 2009 4.9 %
Rwork0.2581 --
obs0.2617 20942 97.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 104 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.697→47.185 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4412 0 56 0 4468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0174598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.4256272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0721656
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101710
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014800
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.697-2.76450.47821310.42762627X-RAY DIFFRACTION94
2.7645-2.83920.47871540.4122768X-RAY DIFFRACTION98
2.8392-2.92270.4661430.40772782X-RAY DIFFRACTION98
2.9227-3.01710.42271390.37672810X-RAY DIFFRACTION99
3.0171-3.12490.40951460.35162701X-RAY DIFFRACTION98
3.1249-3.250.40751440.31952843X-RAY DIFFRACTION98
3.25-3.39780.44451430.30912721X-RAY DIFFRACTION99
3.3978-3.57690.37111490.27982806X-RAY DIFFRACTION99
3.5769-3.80090.28861480.26132758X-RAY DIFFRACTION98
3.8009-4.09430.29531460.23952764X-RAY DIFFRACTION99
4.0943-4.5060.31791450.20932767X-RAY DIFFRACTION98
4.506-5.15730.251430.20322726X-RAY DIFFRACTION96
5.1573-6.4950.31971460.23642761X-RAY DIFFRACTION98
6.495-47.19180.26581320.20752792X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.3562 Å / Origin y: -2.5146 Å / Origin z: 7.5095 Å
111213212223313233
T0.6051 Å20.0298 Å20.002 Å2-0.433 Å20.3801 Å2--0.6552 Å2
L1.2931 °20.0146 °20.0676 °2-0.002 °20.1785 °2--2.1428 °2
S-0.0859 Å °0.3037 Å °0.0969 Å °0.0321 Å °-0.1242 Å °0.0166 Å °-0.1897 Å °0.1402 Å °0.133 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る