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- PDB-4uqz: Coevolution of the ATPase ClpV, the TssB-TssC Sheath and the Acce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uqz
タイトルCoevolution of the ATPase ClpV, the TssB-TssC Sheath and the Accessory HsiE Protein Distinguishes Two Type VI Secretion Classes
要素
  • HSIB1
  • HSIE1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / SECRETION / SHEATH / DISASSEMBLY / REGULATION / BACTERIAL
機能・相同性
機能・相同性情報


Type VI secretion system accessory component TagJ / ImpE protein / Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Type VI secretion system accessory component TagJ / Type VI secretion system sheath protein TssB1
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.599 Å
データ登録者Forster, A. / Planamente, S. / Manoli, E. / Lossi, N.S. / Freemont, P.S. / Filloux, A.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2014
タイトル: Coevolution of the ATPase Clpv, the Sheath Proteins Tssb and Tssc and the Accessory Protein Tagj/Hsie1 Distinguishes Type Vi Secretion Classes.
著者: Forster, A. / Planamente, S. / Manoli, E. / Lossi, N.S. / Freemont, P.S. / Filloux, A.
履歴
登録2014年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HSIE1
B: HSIB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2503
ポリマ－47,1912
非ポリマー591
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-9.1 kcal/mol
Surface area12750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.112, 67.323, 94.025
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HSIE1


分子量: 28383.232 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-281 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9I746
#2: タンパク質 HSIB1


分子量: 18807.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PROTEIN DEGRADED DURING PURIFICATION
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B384 / 参照: UniProt: Q9I749
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 100 MM TRIS(PH 8.0), 24% PEG6000, 0.2 M CACL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→54.7 Å / Num. obs: 43478 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 18.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZBP

1zbp


解像度: 1.599→41.209 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 25.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 4003 5 %
Rwork0.1876 --
obs0.1893 41994 94.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.599→41.209 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2172 0 4 314 2490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122238
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4143051
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.614819
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007405
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5994-1.61820.29111110.26322278X-RAY DIFFRACTION82
1.6182-1.63790.30931360.25472415X-RAY DIFFRACTION86
1.6379-1.65870.29171250.2252413X-RAY DIFFRACTION88
1.6587-1.68050.30761060.22772469X-RAY DIFFRACTION88
1.6805-1.70350.2481410.22432506X-RAY DIFFRACTION91
1.7035-1.72790.20911360.21332514X-RAY DIFFRACTION91
1.7279-1.75370.26971450.21572624X-RAY DIFFRACTION95
1.7537-1.78110.25591390.21132676X-RAY DIFFRACTION95
1.7811-1.81030.30731110.20312743X-RAY DIFFRACTION97
1.8103-1.84150.27761750.22312563X-RAY DIFFRACTION96
1.8415-1.8750.22071190.23862586X-RAY DIFFRACTION92
1.875-1.9110.29911370.30652402X-RAY DIFFRACTION87
1.911-1.950.40071470.34792543X-RAY DIFFRACTION93
1.95-1.99240.21381730.21042594X-RAY DIFFRACTION95
1.9924-2.03880.25391300.18452721X-RAY DIFFRACTION98
2.0388-2.08980.20051660.17412692X-RAY DIFFRACTION98
2.0898-2.14630.22191680.17592709X-RAY DIFFRACTION99
2.1463-2.20940.29931140.1942576X-RAY DIFFRACTION93
2.2094-2.28070.30041400.27442598X-RAY DIFFRACTION94
2.2807-2.36220.22541090.19182686X-RAY DIFFRACTION95
2.3622-2.45680.18321270.17642734X-RAY DIFFRACTION99
2.4568-2.56860.19381480.17742727X-RAY DIFFRACTION99
2.5686-2.7040.21661300.18132735X-RAY DIFFRACTION98
2.704-2.87340.23781190.18982719X-RAY DIFFRACTION98
2.8734-3.09510.2071320.17812681X-RAY DIFFRACTION96
3.0951-3.40650.20191340.16922762X-RAY DIFFRACTION100
3.4065-3.89910.18461300.14922776X-RAY DIFFRACTION100
3.8991-4.91120.15191650.13372733X-RAY DIFFRACTION100
4.9112-41.22240.19431900.15462708X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0262-0.693-0.58792.66720.28743.8246-0.05270.31870.237-0.4604-0.0046-0.0762-0.4601-0.00640.04230.2647-0.0469-0.05820.21550.02460.1464-5.31349.0216-48.0314
22.2784-0.649-2.62170.8360.34855.7424-0.03630.1803-0.13490.0472-0.01330.08750.0324-0.3030.05590.1347-0.0317-0.02380.13590.00430.175-11.03210.2565-20.9051
30.60860.2369-0.05992.0120.0052.4018-0.0144-0.0433-0.01270.18250.009-0.1079-0.05560.15930.00440.0852-0.0117-0.02520.10170.00310.1287-1.29319.6604-21.8002
47.175-0.6809-0.647.5149-2.0720.66760.2202-0.4140.75331.14540.40940.2968-1.1294-0.7375-0.6170.39810.09160.02730.2628-0.02050.2531-7.036613.9859-8.1437
53.0025-0.3307-4.90426.93950.30758.1658-0.2677-0.0837-0.13470.6420.08530.28020.01970.09020.20880.28070.0203-0.02590.2001-0.00580.2463-6.495222.8942-21.9834
62.0303-0.501-2.28070.95362.4026.6375-0.12840.44140.0491-0.35370.5678-0.4682-0.5710.5947-0.41930.3326-0.12450.04010.2883-0.03370.25574.73413.2928-41.2725
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 30 THROUGH 88 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 89 THROUGH 156 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 157 THROUGH 287 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 8 THROUGH 12 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 13 THROUGH 22 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 23 THROUGH 31 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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