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- PDB-4unf: Crystal structure of Deinococcus radiodurans Endonuclease III-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4unf
タイトルCrystal structure of Deinococcus radiodurans Endonuclease III-1
要素ENDONUCLEASE III-1
キーワードLYASE / FES CLUSTER / BASE EXCISION REPAIR / DNA GLYCOSYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidized pyrimidine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease III, iron-sulphur binding site / Endonuclease III iron-sulfur binding region signature. / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain ...Endonuclease III, iron-sulphur binding site / Endonuclease III iron-sulfur binding region signature. / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNA glycosylase / Endonuclease III; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Endonuclease III
類似検索 - 構成要素
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Sarre, A. / Okvist, M. / Klar, T. / Hall, D. / Smalas, A.O. / McSweeney, S. / Timmins, J. / Moe, E.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Characterization of Two Unusual Endonuclease III Enzymes from Deinococcus Radiodurans.
著者: Sarre, A. / Okvist, M. / Klar, T. / Hall, D.R. / Smalas, A.O. / Mcsweeney, S. / Timmins, J. / Moe, E.
履歴
登録2014年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22015年8月12日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDONUCLEASE III-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3386
ポリマ－29,8201
非ポリマー5185
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.380, 38.558, 37.094
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2120-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ENDONUCLEASE III-1


分子量: 29820.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS R1 (放射線耐性)
プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: Q9RRQ0, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 1.0 M SUCCINIC ACID PH7.0, 0.1 M HEPES PH7.0, 1% W/V PEG-MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.73505
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.73505 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→45.34 Å / Num. obs: 14192 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 34.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ABK

2abk


解像度: 2.15→34.192 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1943 710 5 %
Rwork0.1531 --
obs0.1553 14187 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→34.192 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1866 0 18 129 2013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111993
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.092734
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.641757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006357
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.3160.28511330.22052664X-RAY DIFFRACTION100
2.316-2.5490.23471570.17232645X-RAY DIFFRACTION100
2.549-2.91770.20891460.1632668X-RAY DIFFRACTION100
2.9177-3.67530.20311300.14922722X-RAY DIFFRACTION100
3.6753-34.19650.16011440.13532778X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.14512.44730.23776.5992-1.13364.27950.0424-0.2402-0.42750.25290.064-0.60350.36370.4653-0.14530.27120.1064-0.01530.3192-0.01250.308280.4304-4.51568.3792
24.1654-1.5918-1.30673.08880.0171.6313-0.2752-0.2945-0.14380.0420.2906-0.31440.17650.1303-0.06580.3685-0.00030.04260.268-0.02630.464865.180318.69197.8994
34.2471-0.7365-3.91195.80470.66713.59850.0301-0.14980.20780.14740.28670.8172-0.1573-0.1229-0.17020.38640.0180.06660.3990.04830.548656.457328.96917.2798
42.2794-0.0594-0.79346.1117-1.41951.6904-0.15390.1702-0.04710.27140.26811.1395-0.1182-0.2823-0.09270.34060.00630.02460.467-0.03650.597251.663118.407610.4366
53.1315-0.7374-1.71132.12050.49433.52750.10070.04940.09010.02210.0219-0.0386-0.20060.0272-0.11760.2011-0.0008-0.01780.15340.00910.168373.38833.43664.6341
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 12 THROUGH 38 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 39 THROUGH 63 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 64 THROUGH 85 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 86 THROUGH 146 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 147 THROUGH 247 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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