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- PDB-1uef: Crystal Structure of Dok1 PTB Domain Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uef
タイトルCrystal Structure of Dok1 PTB Domain Complex
要素
  • 13-mer peptide from Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor ret
  • Docking protein 1
キーワードPROTEIN BINDING/TRANSFERASE / protein binding / transferase / phosphotyrosine binding domain / PROTEIN BINDING-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / Peyer's patch morphogenesis / GDF15-GFRAL signaling pathway / positive regulation of metanephric glomerulus development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / membrane protein proteolysis / positive regulation of neuron maturation ...PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / Peyer's patch morphogenesis / GDF15-GFRAL signaling pathway / positive regulation of metanephric glomerulus development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / membrane protein proteolysis / positive regulation of neuron maturation / RAF/MAP kinase cascade / neuron cell-cell adhesion / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / enteric nervous system development / RET signaling / innervation / plasma membrane protein complex / neuron maturation / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / neural crest cell migration / ureteric bud development / regulation of axonogenesis / response to pain / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / anatomical structure morphogenesis / positive regulation of cell size / negative regulation of MAPK cascade / cellular response to retinoic acid / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / neuron differentiation / MAPK cascade / nervous system development / retina development in camera-type eye / Ras protein signal transduction / early endosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dok1/2/3, PTB domain / : / Phosphotyrosine-binding domain (IRS1-like) / IRS-type PTB domain profile. / Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / : / RET Cadherin like domain 1 ...Dok1/2/3, PTB domain / : / Phosphotyrosine-binding domain (IRS1-like) / IRS-type PTB domain profile. / Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / : / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / RET, Cysteine Rich Domain / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret / Docking protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shi, N. / Ye, S. / Liu, Y. / Zhou, W. / Ding, Y. / Lou, Z. / Qiang, B. / Yan, J. / Rao, Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural Basis for the Specific Recognition of RET by the Dok1 Phosphotyrosine Binding Domain
著者: Shi, N. / Ye, S. / Bartlam, M. / Yang, M. / Wu, J. / Liu, Y. / Sun, F. / Han, X. / Peng, X. / Qiang, B. / Yuan, J. / Rao, Z.
履歴
登録2003年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Docking protein 1
B: Docking protein 1
C: 13-mer peptide from Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor ret
D: 13-mer peptide from Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor ret


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9964
ポリマ－31,9964
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Docking protein 1
C: 13-mer peptide from Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor ret


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9982
ポリマ－15,9982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area6350 Å2
手法PISA
3
B: Docking protein 1
D: 13-mer peptide from Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor ret


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9982
ポリマ－15,9982
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area6300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.482, 55.720, 99.126
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Docking protein 1


分子量: 14373.210 Da / 分子数: 2 / 断片: Dok1 PTB Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P97465
#2: タンパク質・ペプチド 13-mer peptide from Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor ret / Polypeptide containing a phosphorylated tyrosine


分子量: 1624.685 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This polypeptide substrate, is synthesized artificially.
参照: UniProt: P35546, EC: 2.7.1.112
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG6000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月26日
放射モノクロメーター: Melting Silicom +Fuzed Quartz / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 44613 / Num. obs: 43666 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 %
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.2 % / Num. unique all: 764 / % possible all: 85.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 850 -RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.22 44613 --
obs0.22 43666 86.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1819 0 0 17 1836
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.1583
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.0716
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3743
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.2273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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