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- PDB-1p5t: Crystal Structure of Dok1 PTB Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p5t
タイトルCrystal Structure of Dok1 PTB Domain
要素Docking protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / RET signaling / negative regulation of MAPK cascade / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Ras protein signal transduction / intracellular signal transduction / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dok1/2/3, PTB domain / : / Phosphotyrosine-binding domain (IRS1-like) / IRS-type PTB domain profile. / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain ...Dok1/2/3, PTB domain / : / Phosphotyrosine-binding domain (IRS1-like) / IRS-type PTB domain profile. / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Shi, N. / Ye, S. / Liu, Y. / Zhou, W. / Ding, Y. / Lou, Z. / Qiang, B. / Yuan, J. / Rao, Z.
引用ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2004
タイトル: Structural Basis for the Specific Recognition of RET by the Dok1 Phosphotyrosine Binding Domain
著者: Shi, N. / Ye, S. / Bartlam, M. / Yang, M. / Wu, J. / Liu, Y. / Sun, F. / Han, X. / Peng, X. / Qiang, B. / Yuan, J. / Rao, Z.
履歴
登録2003年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Docking protein 1
B: Docking protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9342
ポリマ－28,9342
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.110, 56.250, 99.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Docking protein 1 / Dok1


分子量: 14467.001 Da / 分子数: 2 / 断片: Dok1 PTB domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: mdok1 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P97465
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG6000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
17 mg/mlprotein1drop
210 mMMES1droppH6.5
350 mM1dropNaCl
410 mMdithiothreitol1drop
528 %(v/v)PEG60001reservoir
60.1 MMES1reservoirpH6.0
710 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9798, 0.9800, 0.9000
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月1日
放射モノクロメーター: Melting Silicom +Fuzed Quartz / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97981
20.981
30.91
反射解像度: 2.35→40 Å / Num. all: 18607 / Num. obs: 14730 / % possible obs: 79.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / % possible all: 39.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.35→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2654 1379 RANDOM
Rwork0.2179 --
all0.2226 18607 -
obs0.2226 14730 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1687 0 0 16 1703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.77704
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013655
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.91315
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02584
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.265 / Rfactor Rwork: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.78
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.91315
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.02584

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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