[日本語] English
万見
- PDB-4qbn: VRR_NUC domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qbn
タイトルVRR_NUC domain
要素Nuclease
キーワードHYDROLASE / Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclease activity / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能
VRR-NUC domain / VRR-NUC domain / VRR_NUC / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
VRR-NUC domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella phage SETP3 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Smerdon, S.J. / Pennell, S. / Li, J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: FAN1 activity on asymmetric repair intermediates is mediated by an atypical monomeric virus-type replication-repair nuclease domain.
著者: Pennell, S. / Declais, A.C. / Li, J. / Haire, L.F. / Berg, W. / Saldanha, J.W. / Taylor, I.A. / Rouse, J. / Lilley, D.M. / Smerdon, S.J.
履歴
登録2014年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nuclease
B: Nuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2738
ポリマ－21,6972
非ポリマー5766
水1,76598
1
A: Nuclease
ヘテロ分子

A: Nuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2738
ポリマ－21,6972
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_655-x+3/2,-y+1/2,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area10190 Å2
手法PISA
2
B: Nuclease
ヘテロ分子

B: Nuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2738
ポリマ－21,6972
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x,-y+1/2,-z+1/21
Buried area3010 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area10380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.221, 99.329, 109.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-228-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nuclease


分子量: 10848.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella phage SETP3 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3EZR7
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.2M ammonium sulphate, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL
放射モノクロメーター: NA / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20 Å / Num. all: 20375 / Num. obs: 20335 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→19.773 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1972 1037 5.13 %
Rwork0.1634 --
obs0.1651 20234 99.73 %
all-20242 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.773 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1534 0 30 98 1662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0181592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6772138
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.443608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.134216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009272
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.94750.25121620.19852689X-RAY DIFFRACTION99
1.9475-2.06940.24261400.16862733X-RAY DIFFRACTION100
2.0694-2.22890.20541290.15532719X-RAY DIFFRACTION100
2.2289-2.45290.24221380.16712729X-RAY DIFFRACTION100
2.4529-2.8070.20461630.17482734X-RAY DIFFRACTION100
2.807-3.53320.17631460.15982776X-RAY DIFFRACTION100
3.5332-19.77430.18221590.15812817X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3467-1.9649-5.56581.61840.99116.64720.10711.3634-0.702-0.1273-0.109-0.17210.5393-1.0365-0.07530.43040.0234-0.03980.2743-0.12850.368867.01517.153.5618
29.6225.131-4.72298.7456-4.90213.27840.53130.44340.164-0.1833-0.4807-0.085-0.20590.6108-0.09220.370.00910.00180.4188-0.00590.262366.388222.30880.272
35.9413-1.2064-1.2484.23150.51973.49240.17640.1343-0.4136-0.172-0.0041-0.36430.33440.48390.01440.23010.0485-0.01290.2126-0.0570.237171.812215.736.9086
47.8915-3.8895-4.44715.80872.40893.07010.03330.63460.4661-0.53070.1193-0.605-0.34650.8617-0.15920.2005-0.02880.02910.3386-0.01420.310778.316526.18815.2463
53.7630.8492-0.063.89860.95223.98420.2207-0.1278-0.53420.2591-0.1948-0.25010.72480.2230.07870.28730.05-0.06080.161-0.00550.22573.291912.295812.4854
63.60911.6173-2.49872.3299-1.42562.7779-0.35610.02620.0636-0.14080.5104-0.54-1.00661.7102-0.21750.4185-0.46750.04510.5901-0.08720.345589.104642.695224.8222
74.9142-1.6865-3.86275.51021.9697.3170.01640.42610.0853-0.29720.1053-0.59170.00781.0252-0.16470.2248-0.06130.0160.5202-0.04940.198988.365828.801727.0779
81.88020.0841-0.17073.6441-0.07082.89150.06210.15310.1415-0.39560.0577-0.2544-0.32920.6555-0.07870.2569-0.10930.03510.3895-0.03480.215884.362932.820716.5447
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 41 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 65 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 66 through 77 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 78 through 94 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 7 through 24 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 25 through 49 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 50 through 94 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る