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- PDB-4uob: Crystal structure of Deinococcus radiodurans Endonuclease III-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uob
タイトルCrystal structure of Deinococcus radiodurans Endonuclease III-3
要素ENDONUCLEASE III-3
キーワードLYASE / ENDONUCLEASE III / FES CLUSTER / BASE EXCISION REPAIR / DNA GLYCOSYLASE / DEINOCOCCUS RADIODURANS
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 ...Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / IRON/SULFUR CLUSTER / Endonuclease III, putative
類似検索 - 構成要素
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.31 Å
データ登録者Sarre, A. / Okvist, M. / Klar, T. / Hall, D. / Smalas, A.O. / McSweeney, S. / Timmins, J. / Moe, E.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Characterization of Two Unusual Endonuclease III Enzymes from Deinococcus Radiodurans.
著者: Sarre, A. / Okvist, M. / Klar, T. / Hall, D.R. / Smalas, A.O. / Mcsweeney, S. / Timmins, J. / Moe, E.
履歴
登録2014年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22015年8月12日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDONUCLEASE III-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3209
ポリマ－31,4811
非ポリマー8398
水7,963442
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.240, 40.510, 72.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2124-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ENDONUCLEASE III-3


分子量: 31480.668 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 76-338 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
株: R1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: Q9RVU4, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase

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非ポリマー , 5種, 450分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細OUR CLONE IS N-TERMINALLY TRUNCATED - WE DELETED THE FIRST 75 AMINO ACIDS AND ADDED AN N-TERMINAL ...OUR CLONE IS N-TERMINALLY TRUNCATED - WE DELETED THE FIRST 75 AMINO ACIDS AND ADDED AN N-TERMINAL HIS-TAG AND TEV CLEAVAGE SITE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1M MES PH6.5, 1.4M AMMONIUM SULPHATE AND 0.01M COBALT (II) CHLORIDE HEXAHYDRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.07812, 1.735
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.078121
21.7351
反射解像度: 1.31→50 Å / Num. obs: 61009 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.31→1.34 Å / 冗長度: 1.87 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 90.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.31→41.932 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 14.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1593 3081 5.1 %
Rwork0.1335 --
obs0.1348 60998 98.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.31→41.932 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1915 0 35 442 2392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012071
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2572835
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.268789
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007377
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.31-1.33050.27051140.23082283X-RAY DIFFRACTION87
1.3305-1.35230.25031490.20272594X-RAY DIFFRACTION96
1.3523-1.37560.19561100.1832575X-RAY DIFFRACTION97
1.3756-1.40060.20611580.15452623X-RAY DIFFRACTION98
1.4006-1.42760.19881440.15232660X-RAY DIFFRACTION99
1.4276-1.45670.18561310.14272591X-RAY DIFFRACTION99
1.4567-1.48840.21261420.142638X-RAY DIFFRACTION99
1.4884-1.5230.14411410.11922642X-RAY DIFFRACTION99
1.523-1.56110.14641460.11532680X-RAY DIFFRACTION99
1.5611-1.60330.15241440.1122603X-RAY DIFFRACTION99
1.6033-1.65050.14991410.1132664X-RAY DIFFRACTION99
1.6505-1.70380.12981450.11062640X-RAY DIFFRACTION100
1.7038-1.76470.14571570.11482690X-RAY DIFFRACTION100
1.7647-1.83530.15471390.12112644X-RAY DIFFRACTION100
1.8353-1.91880.1961410.17382605X-RAY DIFFRACTION96
1.9188-2.020.16471340.14352625X-RAY DIFFRACTION98
2.02-2.14660.13971430.12482663X-RAY DIFFRACTION100
2.1466-2.31230.18551260.1522570X-RAY DIFFRACTION95
2.3123-2.54490.15191460.12872693X-RAY DIFFRACTION100
2.5449-2.91310.15231470.13422717X-RAY DIFFRACTION100
2.9131-3.66990.15291420.12782708X-RAY DIFFRACTION100
3.6699-41.95330.14061410.12222809X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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