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Yorodumi- PDB-4un5: Crystal structure of Cas9 bound to PAM-containing DNA target cont... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4un5 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Cas9 bound to PAM-containing DNA target containing mismatches at positions 1-3 | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | HYDROLASE/DNA/RNA / HYDROLASE-DNA-RNA COMPLEX / GENOME EDITING / RNP / PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationmaintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA binding / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | STREPTOCOCCUS PYOGENES (bacteria)SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Anders, C. / Niewoehner, O. / Duerst, A. / Jinek, M. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2014Title: Structural Basis of Pam-Dependent Target DNA Recognition by the Cas9 Endonuclease Authors: Anders, C. / Niewoehner, O. / Duerst, A. / Jinek, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 4un5.cif.gz | 677.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4un5.ent.gz | 549.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4un5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4un5_validation.pdf.gz | 487.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4un5_full_validation.pdf.gz | 511.1 KB | Display | |
| Data in XML | 4un5_validation.xml.gz | 56.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 4un5_validation.cif.gz | 83.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/4un5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/4un5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4un3SC ![]() 4un4C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-TARGET DNA STRAND ... , 2 types, 2 molecules CE
| #3: DNA chain | Mass: 3295.203 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
|---|---|
| #5: DNA chain | Mass: 5215.419 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
-RNA chain / Protein / DNA chain , 3 types, 3 molecules ABD
| #1: RNA chain | Mass: 26788.984 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 158875.031 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) STREPTOCOCCUS PYOGENES (bacteria) / Strain: M1 / Plasmid: PEC-K-MBP / Production host: ![]() References: UniProt: Q99ZW2, Hydrolases; Acting on ester bonds |
| #4: DNA chain | Mass: 3410.229 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
-Non-polymers , 2 types, 780 molecules 


| #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Sequence details | N-TERMINAL GAAS SEQUENCE IS DERIVED FROM EXPRESSION PLASMID. H840A MUTATION WAS INTRODUCED TO ...N-TERMINAL GAAS SEQUENCE IS DERIVED FROM EXPRESSION |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.1 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | pH: 8.5 Details: 0.1 M TRIS-ACETATE PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% PEG (W/V) 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL / Date: May 10, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.4→48.35 Å / Num. obs: 164018 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.3 |
| Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 4UN3 Resolution: 2.4→48.349 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.08 / Phase error: 26.2 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→48.349 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
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