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- PDB-4uir: Structure of oleate hydratase from Elizabethkingia meningoseptica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uir
タイトルStructure of oleate hydratase from Elizabethkingia meningoseptica
要素OLEATE HYDRATASE
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oleate hydratase / oleate hydratase activity / response to fatty acid / FAD binding / fatty acid metabolic process / fatty acid binding / response to toxic substance
類似検索 - 分子機能
D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 - #80 / Oleate hydratase / MCRA family / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Oleate hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種ELIZABETHKINGIA MENINGOSEPTICA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Pavkov-Keller, T. / Hromic, A. / Engleder, M. / Emmerstorfer, A. / Steinkellner, G. / Schrempf, S. / Wriessnegger, T. / Leitner, E. / Strohmeier, G.A. / Kaluzna, I. ...Pavkov-Keller, T. / Hromic, A. / Engleder, M. / Emmerstorfer, A. / Steinkellner, G. / Schrempf, S. / Wriessnegger, T. / Leitner, E. / Strohmeier, G.A. / Kaluzna, I. / Mink, D. / Schuermann, M. / Wallner, S. / Macheroux, P. / Pichler, H. / Gruber, K.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Structure-Based Mechanism of Oleate Hydratase from Elizabethkingia Meningoseptica.
著者: Engleder, M. / Pavkov-Keller, T. / Emmerstorfer, A. / Hromic, A. / Schrempf, S. / Steinkellner, G. / Wriessnegger, T. / Leitner, E. / Strohmeier, G.A. / Kaluzna, I. / Mink, D. / Schurmann, M. ...著者: Engleder, M. / Pavkov-Keller, T. / Emmerstorfer, A. / Hromic, A. / Schrempf, S. / Steinkellner, G. / Wriessnegger, T. / Leitner, E. / Strohmeier, G.A. / Kaluzna, I. / Mink, D. / Schurmann, M. / Wallner, S. / Macheroux, P. / Gruber, K. / Pichler, H.
履歴
登録2015年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OLEATE HYDRATASE
B: OLEATE HYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,3587
ポリマ－147,1492
非ポリマー1,2095
水6,089338
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13360 Å2
ΔGint-78.7 kcal/mol
Surface area43590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.174, 143.930, 155.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 OLEATE HYDRATASE / FATTY ACID DOUBLE BOND HYDRATASE / FATTY ACID HYDRATASE / OHYA


分子量: 73574.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ELIZABETHKINGIA MENINGOSEPTICA (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: C7DLJ6, oleate hydratase

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非ポリマー , 5種, 343分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細SOME RESIDUES MISSING IN THE STRUCTURE (DISORDERED)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 23.5MG/ML 10% W/V PEG 20,000; 20% V/V PEG MME 550, 0.03 M OF EACH HALIDE (0.3 M SODIUM FLUORIDE, 0.3 M SODIUM BROMIDE, 0.3 M SODIUM IODIDE) AND 0.1 M MOPS/HEPES-NA PH 7.5 (CONDITION B5, ...詳細: 23.5MG/ML 10% W/V PEG 20,000; 20% V/V PEG MME 550, 0.03 M OF EACH HALIDE (0.3 M SODIUM FLUORIDE, 0.3 M SODIUM BROMIDE, 0.3 M SODIUM IODIDE) AND 0.1 M MOPS/HEPES-NA PH 7.5 (CONDITION B5, MORPHEUS SCREEN, MOLECULAR DIMENSIONS)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→48.8 Å / Num. obs: 49549 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.75→2.92 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IA5

4ia5


解像度: 2.75→48.846 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.16 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CHAIN A CONTAINS FAD AS COFACTOR AND IN CHAIN B IT IS PRESENT BUT NOT WITH HIGH OCCUPANCY AND IT COULD NOT BE FITTED IN THE ELECTRON DENSITY. AT THE C-TERMINUS OF CHAIN B THERE IS ALSO SOME ...詳細: CHAIN A CONTAINS FAD AS COFACTOR AND IN CHAIN B IT IS PRESENT BUT NOT WITH HIGH OCCUPANCY AND IT COULD NOT BE FITTED IN THE ELECTRON DENSITY. AT THE C-TERMINUS OF CHAIN B THERE IS ALSO SOME ADDITIONAL DENSITY FOR UNIDENTIFIED LIGAND. IN CHAIN B THERE ARE SOME DISSORDERED REGIONS AA119-121, AA 624-626 AND AA642- -646. IN CHAIN A RESIDUES 619-623 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2495 2476 5 %
Rwork0.1948 --
obs0.1975 49519 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→48.846 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10227 0 79 338 10644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810540
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96214265
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5573918
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411547
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.80290.34011330.27092524X-RAY DIFFRACTION97
2.8029-2.86010.34381340.27662560X-RAY DIFFRACTION99
2.8601-2.92230.3321370.28042590X-RAY DIFFRACTION99
2.9223-2.99030.36021370.26712595X-RAY DIFFRACTION99
2.9903-3.0650.34241350.25462567X-RAY DIFFRACTION99
3.065-3.14790.29861360.25472595X-RAY DIFFRACTION99
3.1479-3.24050.30271350.24252585X-RAY DIFFRACTION99
3.2405-3.34510.29961380.22852608X-RAY DIFFRACTION99
3.3451-3.46460.28151360.21022581X-RAY DIFFRACTION99
3.4646-3.60330.28181360.1982593X-RAY DIFFRACTION100
3.6033-3.76720.22841370.18482598X-RAY DIFFRACTION99
3.7672-3.96570.24811370.17082604X-RAY DIFFRACTION99
3.9657-4.21410.24061390.17492637X-RAY DIFFRACTION99
4.2141-4.53920.191370.14872605X-RAY DIFFRACTION99
4.5392-4.99560.17541390.14742644X-RAY DIFFRACTION99
4.9956-5.71750.20161410.15962672X-RAY DIFFRACTION100
5.7175-7.19980.21011410.17692689X-RAY DIFFRACTION99
7.1998-48.85410.20491480.16912796X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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