PDB-4g6v: CdiA-CT/CdiI toxin and immunity complex from Burkholderia pseudomallei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g6v

タイトル

CdiA-CT/CdiI toxin and immunity complex from Burkholderia pseudomallei

要素

Adhesin/hemolysin
CdiI

キーワード

TOXIN / tRNase / immunity

機能・相同性

機能・相同性情報

Alpha-Beta Plaits - #2920 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #120 / CDI inhibitor, Bp1026b-like / : / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Burkholderia pseudomallei 1026a (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Morse, R.P. / Nikolakakis, K. / Willet, J. / Gerrick, E. / Low, D.A. / Hayes, C.S. / Goulding, C.W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis of toxicity and immunity in contact-dependent growth inhibition (CDI) systems.
著者: Morse, R.P. / Nikolakakis, K.C. / Willett, J.L. / Gerrick, E. / Low, D.A. / Hayes, C.S. / Goulding, C.W.

履歴

登録	2012年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g6v.cif.gz	182.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g6v.ent.gz	145 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4g6v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4g6v_validation.pdf.gz	475.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4g6v_full_validation.pdf.gz	486.7 KB	表示
XML形式データ	4g6v_validation.xml.gz	33.5 KB	表示
CIF形式データ	4g6v_validation.cif.gz	45.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/4g6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/4g6v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4g6uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3p2e-2 3pn3-2 5ldi-3 4ws8-d 2abi-2 1iuh-d 3tkb-d 2dca-d 6y4y-4 6y73-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adhesin/hemolysin

B: CdiI

C: Adhesin/hemolysin

D: CdiI

E: Adhesin/hemolysin

F: CdiI

G: Adhesin/hemolysin

H: CdiI

ヘテロ分子

123 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adhesin/hemolysin

B: CdiI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Adhesin/hemolysin

D: CdiI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Adhesin/hemolysin

F: CdiI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Adhesin/hemolysin

H: CdiI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.963, 173.654, 174.822
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3
1	4
2	4

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 168:299 )
2	1	1	chain C and (resseq 168:299 )
1	1	2	chain E and (resseq 168:299 )
2	1	2	chain G and (resseq 168:299 )
1	1	3	chain B and (resseq 2:104 )
2	1	3	chain D and (resseq 2:104 )
1	1	4	chain F and (resseq 2:102 )
2	1	4	chain H and (resseq 2:102 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Adhesin/hemolysin 分子量: 18228.092 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2948-3122 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei 1026a (類鼻疽菌) 株: 1026b / 遺伝子: BP1026A_3896 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2KQ03
#2: タンパク質	CdiI 分子量: 12474.045 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei 1026a (類鼻疽菌) 株: 1026b / 遺伝子: cdiI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H9T8H3
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.49 M sodium phosphate monobasic, 0.96 M potassium phosphate dibasic, 10 mM triethylene glycol, 504 nM chymotrypsin, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月11日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→43.4 Å / Num. obs: 34071 / % possible obs: 99.47 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 29.6 %
反射シェル	解像度: 2.64→2.74 Å / 冗長度: 30.1 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.64→43.4 Å / SU ML: 0.76 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2452	1720	5.06 %	RANDOM
R_work	0.2045	-	-	-
obs	0.2065	33975	99.47 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 14.767 Å² / k_sol: 0.306 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	40.7875 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-22.6511 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-18.1364 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.64→43.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6928	0	8	33	6969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7038
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.186	9590
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.376	2532
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1157
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1267

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	C	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.026
2	1	E	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	G	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.096
3	1	B	785	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	D	785	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
4	1	F	781	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	H	781	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.64-2.7135	0.3221	150	0.2642	2567	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7135-2.8011	0.3208	148	0.232	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8011-2.9012	0.2477	154	0.2326	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9012-3.0173	0.3066	131	0.2312	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0173-3.1546	0.3069	130	0.2392	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1546-3.3208	0.2459	140	0.2361	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3208-3.5288	0.2866	139	0.2201	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5288-3.8011	0.236	168	0.1879	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8011-4.1834	0.2057	155	0.1661	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1834-4.788	0.18	141	0.1493	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
4.788-6.0299	0.2126	132	0.1997	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0299-43.4194	0.2407	132	0.2091	2804	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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