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万見
- PDB-4uc3: Translocator protein 18 kDa (TSPO) from Rhodobacter sphaeroides w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uc3
タイトルTranslocator protein 18 kDa (TSPO) from Rhodobacter sphaeroides wild type
要素TRANSLOCATOR PROTEIN TSPO
キーワードMEMBRANE PROTEIN / mitochondria / transport / transmembrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


tetrapyrrole metabolic process / tetrapyrrole binding / lipid binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TspO/MBR-related protein / TspO/MBR-related superfamily / TspO/MBR family
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Chem-YZY / Tryptophan-rich sensory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, F. / Liu, J. / Zheng, Y. / Garavito, R.M. / Ferguson-Miller, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH GM26916 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of translocator protein (TSPO) and mutant mimic of a human polymorphism.
著者: Li, F. / Liu, J. / Zheng, Y. / Garavito, R.M. / Ferguson-Miller, S.
履歴
登録2014年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Structure summary
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSLOCATOR PROTEIN TSPO
B: TRANSLOCATOR PROTEIN TSPO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0026
ポリマ－35,3372
非ポリマー1,6654
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area12950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.100, 61.706, 52.676
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ARGARGchain AAA3 - 1571 - 155
2ALAALAchain BBB3 - 1461 - 144

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要素

#1: タンパク質 TRANSLOCATOR PROTEIN TSPO / TRYPTOPHAN-RICH SENSORY PROTEIN


分子量: 17668.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RFC8
#2: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-YZY / (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-2-O-パルミトイル-L-グリセロ-ル


分子量: 594.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H70O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 32% (w/v) PEG 1000, 100 mM Zn(CH3CO2)2, 100 mM MES, 100 mM NaCH3CO2, K or NH4CH3CO2, and 6-8 % (v/v) 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.003 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.35 Å / Num. obs: 9874 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.226 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→42.209 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2779 372 3.77 %Random selection
Rwork0.2179 ---
obs0.2202 9873 97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.31 Å2 / Biso mean: 35.2583 Å2 / Biso min: 17.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→42.209 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2162 0 104 10 2276
Biso mean--40.59 34.78 -
残基数----275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012339
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3933170
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048345
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006369
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.531815
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1100X-RAY DIFFRACTION6.413TORSIONAL
12B1100X-RAY DIFFRACTION6.413TORSIONAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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