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- PDB-4u9b: Crystal structure of an H-NOX protein from S. oneidensis in the F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u9b
タイトルCrystal structure of an H-NOX protein from S. oneidensis in the Fe(II)NO ligation state
要素NO-binding heme-dependent sensor protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / H-NOX / hemoprotein / gas sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
H-NOX domain / H-NOX domain / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NITRIC OXIDE / PHOSPHATE ION / NO-binding heme-dependent sensor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Herzik Jr., M.A. / Jonnalagadda, R. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Heart Association11PRE7370086 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the role of iron-histidine bond cleavage in nitric oxide-induced activation of H-NOX gas sensor proteins.
著者: Herzik, M.A. / Jonnalagadda, R. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.
履歴
登録2014年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22014年10月15日Group: Database references
改定 1.32015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NO-binding heme-dependent sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2286
ポリマ－21,3291
非ポリマー8995
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.636, 86.716, 33.822
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NO-binding heme-dependent sensor protein


分子量: 21329.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_2144 / プラスミド: pET20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RP523(DE3) / 参照: UniProt: Q8EF49

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非ポリマー , 6種, 126分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide


分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Obtained by equilibrating a 2 or 4 uL drop of 1:1 protein: reservoir against 700 uL reservoir containing 0.7 M NaH2PO4, 0.9 M K2HPO4. Cryoprotection was achieved by carefully adding equal ...詳細: Obtained by equilibrating a 2 or 4 uL drop of 1:1 protein: reservoir against 700 uL reservoir containing 0.7 M NaH2PO4, 0.9 M K2HPO4. Cryoprotection was achieved by carefully adding equal drop volume of mother liquor containing 50% glycerol. Crystals were then transferred into mother liquor containing 30% glycerol and flash frozen in liquid nitrogen. All crystal growth and manipulation was performed anaerobically.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→33.818 Å / Num. all: 45550 / Num. obs: 45550 / % possible obs: 98.46 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U99

4u99


解像度: 1.65→33.818 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2027 2302 5.05 %
Rwork0.1675 --
obs0.1693 45550 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→33.818 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1430 0 57 121 1608
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8642092
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.749557
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029223
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003266
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.68590.38771340.33032591X-RAY DIFFRACTION94
1.6859-1.72510.31971950.30372672X-RAY DIFFRACTION99
1.7251-1.76830.27921320.26532761X-RAY DIFFRACTION99
1.7683-1.81610.3021160.24552716X-RAY DIFFRACTION99
1.8161-1.86950.26651330.22232743X-RAY DIFFRACTION99
1.8695-1.92980.24011330.19292721X-RAY DIFFRACTION99
1.9298-1.99880.22431440.18712755X-RAY DIFFRACTION99
1.9988-2.07880.18291170.17532756X-RAY DIFFRACTION99
2.0788-2.17340.20141530.1592680X-RAY DIFFRACTION99
2.1734-2.2880.22191350.1572740X-RAY DIFFRACTION99
2.288-2.43130.20651440.14892735X-RAY DIFFRACTION99
2.4313-2.61890.18461610.15042710X-RAY DIFFRACTION99
2.6189-2.88240.17961530.15342668X-RAY DIFFRACTION99
2.8824-3.29920.18681380.15212689X-RAY DIFFRACTION97
3.2992-4.15540.17221480.14542657X-RAY DIFFRACTION97
4.1554-33.82510.19231660.15512654X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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