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- PDB-4u7b: Crystal structure of a pre-cleavage Mos1 transpososome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u7b
タイトルCrystal structure of a pre-cleavage Mos1 transpososome
要素
  • DNA (25-MER)
  • DNA (31-MER)
  • Mariner Mos1 transposase
キーワードHydrolase/DNA / transposase / transposon synaptic complex / helix-turn-helix / Rnase-H like fold / DNA transposition / hydrolase-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic DNA integrity checkpoint signaling / DNA topoisomerase binding / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / histone H3K36 methyltransferase activity / DNA double-strand break processing / histone H3K4 methyltransferase activity / replication fork processing / condensed chromosome / DNA integration / double-strand break repair via nonhomologous end joining ...mitotic DNA integrity checkpoint signaling / DNA topoisomerase binding / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / histone H3K36 methyltransferase activity / DNA double-strand break processing / histone H3K4 methyltransferase activity / replication fork processing / condensed chromosome / DNA integration / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #1450 / Transposase, type 1 / Mos1 transposase, HTH domain / : / HTH domain in Mos1 transposase / Transposase (partial DDE domain) / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #1450 / Transposase, type 1 / Mos1 transposase, HTH domain / : / HTH domain in Mos1 transposase / Transposase (partial DDE domain) / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Mariner Mos1 transposase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila mauritiana (ハエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Richardson, J.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust085176/Z/08/Z 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structural role of the flanking DNA in mariner transposon excision.
著者: Dornan, J. / Grey, H. / Richardson, J.M.
履歴
登録2014年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22015年3月11日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (25-MER)
D: DNA (31-MER)
E: DNA (25-MER)
F: DNA (31-MER)
H: DNA (25-MER)
I: DNA (31-MER)
A: Mariner Mos1 transposase
B: Mariner Mos1 transposase
G: Mariner Mos1 transposase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,57812
ポリマ－173,2899
非ポリマー2883
水362
1
C: DNA (25-MER)
D: DNA (31-MER)
E: DNA (25-MER)
F: DNA (31-MER)
A: Mariner Mos1 transposase
B: Mariner Mos1 transposase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,8149
ポリマ－115,5266
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23770 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area48270 Å2
手法PISA
2
H: DNA (25-MER)
I: DNA (31-MER)
G: Mariner Mos1 transposase

H: DNA (25-MER)
I: DNA (31-MER)
G: Mariner Mos1 transposase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,5266
ポリマ－115,5266
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area22610 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area48800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.471, 340.090, 160.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31G

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 5 - 345 / Label seq-ID: 2 - 342

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AG
2BH
3GI

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7768.030 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Drosophila mauritiana (ハエ)
#2: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 9479.146 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Drosophila mauritiana (ハエ)
#3: タンパク質 Mariner Mos1 transposase / Transposable element Mos1 transposase / Mos transposase


分子量: 40515.961 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 4-345 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Drosophila mauritiana (ハエ) / 遺伝子: marinerT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7JQ07, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM Ammonium acetate, 20 mM MgCl2, 50 mM Hepes pH 7.0, 5 % (w/v) PEG 8,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→92.5 Å / Num. obs: 69135 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.09→3.27 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HOS

3hos


解像度: 3.09→29.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 22.348 / SU ML: 0.382 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.424
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2614 2441 5.1 %RANDOM
Rwork0.2284 45725 --
obs0.2301 48166 98.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 243.47 Å2 / Biso mean: 107.443 Å2 / Biso min: 54.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2---4.24 Å20 Å2
3---4.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.09→29.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8575 3447 15 2 12039
Biso mean--169.16 80.54 -
残基数----1194
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01712682
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9691.68417864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9433.00123619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.21251023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.61823.27477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.914151581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7451584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211941
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.77910.7434101
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.77910.7434100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.85116.1065121
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2017MEDIUM POSITIONAL0.420.5
2B2017MEDIUM POSITIONAL0.40.5
3G2017MEDIUM POSITIONAL0.240.5
1A3589LOOSE POSITIONAL0.695
2B3589LOOSE POSITIONAL0.685
3G3589LOOSE POSITIONAL0.595
1A2017MEDIUM THERMAL9.982
2B2017MEDIUM THERMAL10.622
3G2017MEDIUM THERMAL11.032
1A3589LOOSE THERMAL10.7510
2B3589LOOSE THERMAL11.7510
3G3589LOOSE THERMAL11.3610
LS精密化 シェル解像度: 3.09→3.17 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 148 -
Rwork0.336 3084 -
all-3232 -
obs--90.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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