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- PDB-4u62: Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (TSPyV) VP1 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u62
タイトルTrichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (TSPyV) VP1 in complex with 3'-sialyllactose
要素Structural protein VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / viral coat protein / jelly-roll fold / glycan binding
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Stroh, L.J. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: Trichodysplasia spinulosa-Associated Polyomavirus Uses a Displaced Binding Site on VP1 to Engage Sialylated Glycolipids.
著者: Stroh, L.J. / Gee, G.V. / Blaum, B.S. / Dugan, A.S. / Feltkamp, M.C. / Atwood, W.J. / Stehle, T.
履歴
登録2014年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Structural protein VP1
B: Structural protein VP1
C: Structural protein VP1
D: Structural protein VP1
E: Structural protein VP1
F: Structural protein VP1
G: Structural protein VP1
H: Structural protein VP1
I: Structural protein VP1
J: Structural protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,58421
ポリマ－309,94910
非ポリマー1,63511
水42,4252355
1
A: Structural protein VP1
B: Structural protein VP1
C: Structural protein VP1
D: Structural protein VP1
E: Structural protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,96111
ポリマ－154,9755
非ポリマー9876
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24950 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area49110 Å2
手法PISA
2
F: Structural protein VP1
G: Structural protein VP1
H: Structural protein VP1
I: Structural protein VP1
J: Structural protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,62210
ポリマ－154,9755
非ポリマー6485
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24570 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area48420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.240, 152.840, 147.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEALAALAAA45 - 9422 - 71
21ILEILEALAALABB45 - 9422 - 71
31ILEILEALAALACC45 - 9422 - 71
41ILEILEALAALADD45 - 9422 - 71
51ILEILEALAALAEE45 - 9422 - 71
61ILEILEALAALAFF45 - 9422 - 71
71ILEILEALAALAGG45 - 9422 - 71
81ILEILEALAALAHH45 - 9422 - 71
91ILEILEALAALAII45 - 9422 - 71
101ILEILEALAALAJJ45 - 9422 - 71
12TRPTRPMETMETAA113 - 13390 - 110
22TRPTRPMETMETBB113 - 13390 - 110
32TRPTRPMETMETCC113 - 13390 - 110
42TRPTRPMETMETDD113 - 13390 - 110
52TRPTRPMETMETEE113 - 13390 - 110
62TRPTRPMETMETFF113 - 13390 - 110
72TRPTRPMETMETGG113 - 13390 - 110
82TRPTRPMETMETHH113 - 13390 - 110
92TRPTRPMETMETII113 - 13390 - 110
102TRPTRPMETMETJJ113 - 13390 - 110
13PROPROLEULEUAA147 - 240124 - 217
23PROPROLEULEUBB147 - 240124 - 217
33PROPROLEULEUCC147 - 240124 - 217
43PROPROLEULEUDD147 - 240124 - 217
53PROPROLEULEUEE147 - 240124 - 217
63PROPROLEULEUFF147 - 240124 - 217
73PROPROLEULEUGG147 - 240124 - 217
83PROPROLEULEUHH147 - 240124 - 217
93PROPROLEULEUII147 - 240124 - 217
103PROPROLEULEUJJ147 - 240124 - 217
14LEULEULEULEUAA250 - 288227 - 265
24LEULEULEULEUBB250 - 288227 - 265
34LEULEULEULEUCC250 - 288227 - 265
44LEULEULEULEUDD250 - 288227 - 265
54LEULEULEULEUEE250 - 288227 - 265
64LEULEULEULEUFF250 - 288227 - 265
74LEULEULEULEUGG250 - 288227 - 265
84LEULEULEULEUHH250 - 288227 - 265
94LEULEULEULEUII250 - 288227 - 265
104LEULEULEULEUJJ250 - 288227 - 265

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.994393, 0.072429, 0.077052), (0.050533, 0.314596, -0.947879), (-0.092894, 0.946458, 0.309172)2.78722, -43.16415, -79.32949
3given(0.983377, 0.177664, 0.037486), (0.165715, -0.79376, -0.58522), (-0.074218, 0.581704, -0.810007)-3.43686, 18.89888, -145.10034
4given(0.98252, 0.175882, -0.060992), (0.177931, -0.790948, 0.585441), (0.054727, -0.58606, -0.808417)-10.23467, 100.14999, -106.013
5given(0.993462, 0.070127, -0.090082), (0.063568, 0.315624, 0.946753), (0.094825, -0.946289, 0.309103)-8.75341, 88.36788, -16.42954
6given(-0.982011, -0.183009, -0.046488), (-0.174504, 0.78557, 0.593657), (-0.072125, 0.59109, -0.803375)-61.60261, 101.75751, -192.4332
7given(-0.993992, -0.077216, -0.077571), (-0.048837, -0.321366, 0.945695), (-0.097951, 0.943802, 0.315665)-67.52795, 167.53665, -37.14997
8given(-0.999921, -0.004691, 0.011682), (0.004592, -0.999954, -0.008463), (0.011721, -0.008409, 0.999896)-55.51758, 39.88809, 73.76595
9given(-0.992446, -0.084126, 0.089292), (-0.059666, -0.30497, -0.950491), (0.107193, -0.948639, 0.297647)-43.71264, -103.32271, -13.72179
10given(-0.980973, -0.184887, 0.059226), (-0.184559, 0.79344, -0.579993), (0.060241, -0.579888, -0.812466)-46.46658, -65.99577, -177.18538

-
要素

#1: タンパク質
Structural protein VP1


分子量: 30994.908 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (ウイルス)
遺伝子: VP1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E2ESL7
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Na-malonate pH 5.0, 10% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→40 Å / Num. obs: 412698 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U5Z

4u5z


解像度: 1.55→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.913 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18028 20677 5 %RANDOM
Rwork0.15529 ---
obs0.15654 392021 97.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.463 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20 Å20.17 Å2
2---0.66 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20842 0 109 2355 23306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221448
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0219921
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3561.97329186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.745345994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1752703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.75324.936936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.194153521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8671596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.23305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02124449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024714
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5734.6710788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5674.66910787
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0465.23813460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0475.23813461
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.895.48410660
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8915.48410660
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7995.96615714
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.05310.57325377
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.05310.57325378
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1184medium positional0.090.5
B1184medium positional0.060.5
C1184medium positional0.090.5
D1184medium positional0.150.5
E1184medium positional0.130.5
F1184medium positional0.070.5
G1184medium positional0.10.5
H1184medium positional0.090.5
I1184medium positional0.080.5
J1184medium positional0.090.5
A1760loose positional0.335
B1760loose positional0.335
C1760loose positional0.335
D1760loose positional0.365
E1760loose positional0.465
F1760loose positional0.325
G1760loose positional0.395
H1760loose positional0.35
I1760loose positional0.325
J1760loose positional0.325
A1184medium thermal1.032
B1184medium thermal1.192
C1184medium thermal1.322
D1184medium thermal1.122
E1184medium thermal1.112
F1184medium thermal1.172
G1184medium thermal1.172
H1184medium thermal1.122
I1184medium thermal0.822
J1184medium thermal1.132
A1760loose thermal1.5310
B1760loose thermal1.5610
C1760loose thermal1.6810
D1760loose thermal1.5310
E1760loose thermal1.9210
F1760loose thermal1.4110
G1760loose thermal1.6110
H1760loose thermal1.5110
I1760loose thermal1.1810
J1760loose thermal1.5410
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 1427 -
Rwork0.249 27691 -
obs--93.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.14940.1071-1.11460.74880.12510.93240.08280.30420.1395-0.0404-0.03190.1204-0.1069-0.0817-0.05090.1229-0.00840.00180.02270.00990.047-27.415860.1335-75.3947
20.616-0.13670.02190.69410.04350.56460.0240.01020.04190.0086-0.039-0.0595-0.11620.0370.0150.0592-0.03050.00020.02520.00960.0159-16.062656.15-68.8331
30.77280.1149-0.06071.2103-0.03950.7127-0.01860.0895-0.0189-0.258-0.0425-0.049-0.01850.01510.06110.10820.00440.03710.02530.00120.0235-15.220239.6401-93.0286
46.4602-0.15841.4021.01880.05381.1750.14810.2311-0.0905-0.2382-0.11760.01040.08-0.038-0.03050.10470.01340.01620.0308-0.00890.0121-22.55134.5983-94.3301
50.8911-0.2902-0.03021.7395-0.21681.20820.09170.0593-0.2682-0.2215-0.0504-0.08210.2016-0.0428-0.04140.17580.03880.04660.01730.00840.1396-11.16956.5387-84.3165
60.48620.06930.01311.02650.02661.07270.03070.0176-0.0368-0.191-0.0429-0.1230.1573-0.01910.01220.10810.02070.05970.00970.01420.0478-13.231613.2729-83.5239
76.1179-0.5365-1.64350.6227-0.71964.08980.2033-0.3437-0.55480-0.2930.41010.3717-0.66760.08980.235-0.25260.11790.6726-0.37220.449-34.61277.0064-52.2927
80.29560.07590.0071.42120.46210.96610.0142-0.0639-0.07890.144-0.0533-0.11380.31340.00270.03910.1356-0.0136-0.0160.05070.0410.0576-10.727412.3909-54.9395
90.560.17920.01460.8478-0.19180.82870.0401-0.11770.0540.1606-0.0188-0.035-0.03810.023-0.02140.0579-0.0342-0.02630.05750.00780.0256-13.492240.5544-44.5641
101.2538-0.25-0.15340.8435-0.15120.88940.0271-0.0502-0.04260.1145-0.0023-0.00040.0211-0.0665-0.02480.0401-0.0304-0.01280.03750.01550.0068-19.1538.4365-47.393
111.73110.22930.43431.6592-0.47821.49330.08350.00680.19280.4644-0.0879-0.0354-0.44420.11950.00440.4228-0.05360.01410.0374-0.02390.0479-47.164830.9211-125.2277
120.3163-0.04120.03931.6452-0.61.09040.0118-0.04870.06860.4343-0.0947-0.0576-0.41380.12920.08290.3089-0.0822-0.02640.0461-0.00540.021-44.708928.1235-128.8254
131.12040.1137-0.22411.6099-0.30341.28670.1129-0.2594-0.17930.2491-0.1607-0.28960.07060.31210.04780.2146-0.0151-0.03750.12880.05690.08-36.381-5.5496-117.4167
140.38830.0644-0.09661.0369-0.14141.19420.0545-0.1163-0.04380.3082-0.0896-0.0545-0.10170.16090.0350.1906-0.054-0.01610.06610.02260.0096-42.71152.3384-119.7405
155.5279-0.0551.03120.6688-0.18280.72140.01530.2912-0.1095-0.054-0.0018-0.1380.08460.1008-0.01340.18750.0343-0.00120.0249-0.01740.0981-30.1574-19.3183-149.0279
160.4888-0.21620.01420.6102-0.12320.474-0.0030.0069-0.06330.0419-0.01830.0070.14860.03880.02130.1120.0021-0.02060.02720.00330.0544-41.0467-15.2447-142.2529
177.8963-2.29160.35643.5398-0.34691.6670.07430.20890.3245-0.0871-0.0158-0.6721-0.0320.3927-0.05850.1229-0.01510.04510.307-0.03760.1505-18.24866.9938-170.7504
180.6014-0.09130.02421.4982-0.02430.92760.02090.1247-0.0249-0.1589-0.0223-0.03280.12990.07690.00140.06570.0061-0.01810.0449-0.00080.0167-44.22321.9145-165.5896
191.68260.49550.11542.37220.28141.34590.02090.14740.25270.0635-0.0191-0.1122-0.24340.1371-0.00180.1436-0.038-0.03050.03490.03350.0632-45.297234.0389-155.8474
200.39410.09890.01781.309-0.11421.02040.020.03820.04620.0477-0.0366-0.0565-0.18140.07840.01650.0842-0.0275-0.03310.02190.01810.0293-44.6228.5099-156.8803
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A32 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2A66 - 303
3X-RAY DIFFRACTION3B32 - 279
4X-RAY DIFFRACTION4B280 - 303
5X-RAY DIFFRACTION5C33 - 101
6X-RAY DIFFRACTION6C102 - 303
7X-RAY DIFFRACTION7D24 - 50
8X-RAY DIFFRACTION8D51 - 303
9X-RAY DIFFRACTION9E33 - 198
10X-RAY DIFFRACTION10E199 - 303
11X-RAY DIFFRACTION11F24 - 88
12X-RAY DIFFRACTION12F89 - 303
13X-RAY DIFFRACTION13G33 - 72
14X-RAY DIFFRACTION14G73 - 303
15X-RAY DIFFRACTION15H32 - 65
16X-RAY DIFFRACTION16H66 - 303
17X-RAY DIFFRACTION17I33 - 50
18X-RAY DIFFRACTION18I51 - 303
19X-RAY DIFFRACTION19J33 - 81
20X-RAY DIFFRACTION20J82 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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