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- PDB-4u60: Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (TSPyV) VP1 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u60
タイトルTrichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (TSPyV) VP1 in complex with GM1 oligosaccharide
要素Structural protein VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / viral coat protein / jelly-roll fold / carbohydrate binding
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Stroh, L.J. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: Trichodysplasia spinulosa-Associated Polyomavirus Uses a Displaced Binding Site on VP1 to Engage Sialylated Glycolipids.
著者: Stroh, L.J. / Gee, G.V. / Blaum, B.S. / Dugan, A.S. / Feltkamp, M.C. / Atwood, W.J. / Stehle, T.
履歴
登録2014年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structural protein VP1
B: Structural protein VP1
C: Structural protein VP1
D: Structural protein VP1
E: Structural protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,77024
ポリマ－154,9755
非ポリマー4,79519
水29,4911637
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31780 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area48740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.990, 152.050, 67.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUILEILEAA50 - 9627 - 73
21LEULEUILEILEBB50 - 9627 - 73
31LEULEUILEILECC50 - 9627 - 73
41LEULEUILEILEDD50 - 9627 - 73
51LEULEUILEILEEE50 - 9627 - 73
12GLUGLUILEILEAA114 - 18791 - 164
22GLUGLUILEILEBB114 - 18791 - 164
32GLUGLUILEILECC114 - 18791 - 164
42GLUGLUILEILEDD114 - 18791 - 164
52GLUGLUILEILEEE114 - 18791 - 164
13HISHISARGARGAA189 - 302166 - 279
23HISHISARGARGBB189 - 302166 - 279
33HISHISARGARGCC189 - 302166 - 279
43HISHISARGARGDD189 - 302166 - 279
53HISHISARGARGEE189 - 302166 - 279

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.314692, -0.940704, -0.126669), (0.949103, 0.310003, 0.055692), (-0.013122, -0.137748, 0.99038)52.21084, -20.07006, 3.98898
3given(-0.788991, -0.572123, -0.223983), (0.598305, -0.79835, -0.068324), (-0.139728, -0.187917, 0.972195)87.21668, 23.65965, 10.56549
4given(-0.792343, 0.594685, -0.136174), (-0.570488, -0.80133, -0.180041), (-0.216188, -0.064968, 0.974188)56.16064, 70.65475, 10.28934
5given(0.312936, 0.949772, 0.002039), (-0.939995, 0.310021, -0.142465), (-0.135941, 0.042666, 0.989798)2.23725, 55.98742, 4.12092

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Structural protein VP1


分子量: 30994.908 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 31-304 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (ウイルス)
遺伝子: VP1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E2ESL7

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糖 , 3種, 5分子

#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)]beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3[DGalpNAcb1-4]DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3/a3-b2_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha- ...beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 998.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-4-2/a4-b1_b3-c2_b4-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 1651分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100 mM Na-malonate pH 5.0, 10% PEG 3350, 10 mM GM1 oligosaccharide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月15日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 238315 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 5.3 % / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
Cootモデル構築
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U5Z

4u5z


解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.508 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17994 11948 5 %RANDOM
Rwork0.15764 ---
obs0.15874 226492 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.962 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10436 0 323 1637 12396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211199
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.419215293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83324035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.13651407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.58424.928483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.352151814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7921550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21767
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02112563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022420
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.480.8365448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4790.8365447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7971.2516813
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.7971.2516814
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8871.0165751
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8861.0165751
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3441.488444
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.759.12713859
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.759.12613858
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3421 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Aloose positional0.345
Bloose positional0.375
Cloose positional0.335
Dloose positional0.385
Eloose positional0.375
Aloose thermal0.7210
Bloose thermal1.1210
Cloose thermal0.8810
Dloose thermal0.8910
Eloose thermal0.7810
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 874 -
Rwork0.253 16639 -
obs--99.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.56260.0634-0.77241.35420.85845.71710.01640.26170.0533-0.1748-0.06760.1668-0.2312-0.37760.05110.02590.0202-0.0260.1366-0.01090.13379.754222.90392.7993
21.6974-1.11890.52565.9065-2.26662.5866-0.0792-0.2608-0.06650.51610.17390.3232-0.0008-0.2772-0.09470.0889-0.0320.05790.0851-0.02030.050812.955114.722432.7487
30.6270.0591-0.41990.6431-0.41113.1411-0.00290.2171-0.0571-0.1398-0.04230.15440.1749-0.37480.04520.04110.0038-0.01080.1102-0.04720.11368.693517.36961.7122
40.3159-0.0210.05030.96720.10720.32150.03760.016-0.02790.0595-0.05210.15370.0334-0.04280.01450.0185-0.01220.02130.0345-0.01990.052218.192315.838318.9416
50.67980.16180.64210.81930.41783.9466-0.00250.1388-0.0312-0.0765-0.01210.10060.0119-0.03940.01460.01030.00030.00190.0395-0.02140.077315.612420.77046.7038
61.42110.24170.2081.44340.21872.1522-0.04320.31660.1309-0.2633-0.00010.0988-0.19650.01910.04330.0760.00410.00540.07320.02860.064527.606652.853210.8418
71.51730.5891-0.71382.2517-1.0653.36480.01770.00710.150.0851-0.01130.2871-0.2522-0.0566-0.00630.03240.00170.02250.0036-0.01150.09919.022447.594924.1128
80.93920.14230.13330.87120.06780.3462-0.00570.04680.06530.0449-0.01870.165-0.0194-0.04830.02440.02510.00110.02680.0128-0.0040.051322.688641.964319.5382
92.33160.3222-0.41970.61020.37661.045-0.07780.3982-0.0244-0.23240.02450.12170.003-0.07290.05330.13570.0104-0.04560.07780.00370.064328.296545.09373.1957
101.20750.01060.66111.601-1.17835.1564-0.02050.13990.1242-0.0451-0.0660.032-0.1336-0.0280.08650.01440.0040.00810.02550.00820.038529.226846.902914.5805
111.1341-0.62910.2421.4651-0.21373.05880.03190.24840.2367-0.213-0.1364-0.2925-0.11790.18160.10450.0566-0.0110.04280.07110.06080.202659.725147.25810.0338
125.7944-2.9149-2.47422.30111.41353.6516-0.2673-0.70810.33370.49050.3239-0.275-0.0160.3543-0.05660.18020.0141-0.06450.0895-0.03120.078650.150345.466138.7717
130.5128-0.0552-0.24620.7497-0.15193.11630.07340.1450.2044-0.0601-0.1347-0.2699-0.34990.18740.06130.05530.01130.02420.08880.08720.195859.312451.60489.4925
140.4169-0.39160.11021.13260.02640.0525-0.004-0.0380.05640.2130.0004-0.13430.0308-0.01240.00360.0648-0.0187-0.02480.0170.00690.049850.591138.058228.9717
150.8108-0.2818-0.28991.0203-0.02960.43980.05230.0790.1205-0.0389-0.0753-0.163-0.02070.00880.0230.0142-0.0009-0.00010.01760.02650.067850.703146.723116.7308
162.00330.7314-1.40862.7046-1.98487.3453-0.13630.29520.0379-0.40280.0485-0.0084-0.0614-0.0860.08780.12710.02480.02380.15350.01970.139967.498415.6894-7.5081
170.55030.0728-0.0980.76760.08811.8372-0.0584-0.0147-0.00760.011-0.0178-0.22320.1280.17450.07620.03070.0048-0.02770.02250.02460.131665.77113.685218.9723
180.70020.35220.01060.8707-0.11420.02810.0032-0.10540.05290.1201-0.0334-0.1196-0.0015-0.00180.03020.07330.0053-0.02550.02520.00130.054754.348316.324627.7419
190.63950.0898-0.15410.94310.42370.6696-0.00940.02720.0562-0.0120.01-0.2054-0.00010.0354-0.00070.0228-0.0037-0.01740.00960.01850.104962.268522.021718.6663
201.61010.6707-3.0250.7783-1.08916.6253-0.05770.0958-0.0613-0.1222-0.0905-0.1701-0.1378-0.01190.14830.0776-0.0248-0.00310.09270.04520.084963.723214.46573.3317
217.6384-0.6367-4.33161.9270.93016.84030.24860.64480.0012-0.2303-0.2244-0.0271-0.2345-0.4847-0.02420.14980.0324-0.00180.0744-0.0090.052838.484-1.3533-11.4771
220.5271-0.00020.01610.4295-0.04741.2019-0.01270.0381-0.12110.0497-0.02590.03250.1727-0.05140.03870.0692-0.0140.0060.008-0.00950.042335.2502-4.906220.4816
230.7495-0.5277-0.72781.09250.86271.2184-0.0193-0.0072-0.03340.0426-0.0190.0410.02060.00060.03830.0259-0.0106-00.00550.00260.010131.87236.084515.1976
241.53040.41340.18940.76740.08251.5671-0.0160.0575-0.25130.03280.0134-0.15530.16670.09870.00260.05550.0068-0.00050.0086-0.00510.057550.5413-4.708520.7216
250.349-0.1983-0.08420.75450.55631.84750.02060.0452-0.0102-0.0642-0.0322-0.0402-0.0346-0.00930.01150.0267-0.00920.00720.0134-0.00340.009837.09754.84199.2679
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2A65 - 81
3X-RAY DIFFRACTION3A82 - 121
4X-RAY DIFFRACTION4A122 - 248
5X-RAY DIFFRACTION5A249 - 303
6X-RAY DIFFRACTION6B33 - 69
7X-RAY DIFFRACTION7B70 - 101
8X-RAY DIFFRACTION8B109 - 240
9X-RAY DIFFRACTION9B241 - 271
10X-RAY DIFFRACTION10B272 - 303
11X-RAY DIFFRACTION11C24 - 64
12X-RAY DIFFRACTION12C65 - 81
13X-RAY DIFFRACTION13C82 - 121
14X-RAY DIFFRACTION14C122 - 179
15X-RAY DIFFRACTION15C180 - 303
16X-RAY DIFFRACTION16D33 - 49
17X-RAY DIFFRACTION17D50 - 121
18X-RAY DIFFRACTION18D122 - 179
19X-RAY DIFFRACTION19D180 - 285
20X-RAY DIFFRACTION20D286 - 303
21X-RAY DIFFRACTION21E33 - 49
22X-RAY DIFFRACTION22E50 - 103
23X-RAY DIFFRACTION23E104 - 162
24X-RAY DIFFRACTION24E163 - 220
25X-RAY DIFFRACTION25E221 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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