PDB-4u4m: Crystal structure of 0.5M urea unfolded YagE, a KDG aldolase prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u4m

タイトル

Crystal structure of 0.5M urea unfolded YagE, a KDG aldolase protein in complex with Pyruvate

要素

YagE

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / TIM barrel / NAL superfamily / KDGA / Schiff base / catalytic triad / Chemical denaturant / Urea promoted unfolding

機能・相同性

機能・相同性情報

2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase / aldonic acid catabolic process / 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.09 Å

データ登録者

Manoj Kumar, P. / Bhaskar, V. / Manicka, S. / Krishnaswamy, S.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of 0.5M urea unfolded YagE, a KDG aldolase protein in complex with Pyruvate
著者: Manoj Kumar, P. / Bhaskar, V. / Manicka, S. / Krishnaswamy, S.

履歴

登録	2014年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u4m.cif.gz	228.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u4m.ent.gz	184.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u4m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4u4m_validation.pdf.gz	489.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4u4m_full_validation.pdf.gz	500.1 KB	表示
XML形式データ	4u4m_validation.xml.gz	41.3 KB	表示
CIF形式データ	4u4m_validation.cif.gz	56.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/4u4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/4u4m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2v8zS 3n2x S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3nev-d 2v9d-d 4oe7-d 4onv-d 2v8z-d 3n2x-d 4ptn-d 3eb2-d 3cpr-1 6rb7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YagE

B: YagE

C: YagE

D: YagE

ヘテロ分子

130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.400, 155.640, 55.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 12 - 309 / Label seq-ID: 1 - 298

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	YagE 分子量: 32119.775 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: YAGE / プラスミド: pET28A / 詳細 (発現宿主): PET28TEVH/YAGE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P75682*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-URE / UREA / 尿素分子量: 60.055 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄N₂O
#3: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸分子量: 88.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: 15% PEG3350, 200mM MgCl2, 100mM HEPES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9747 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9747 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.09→19.88 Å / Num. obs: 23206 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.36 Å² / R_merge(I) obs: 0.2197 / Net I/σ(I): 11.88
反射シェル	解像度: 3.09→3.2 Å / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.6216 / Mean I/σ(I) obs: 5.17 / % possible all: 99.69

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0032 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2V8Z

2v8z

解像度: 3.09→19.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 20.441 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.494 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24315	1161	5 %	RANDOM
R_work	0.21182	-	-	-
obs	0.21349	22044	99.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.599 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.67 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	3.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.09→19.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9039	0	100	3	9142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	9320
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	9087
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.341	1.974	12660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.006	3	20849
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.587	5	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.933	24.453	375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.321	15	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.063	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	10557
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.029	2.419	4786
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.028	2.415	4765
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.712	3.623	5961
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.712	3.621	5952
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.145	2.532	4534
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.145	2.532	4534
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.934	3.752	6699
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.083	19.45	10394
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.083	19.451	10395
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18821	0.07
1	2	B	18821	0.07
2	1	A	18916	0.07
2	2	C	18916	0.07
3	1	A	18725	0.08
3	2	D	18725	0.08
4	1	B	18839	0.08
4	2	C	18839	0.08
5	1	B	18940	0.08
5	2	D	18940	0.08
6	1	C	18718	0.08
6	2	D	18718	0.08

LS精密化シェル

解像度: 3.09→3.168 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	83	-
R_work	0.27	1565	-
obs	-	-	99.58 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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