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- PDB-4u1g: Plasmodium falciparum reticulocyte-binding protein homologue 5 (P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u1g
タイトルPlasmodium falciparum reticulocyte-binding protein homologue 5 (PfRH5) bound to monoclonal antibody QA1
要素
  • QA1 monoclonal antibody heavy chain
  • QA1 monoclonal antibody light chain
  • Reticulocyte binding protein 5
キーワードIMMUNE SYSTEM / malaria erythrocyte invasion antibody-mediated inhibition
機能・相同性Rh5 coiled-coil domain / Rh5 coiled-coil domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Reticulocyte binding protein 5
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wright, K.E. / Hjerrild, K.A. / Bartlett, J. / Douglas, A.D. / Jin, J. / Brown, R.E. / Ashfield, R. / Clemmensen, S.B. / de Jongh, W.A. / Draper, S.J. / Higgins, M.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure of malaria invasion protein RH5 with erythrocyte basigin and blocking antibodies.
著者: Wright, K.E. / Hjerrild, K.A. / Bartlett, J. / Douglas, A.D. / Jin, J. / Brown, R.E. / Illingworth, J.J. / Ashfield, R. / Clemmensen, S.B. / de Jongh, W.A. / Draper, S.J. / Higgins, M.K.
履歴
登録2014年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22014年12月3日Group: Database references
改定 1.32015年7月22日Group: Source and taxonomy
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reticulocyte binding protein 5
B: QA1 monoclonal antibody heavy chain
C: QA1 monoclonal antibody light chain
D: Reticulocyte binding protein 5
E: QA1 monoclonal antibody heavy chain
F: QA1 monoclonal antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,4136
ポリマ－234,4136
非ポリマー00
水00
1
A: Reticulocyte binding protein 5
B: QA1 monoclonal antibody heavy chain
C: QA1 monoclonal antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,2063
ポリマ－117,2063
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Reticulocyte binding protein 5
E: QA1 monoclonal antibody heavy chain
F: QA1 monoclonal antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,2063
ポリマ－117,2063
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.120, 137.300, 228.579
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Reticulocyte binding protein 5


分子量: 63128.816 Da / 分子数: 2 / 変異: yes / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: B2L3N7
#2: 抗体 QA1 monoclonal antibody heavy chain


分子量: 27635.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#3: 抗体 QA1 monoclonal antibody light chain


分子量: 26442.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12 M mix of 1,6-hexanediol, 1-butanol, 1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol. 0.1 M MES-imidazole (pH 6.5) 20% (w/v) PEG 550 MM 10% (w/v) PEG 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→47.24 Å / Num. obs: 36313 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 100.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U0R, 1I7Z, 2ZN9

4u0r

1i7z

2zn9


解像度: 3.1→46.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8572 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.485
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2808 1793 4.94 %RANDOM
Rwork0.2358 ---
obs0.238 36259 95.14 %-
原子変位パラメータBiso mean: 102.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--29.8685 Å20 Å20 Å2
2--32.3883 Å20 Å2
3----2.5198 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.796 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→46.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11478 0 0 0 11478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0111759HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3215912HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4071SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes276HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1668HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11759HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.94
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1570SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12847SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.19 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 140 4.77 %
Rwork0.2661 2796 -
all0.2701 2936 -
obs--95.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.19160.8062-0.10053.462-1.27410.2862-0.0954-0.0264-0.0103-0.252-0.0087-0.08920.1067-0.0540.1041-0.2109-0.15010.0087-0.3040.152-0.211785.2029131.245-54.3669
21.21430.5067-0.4513.5027-1.67351.4331-0.2108-0.3516-0.20540.0467-0.1208-0.062-0.08290.46770.3316-0.24850.01230.0047-0.10310.1322-0.236570.914875.5889-19.3285
31.24541.4212-0.46541.8004-0.76821.7226-0.30180.0878-0.3686-0.31780.0623-0.10210.24630.13420.2395-0.22290.0660.152-0.30020.038-0.23466.391562.3222-31.3985
40.0647-0.61170.98254.2457-2.17951.1749-0.1002-0.3813-0.0926-0.08280.0974-0.1349-0.1582-0.10210.0028-0.05740.0712-0.152-0.3040.152-0.276282.5973146.66-28.1282
52.0206-1.74851.17485.177-2.31112.04-0.23130.1473-0.03310.1788-0.03510.1774-0.0904-0.01210.2665-0.2671-0.0374-0.1516-0.23960.0734-0.30496.917688.84043.5845
61.1974-1.68061.12353.2113-1.47910.351-0.2935-0.09720.06070.08660.04270.0448-0.19510.05650.25080.05830.0529-0.1476-0.27340.0895-0.3031101.4492.775521.0726
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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