[日本語] English
万見
- PDB-4zzk: Crystal structure of truncated FlgD (monoclinic form) from the hu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zzk
タイトルCrystal structure of truncated FlgD (monoclinic form) from the human pathogen Helicobacter pylori
要素Basal-body rod modification protein FlgD
キーワードMOTOR PROTEIN / Flagellum / Hook-caping protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum organization
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #4070 / Flagellar hook capping protein / Flagellar hook capping protein - N-terminal region / FlgD Ig-like domain / FlgD Ig-like domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Basal-body rod modification protein FlgD
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Pulic, I. / Cendron, L. / Salamina, M. / Matkovic-Calogovic, D. / Zanotti, G.
資金援助 イタリア, クロアチア, 3件
組織認可番号国
European Community's Seventh Framework Program (FP7/2007-2013)283570 イタリア
PRIN 2010-2011 (MIUR) イタリア
Ministry of Science, Education and Sports119-1193079-1084 クロアチア
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of truncated FlgD from the human pathogen Helicobacter pylori.
著者: Pulic, I. / Cendron, L. / Salamina, M. / Polverino de Laureto, P. / Matkovic-Calogovic, D. / Zanotti, G.
履歴
登録2015年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Basal-body rod modification protein FlgD
B: Basal-body rod modification protein FlgD
C: Basal-body rod modification protein FlgD
D: Basal-body rod modification protein FlgD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8544
ポリマ－65,8544
非ポリマー00
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area32520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.420, 34.220, 131.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.58, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 127 - 272 / Label seq-ID: 1 - 146

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Basal-body rod modification protein FlgD


分子量: 16463.596 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 127-272 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain G27) (ピロリ菌)
株: G27 / 遺伝子: flgD, HPG27_858 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B5Z7R3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: Prism
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: SPG,PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→54.09 Å / Num. obs: 18375 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.75→2.88 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZZF

4zzf


解像度: 2.75→38.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 16.528 / SU ML: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.416 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27487 1838 10 %RANDOM
Rwork0.22067 ---
obs0.22599 16537 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.351 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→38.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4628 0 0 44 4672
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194712
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.024524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.491.976324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.432310496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5515580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.33726.316228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.62415900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9061512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021016
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9465.9312332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.9365.9292331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.9568.8762908
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.9558.8782909
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8286.4042380
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.8276.4062381
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.979.3443417
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.5954.87518421
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.58954.87518419
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A171520.08
12B171520.08
21A171420.09
22C171420.09
31A170200.09
32D170200.09
41B171700.08
42C171700.08
51B171680.09
52D171680.09
61C170080.1
62D170080.1
LS精密化 シェル解像度: 2.746→2.817 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.486 133 -
Rwork0.348 1195 -
obs--98.3 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る