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万見
- PDB-4tyt: Crystal Structure of BcII metallo-beta-lactamase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tyt
タイトルCrystal Structure of BcII metallo-beta-lactamase in complex with ML302F
要素Beta-lactamase 2
キーワードHYDROLASE / antimicrobial resistance / metallo beta lactamase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase ...: / Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-S3C / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.799 Å
データ登録者Brem, J. / van Berkel, S.S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100135 英国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2014
タイトル: Rhodanine hydrolysis leads to potent thioenolate mediated metallo-beta-lactamase inhibition.
著者: Brem, J. / van Berkel, S.S. / Aik, W. / Rydzik, A.M. / Avison, M.B. / Pettinati, I. / Umland, K.D. / Kawamura, A. / Spencer, J. / Claridge, T.D. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2014年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 2.02017年9月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 3.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5986
ポリマ－24,9961
非ポリマー6035
水4,756264
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area330 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.079, 61.358, 69.416
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-410-

HOH

21A-561-

HOH

31A-597-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-lactamase 2 / Beta-lactamase II / Cephalosporinase / Penicillinase


分子量: 24995.533 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-257 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: blm / プラスミド: pet9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04190, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 269分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-S3C / (2Z)-2-sulfanyl-3-(2,3,6-trichlorophenyl)prop-2-enoic acid / (Z)-2-メルカプト-3-(2,3,6-トリクロロフェニル)アクリル酸


分子量: 283.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H5Cl3O2S
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 % / 解説: rhombohedral
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2 M A.S., 0.1M BIS-TRIS, 25% PEG 3350 / PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月22日 / 詳細: Osmic HF mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→28 Å / Num. obs: 20706 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 18.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 7.86
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClear1.4.0データ収集
DENZO701c3.db027データ削減
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
Coot0.6.2モデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C09

4c09


解像度: 1.799→28.054 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2013 2006 9.69 %
Rwork0.15 --
obs0.1549 20704 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.799→28.054 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1672 0 28 264 1964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9862403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.96654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004301
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.84390.31041350.25461357X-RAY DIFFRACTION98
1.8439-1.89370.25831420.23651294X-RAY DIFFRACTION99
1.8937-1.94950.2731450.1981317X-RAY DIFFRACTION100
1.9495-2.01240.25091410.18711320X-RAY DIFFRACTION99
2.0124-2.08430.24361450.17361328X-RAY DIFFRACTION100
2.0843-2.16770.20041410.16821323X-RAY DIFFRACTION100
2.1677-2.26630.20691490.14751350X-RAY DIFFRACTION100
2.2663-2.38570.20341520.14051332X-RAY DIFFRACTION100
2.3857-2.53510.18641400.13891319X-RAY DIFFRACTION100
2.5351-2.73070.19371370.14691344X-RAY DIFFRACTION100
2.7307-3.00520.1851430.15141334X-RAY DIFFRACTION100
3.0052-3.43940.1991480.13281346X-RAY DIFFRACTION100
3.4394-4.33070.18521440.11631354X-RAY DIFFRACTION100
4.3307-28.05780.1611440.13711380X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.71450.4506-0.91171.7005-0.88672.62080.00650.50940.5686-0.287-0.0849-0.7212-0.45380.7675-0.08990.2217-0.0820.00230.48540.08780.259170.28844.86248.8656
21.5238-0.17170.28981.489-0.84444.1877-0.03630.12690.0707-0.032-0.07190.029-0.20730.07280.06250.1001-0.0039-0.02260.1139-0.02040.118355.59062.548912.735
31.9346-0.26180.64081.16510.06283.30650.01280.095-0.03890.051-0.0334-0.08810.14320.31890.05460.10080.01970.0050.12750.0030.145765.9048-5.117125.4431
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 65 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 175 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 176 through 290 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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