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- PDB-4txe: ScCTS1 in complex with compound 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4txe
タイトルScCTS1 in complex with compound 5
要素Endochitinase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / chitinase (キチナーゼ) / plant-type / inhibitor (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / septum digestion after cytokinesis / fungal-type cell wall / cellular bud neck / fungal-type vacuole / キチナーゼ / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process ...endochitinase activity / septum digestion after cytokinesis / fungal-type cell wall / cellular bud neck / fungal-type vacuole / キチナーゼ / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / cell wall organization / 核膜 / 小胞体 / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding module family 19 / Carbohydrate binding domain (family 19) / Chitinase Cts1-like / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily ...Carbohydrate-binding module family 19 / Carbohydrate binding domain (family 19) / Chitinase Cts1-like / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-38F / Endochitinase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Schuettelkopf, A.W. / van Aalten, D.M.F.
引用ジャーナル: FEBS Lett / 年: 2014
タイトル: Screening-based discovery of Aspergillus fumigatus plant-type chitinase inhibitors
著者: Lockhart, D.E. / Schuettelkopf, A.W. / Blair, D.E. / van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2014年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endochitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8422
ポリマ－31,5301
非ポリマー3111
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.773, 112.159, 37.164
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-557-

HOH

21A-559-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Endochitinase / Soluble cell wall protein 2


分子量: 31530.234 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-315 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CTS1, SCW2, YLR286C, L8003.13 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P29029, キチナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-38F / (2S)-1-(2,3-dihydro-1H-inden-2-ylamino)-3-(3,4-dimethylphenoxy)propan-2-ol


分子量: 311.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25NO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 293.14 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 0.8 M NaH2PO4, 0.8 M KH2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 27572 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 61.5

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0069 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2UY2

2uy2


解像度: 1.8→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.755 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19108 1386 5 %RANDOM
Rwork0.16055 ---
obs0.16211 26152 94.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.629 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20 Å20 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2174 0 23 210 2407
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022268
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4911.9523098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.8873.0064588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022681
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02535
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7951.8661160
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7951.8641159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3952.7921451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3952.7941452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8261.8851108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8251.8851109
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3772.8031646
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.83818.9912128
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.40818.6982022
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 68 -
Rwork0.25 1264 -
obs--63.61 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 42.6658 Å / Origin y: 21.7709 Å / Origin z: 32.3922 Å
111213212223313233
T0.0303 Å2-0.0104 Å2-0.0075 Å2-0.0326 Å2-0.0016 Å2--0.0056 Å2
L1.219 °2-0.4902 °2-0.0525 °2-1.2793 °2-0.0012 °2--0.706 °2
S-0.019 Å °0.0269 Å °0.0629 Å °-0.0426 Å °0.0074 Å °-0.0208 Å °-0.0592 Å °0.0174 Å °0.0116 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 312
2X-RAY DIFFRACTION1L1
3X-RAY DIFFRACTION1W1 - 248
4X-RAY DIFFRACTION1X1 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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