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- PDB-4twa: Crystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase (PRS) from Plasmodium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4twa
タイトルCrystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase (PRS) from Plasmodium falciparum
要素Proline--tRNA ligase
キーワードLIGASE / Protein translation / Halofuginone / Malaria / Inhibitor / PRS / Synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


Ala-tRNA(Pro) hydrolase activity / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
C-terminal domain of ProRS / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type ...C-terminal domain of ProRS / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Translation Initiation Factor IF3 / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Jain, V. / Yogavel, M. / Sharma, A.
引用ジャーナル: J. Struct. Funct. Genomics / 年: 2014
タイトル: Structural and functional analysis of the anti-malarial drug target prolyl-tRNA synthetase.
著者: Jain, V. / Kikuchi, H. / Oshima, Y. / Sharma, A. / Yogavel, M.
履歴
登録2014年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proline--tRNA ligase
B: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,87219
ポリマ－115,6022
非ポリマー1,26917
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6900 Å2
ΔGint-203 kcal/mol
Surface area40040 Å2
手法PISA
2
A: Proline--tRNA ligase
B: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Proline--tRNA ligase
B: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,74438
ポリマ－231,2054
非ポリマー2,53934
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area16340 Å2
ΔGint-427 kcal/mol
Surface area77560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.240, 104.106, 111.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Proline--tRNA ligase / Prolyl-tRNA synthetase / ProRS


分子量: 57801.188 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 254-746 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: proRS, PFL0670c / プラスミド: pETM41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q8I5R7, proline-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.8 M lithium sulphate monohydrate and 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 30738 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.689 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K86

4k86


解像度: 3→38.79 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.5 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2493 1583 5.18 %Random selection
Rwork0.172 ---
obs0.1753 30581 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→38.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7786 0 61 57 7904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098121
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22711028
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0632980
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471181
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061387
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0005-3.09720.34631380.23482629X-RAY DIFFRACTION95
3.0972-3.20780.34241320.22482628X-RAY DIFFRACTION95
3.2078-3.3360.30591440.20322621X-RAY DIFFRACTION95
3.336-3.48760.29921390.18322613X-RAY DIFFRACTION95
3.4876-3.67120.29751530.19622614X-RAY DIFFRACTION94
3.6712-3.90070.27051620.15822599X-RAY DIFFRACTION94
3.9007-4.2010.20151440.15412640X-RAY DIFFRACTION95
4.201-4.62230.19891280.13222643X-RAY DIFFRACTION95
4.6223-5.28770.20831320.14462667X-RAY DIFFRACTION95
5.2877-6.64880.23241280.17112648X-RAY DIFFRACTION95
6.6488-29.08660.20721430.17262707X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.2759 Å / Origin y: 22.1673 Å / Origin z: 32.9794 Å
111213212223313233
T0.1159 Å2-0.036 Å2-0.0092 Å2-0.1182 Å20.0034 Å2--0.0872 Å2
L0.1165 °2-0.058 °2-0.0171 °2-0.3603 °20.1325 °2--0.287 °2
S-0.0555 Å °0.0001 Å °-0.0405 Å °-0.1367 Å °0.005 Å °-0.0027 Å °-0.0674 Å °0.0012 Å °-0.0105 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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