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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tta | ||||||
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タイトル | Crystal structure of double mutant E. Coli purine nucleoside phosphorylase with 2 FMC molecules | ||||||
![]() | Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type | ||||||
![]() | TRANSFERASE / formicyn A | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine nucleoside interconversion / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine nucleoside catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase activity / DNA damage response / identical protein binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stefanic, Z. / Bzowska, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic snapshots of ligand binding to hexameric purine nucleoside phosphorylase and kinetic studies give insight into the mechanism of catalysis. 著者: Stefanic, Z. / Narczyk, M. / Mikleusevic, G. / Kazazic, S. / Bzowska, A. / Luic, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 305.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 244.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer. One hexamer is found in asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25591.508 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: U0SVH6, UniProt: P0ABP8*PLUS, purine-nucleoside phosphorylase #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 50 mM citric buffer, 32 % ammonium sulphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月3日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97977 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.99→48 Å / Num. obs: 100218 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 21.695 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 16.49 / Num. measured all: 1280788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1k9s 解像度: 2→48 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.68 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.22 Å2 / Biso mean: 16.7794 Å2 / Biso min: 2.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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