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- PDB-4trb: Sulfolobus solfataricus adenine phosphoribosyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4trb
タイトルSulfolobus solfataricus adenine phosphoribosyltransferase
要素Purine phosphoribosyltransferase (GpT-1)
キーワードTRANSFERASE / Sulfolobus / solfataricus / adenine / phosphoribosyltransferase
機能・相同性Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotide binding / PHOSPHATE ION / Purine phosphoribosyltransferase (GpT-1)
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kadziola, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Adenine Phosphoribosyltransferase from Sulfolobus solfataricus Is an Enzyme with Unusual Kinetic Properties and a Crystal Structure that Suggests It Evolved from a 6-Oxopurine Phosphoribosyltransferase.
著者: Jensen, K.F. / Hansen, M.R. / Jensen, K.S. / Christoffersen, S. / Poulsen, J.C. / Mlgaard, A. / Kadziola, A.
履歴
登録2014年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22015年4月8日Group: Database references
改定 1.32015年4月22日Group: Database references
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine phosphoribosyltransferase (GpT-1)
B: Purine phosphoribosyltransferase (GpT-1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0366
ポリマ－48,6562
非ポリマー3804
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.628, 125.628, 69.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 2:210 or resseq 301:302 )
211chain B and (resseq 3:74 or resseq 76:169 or resseq...

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要素

#1: タンパク質 Purine phosphoribosyltransferase (GpT-1)


分子量: 24328.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: gpT-1, SSO2342 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q97W95, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein: 6.2 mg/mL, 25 mM TRIS pH 7.6, 0.1 mM EDTA, Buffer: 0.1 M MES pH 6.5, Precipitant: 30 % Jeffamine M-600

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データ収集

回折平均測定温度: 122 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 24914 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / Net I/σ(I): 23.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.5_2) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NUL and 1VDM

1nul

1vdm


解像度: 2.4→19.721 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2865 1232 5.01 %
Rwork0.2278 --
obs0.2306 24602 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.189 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.5025 Å20 Å20 Å2
2---8.5025 Å2-0 Å2
3---17.005 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.721 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3416 0 20 66 3502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083506
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9854770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9471296
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005588
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1628X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1628X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.063
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.4960.39761340.29962580X-RAY DIFFRACTION100
2.496-2.60930.39921400.28752585X-RAY DIFFRACTION100
2.6093-2.74660.33841300.27822587X-RAY DIFFRACTION100
2.7466-2.91810.37521390.28122579X-RAY DIFFRACTION100
2.9181-3.14260.35991390.27412590X-RAY DIFFRACTION100
3.1426-3.45730.34271410.27112584X-RAY DIFFRACTION100
3.4573-3.95410.27671320.22912591X-RAY DIFFRACTION100
3.9541-4.96850.2251380.18752634X-RAY DIFFRACTION100
4.9685-19.72140.20181390.16282640X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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