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- PDB-4s3n: Crystal structure of human OAS3 domain I in complex with dsRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s3n
タイトルCrystal structure of human OAS3 domain I in complex with dsRNA
要素
  • 2'-5'-oligoadenylate synthase 3
  • RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*CP*UP*UP*UP*AP*UP*GP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*UP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*C)-3')
キーワードTransferase/RNA / transferase / dsRNA / Transferase-RNA complex / OAS / OAS1 / OAS2 / OAS3 / OASL / 2-5A / RNase L
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial translation / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2 / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2, C-terminus / 54S ribosomal protein L28, mitochondrial / Poly(a)-polymerase, middle domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Donovan, J. / Whitney, G. / Rath, S. / Korennykh, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural mechanism of sensing long dsRNA via a noncatalytic domain in human oligoadenylate synthetase 3.
著者: Donovan, J. / Whitney, G. / Rath, S. / Korennykh, A.
履歴
登録2015年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2'-5'-oligoadenylate synthase 3
B: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*CP*UP*UP*UP*AP*UP*GP*AP*A)-3')
C: RNA (5'-R(*UP*UP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3863
ポリマ－53,3863
非ポリマー00
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.700, 104.700, 63.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.8, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 2'-5'-oligoadenylate synthase 3 / (2-5')oligo(A) synthase 3 / 2-5A synthase 3 / p100 OAS / p100OAS


分子量: 41298.398 Da / 分子数: 1 / 断片: Domain 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OAS3, P/OKcl.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6K5, 2'-5' oligoadenylate synthase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*CP*UP*UP*UP*AP*UP*GP*AP*A)-3')


分子量: 6017.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*C)-3')


分子量: 6069.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.25 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 200 mM trisodium citrate, 150 mM NaCl, 12% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月20日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.82 Å / Num. obs: 42802 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IG8

4ig8


解像度: 2→35.479 Å / SU ML: 0.2 / 位相誤差: 24.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2113 2137 5 %5% random
Rwork0.1818 ---
all0.1833 42726 --
obs0.1833 42726 99.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.479 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2704 799 0 292 3795
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073665
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9775146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5862147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066594
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004524
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.04650.36611420.28542716X-RAY DIFFRACTION100
2.0465-2.09770.28141440.25592696X-RAY DIFFRACTION100
2.0977-2.15440.24761390.22672665X-RAY DIFFRACTION100
2.1544-2.21780.25341460.20922739X-RAY DIFFRACTION100
2.2178-2.28940.22611410.20692684X-RAY DIFFRACTION100
2.2894-2.37120.27231410.20842695X-RAY DIFFRACTION100
2.3712-2.46610.22671420.20322702X-RAY DIFFRACTION100
2.4661-2.57830.26971430.2022703X-RAY DIFFRACTION100
2.5783-2.71420.2491410.20252685X-RAY DIFFRACTION100
2.7142-2.88420.24671420.20352720X-RAY DIFFRACTION100
2.8842-3.10670.2551440.19732699X-RAY DIFFRACTION100
3.1067-3.41920.2191430.1912722X-RAY DIFFRACTION100
3.4192-3.91340.19181420.15852690X-RAY DIFFRACTION100
3.9134-4.92830.16211440.14232741X-RAY DIFFRACTION100
4.9283-35.48430.14731430.1522732X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35360.39330.30093.91190.15161.01480.1008-0.0727-0.19210.2081-0.17930.52660.1668-0.25780.06990.2468-0.05060.04740.3312-0.01560.34969.9121-7.326610.3151
21.228-0.2349-0.08435.10370.56951.15770.02920.03250.0484-0.2256-0.0312-0.6062-0.15310.11840.00420.1865-0.0259-0.00620.25780.0240.336927.75315.2844.1342
34.07563.41781.56925.00723.09032.0742-0.05920.6046-0.940.3344-0.62120.32650.6311-1.23320.56312.1534-0.68620.13491.1745-0.15590.869713.437916.991337.2698
43.2281-1.47314.9063.9803-3.49447.9326-0.3292-0.91290.14411.0045-0.48430.82190.0492-1.430.70590.7217-0.1750.09130.7688-0.20950.392416.20384.380326.3548
56.38921.8805-1.15085.2168-2.56454.03510.3439-1.1643-1.16860.722-0.41190.1710.98220.11480.11861.2819-0.1367-0.04230.65580.29550.985522.9381-8.358732.4876
63.5597-1.0696-0.94244.17512.56232.61910.2657-0.6795-0.26941.1723-0.2979-0.19150.10740.04840.01071.1174-0.1840.18260.63620.11870.657713.2591-21.870926.3639
73.3071.0266-1.2716.479-1.75631.3252-0.3928-0.9387-0.43651.06250.0607-0.60250.46650.56950.28271.0176-0.0977-0.05880.72290.13220.67423.5618-21.904825.8904
82.24981.09591.91490.54541.05452.82080.268-0.9660.2431.5599-0.6320.3496-0.6013-0.15460.44141.2708-0.23220.22730.6689-0.10680.615613.1125-9.785329.2044
90.3506-1.37021.41525.5902-5.92376.3713-0.0217-0.762-0.14921.1212-0.4564-0.17720.0116-0.1520.44261.0859-0.1953-0.05120.73710.01520.295223.94743.578833.9703
102.00942.7391.73645.4973-1.0538.13640.0008-0.76950.670.7344-0.30250.6309-1.4902-1.44070.38261.00650.117-0.09240.7984-0.32070.423816.938816.205426.7964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:165)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 166:359)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 1:4)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 5:8)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 9:12)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 13:19)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 1:3)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 4:10)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 11:14)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 15:18)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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