PDB-5c6o: protein B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c6o

タイトル

protein B

要素

BH2163 protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / protein binding

機能・相同性

機能・相同性情報

antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus halodurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3 Å

データ登録者

Lu, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the blockade of MATE multidrug efflux pumps.
著者: Radchenko, M. / Symersky, J. / Nie, R. / Lu, M.

履歴

登録	2015年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c6o.cif.gz	189.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c6o.ent.gz	152.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c6o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5c6o_validation.pdf.gz	696.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c6o_full_validation.pdf.gz	754 KB	表示
XML形式データ	5c6o_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	5c6o_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/5c6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/5c6o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5c6nC 5c6pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c6n-d 3b99-2 3qeb-d 6gwh-d 6hhh-d 4s3n-d 2xfs-1 4i0o-d 6hhg-d 6hph-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BH2163 protein

ヘテロ分子

51.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.059, 94.146, 102.464
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	BH2163 protein 分子量: 50667.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus halodurans (strain ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125) (バクテリア) 株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125 遺伝子: BH2163 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KAX3
#2: 化合物	ChemComp-4YH / (2S)-2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-{[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl](methyl)amino}-2-(propan-2-yl)pentanenitrile 分子量: 454.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₈N₂O₄

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→100 Å / Num. obs: 17597 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 13 % / Net I/σ(I): 25

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
REFMAC	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
SHARP	位相決定

精密化

解像度: 3→15 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	-	-
R_work	0.27	-	-
obs	-	15934	96 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3413	0	33	0	3446

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)