PDB-4s3i: Crystal structure of beta clamp from Helicobacter pylori

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4s3i

タイトル

Crystal structure of beta clamp from Helicobacter pylori

要素

DNA polymerase III subunit beta

キーワード

TRANSFERASE / sliding DNA clamp / processivity promoting factor / DNA replication / DNA

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.946 Å

データ登録者

Pandey, P. / Tarique, K.F. / Abdul Rehman, S.A. / Gourinath, S.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural insight into beta-Clamp and its interaction with DNA Ligase in Helicobacter pylori.
著者: Pandey, P. / Tarique, K.F. / Mazumder, M. / Rehman, S.A. / Kumari, N. / Gourinath, S.

履歴

登録	2015年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月17日	Group: Database references
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4s3i.cif.gz	309.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4s3i.ent.gz	253.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4s3i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4s3i_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4s3i_full_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示
XML形式データ	4s3i_validation.xml.gz	30.9 KB	表示
CIF形式データ	4s3i_validation.cif.gz	44.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/4s3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/4s3i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rkiSC 5frqC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5g48-1 5g48-2 5g4q-2 5fxt-1 4rki-1 6fvn-1 5agv-2 5g4q-1 5ah2-2 5fve-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (8)

登録構造単位

A: DNA polymerase III subunit beta

B: DNA polymerase III subunit beta

87 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA polymerase III subunit beta

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA polymerase III subunit beta

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.502, 65.474, 88.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.03, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	2 - 375
2	0	1	0	B	2 - 375

#1: タンパク質	DNA polymerase III subunit beta / beta clamp 分子量: 43511.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) 遺伝子: C694_02570 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: K4NBW6, UniProt: O25242*PLUS, DNA-directed DNA polymerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 6% PEG20000, 20% PEG550 MME, 0.1 M HEPES+MOPS, pH 7.3, 0.2 M ammonium citrate dibasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月4日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.946→79.886 Å / Num. all: 62706 / Num. obs: 60925 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 38.35
反射シェル	解像度: 1.946→1.98 Å / 冗長度: 9.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.88 / R_sym value: 0.49 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.3_928	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0085	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4RKI

4rki

解像度: 1.946→30.082 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 45.85 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2504	3073	5.07 %
R_work	0.2142	-	-
obs	0.2161	60560	96.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.528 Å² / k_sol: 0.32 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.0742 Å²	0 Å²	-1.223 Å²
2-	-	6.0045 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.0697 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.397 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.946→30.082 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5934	0	0	391	6325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6048
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.114	8144
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.419	2296
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	950
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1028

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 49242 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9456-1.976	0.3363	44	0.3503	1114	X-RAY DIFFRACTION	41
1.976-2.0083	0.3205	151	0.315	2588	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0083-2.043	0.3403	147	0.2918	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.043-2.0801	0.3235	133	0.2904	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0801-2.1201	0.33	153	0.2784	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1201-2.1634	0.2682	131	0.2737	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1634-2.2104	0.3034	134	0.2625	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2104-2.2618	0.2807	142	0.2425	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2618-2.3183	0.3029	146	0.2336	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3183-2.381	0.2903	164	0.229	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.381-2.451	0.3012	149	0.2382	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.451-2.5301	0.262	148	0.2345	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5301-2.6205	0.2772	138	0.2416	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6205-2.7253	0.264	138	0.2352	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7253-2.8493	0.3127	121	0.2317	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8493-2.9994	0.2703	138	0.2242	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9994-3.1871	0.2744	145	0.2184	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1871-3.4329	0.2394	153	0.2033	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4329-3.7777	0.2036	145	0.1935	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7777-4.323	0.2032	148	0.1648	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
4.323-5.4412	0.1962	150	0.1593	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4412-30.0855	0.2283	155	0.1958	2574	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6498	0.0375	-0.4812	0.029	-0.2576	1.7599	-0.0662	-0.0156	0.1649	0.0067	-0.0226	-0.0598	-0.0303	0.215	0.0751	0.2978	-0.039	-0.0037	0.246	0.0498	0.4645	58.8396	65.5344	11.2075
2	0.6254	-0.135	-0.2306	0.0295	0.091	0.3303	0.1013	0.2621	0.0154	-0.038	-0.1261	0.0337	-0.0355	-0.174	-0.0226	0.1377	-0.01	0.0168	0.164	-0.1144	0.2326	86.6557	32.7989	28.737

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 1:374)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq 1:374)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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