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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rxc | ||||||
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タイトル | T. Brucei Farnesyl Diphosphate Synthase Complexed with Homorisedronate BPH-6 | ||||||
![]() | Farnesyl pyrophosphate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cao, R. / Liu, Y.-L. / Oldfield, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Farnesyl diphosphate synthase inhibitors with unique ligand-binding geometries. 著者: Liu, Y.L. / Cao, R. / Wang, Y. / Oldfield, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44475.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HRX / [ #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75 詳細: 10% MPD, 0.1 AMMONIUM ACETATE, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月16日 |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 41878 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 56.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.31→40.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 7.362 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 134.35 Å2 / Biso mean: 43.137 Å2 / Biso min: 21.14 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31→40.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.307→2.367 Å / Total num. of bins used: 20
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