PDB-4rv1: Crystal Structure of Engineered Protein. Northeast Structural Gen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rv1

タイトル

Crystal Structure of Engineered Protein. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR497.

要素

Engineered Protein OR497

キーワード

DE NOVO PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / ENGINEERED PROTEIN / NESG / OR497 / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM

機能・相同性

Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.573 Å

データ登録者

Vorobiev, S. / Parmeggiani, F. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Engineered Protein OR497.
著者: Vorobiev, S. / Parmeggiani, F. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.

履歴

登録	2014年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rv1.cif.gz	875 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rv1.ent.gz	737.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rv1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rv1_validation.pdf.gz	492 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rv1_full_validation.pdf.gz	558.8 KB	表示
XML形式データ	4rv1_validation.xml.gz	90.1 KB	表示
CIF形式データ	4rv1_validation.cif.gz	126.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/4rv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/4rv1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ekg-d 5w4g-d 6bvv-d 1g3j-2 6d7m-d 6bwa-d 1ee4-2 5h2x-d 6bwb-d 6d7n-d 4xzr-d 6p6e-d 3zip-d 6p6a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NESG-OR497

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Engineered Protein OR497

B: Engineered Protein OR497

C: Engineered Protein OR497

D: Engineered Protein OR497

E: Engineered Protein OR497

F: Engineered Protein OR497

ヘテロ分子

258 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Engineered Protein OR497

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Engineered Protein OR497

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Engineered Protein OR497

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Engineered Protein OR497

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Engineered Protein OR497

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Engineered Protein OR497

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.265, 99.265, 432.183
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

詳細

monomer,42.25 kD,91.7%

#1: タンパク質	Engineered Protein OR497 分子量: 42917.348 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 遺伝子: ARTIFICIAL GENE / プラスミド: PET21_NESG, OR497-21.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.47 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 7.5 詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 40% PEG 400, 0.1M calcium acetate, 0.1M sodium acetate, 3% ethylene glycol , microbatch under ...詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 40% PEG 400, 0.1M calcium acetate, 0.1M sodium acetate, 3% ethylene glycol , microbatch under paraffin oil, temperature 291K

結晶

マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.47 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 40% PEG 400, 0.1M calcium acetate, 0.1M sodium acetate, 3% ethylene glycol , microbatch under ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97907 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月9日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.57→50 Å / Num. all: 151143 / Num. obs: 148422 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 55.48 Å² / R_merge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2.57→2.66 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique all: 15055 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HXT

4hxt

解像度: 2.573→48.02 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 24.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	7384	5.01 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.203	147337	97.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 204.1 Å² / B_iso mean: 78.135 Å² / B_iso min: 21.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.573→48.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17608	0	8	499	18115

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	17674
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.073	23986
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	3128
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3116
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.615	6474

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.573-2.602	0.308	281	0.269	4596	4877	97
2.602-2.633	0.309	249	0.273	4716	4965	100
2.633-2.665	0.364	254	0.318	4730	4984	99
2.665-2.699	0.397	268	0.314	4793	5061	100
2.699-2.734	0.305	228	0.262	4801	5029	100
2.734-2.772	0.313	215	0.264	4834	5049	100
2.772-2.811	0.311	256	0.261	4721	4977	100
2.811-2.853	0.272	245	0.234	4829	5074	100
2.853-2.898	0.263	227	0.225	4762	4989	100
2.898-2.945	0.303	231	0.237	4805	5036	100
2.945-2.996	0.27	233	0.229	4874	5107	100
2.996-3.051	0.276	242	0.233	4751	4993	100
3.051-3.109	0.259	248	0.235	4787	5035	100
3.109-3.173	0.304	297	0.246	4727	5024	100
3.173-3.242	0.292	269	0.246	4801	5070	100
3.242-3.317	0.283	277	0.247	4766	5043	100
3.317-3.4	0.226	266	0.236	4663	4929	98
3.4-3.492	0.308	250	0.226	4590	4840	97
3.492-3.595	0.249	264	0.217	4766	5030	99
3.595-3.711	0.383	168	0.354	3267	3435	68
3.711-3.843	0.26	226	0.206	4697	4923	97
3.843-3.997	0.305	199	0.249	4024	4223	83
3.997-4.179	0.191	254	0.159	4734	4988	100
4.179-4.399	0.196	217	0.152	4787	5004	100
4.399-4.674	0.187	223	0.15	4800	5023	100
4.674-5.035	0.166	243	0.151	4818	5061	100
5.035-5.541	0.206	318	0.161	4743	5061	100
5.541-6.341	0.215	249	0.179	4748	4997	100
6.341-7.984	0.159	282	0.139	4723	5005	100
7.984-48.029	0.153	205	0.155	4300	4505	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6671	0.1556	-0.4843	0.2005	-0.2203	1.6229	-0.0387	-0.0102	0.0021	0.0393	-0.0067	-0.0203	-0.0201	0.1326	-0.0001	0.2395	0.0051	-0.0064	0.2357	0.013	0.3074	44.3778	-22.814	16.484
2	0.934	-0.286	-0.6806	0.435	0.2774	1.0209	-0.0133	-0.0173	0.0641	0.1007	0.0095	-0.0649	-0.0548	0.0168	0	0.3203	0.0539	-0.0342	0.2511	0.0232	0.2588	0.5455	4.5236	28.5209
3	0.1862	-0.0148	0.0145	0.456	0.426	1.2182	-0.0454	-0.0056	0.033	-0.004	-0.014	-0.0137	-0.0733	0.0802	-0	0.2986	0.0282	-0.0196	0.2778	0.0301	0.2681	5.1955	-3.149	42.5538
4	0.6916	-0.0385	0.2065	0.7338	-0.5433	0.9098	0.0388	0.0482	-0.152	0.0197	-0.061	0.0288	0.0766	0.0428	-0.0003	0.2701	-0.0023	0.0249	0.2032	-0.0127	0.3162	42.1806	-31.4512	2.1032
5	0.6621	0.2938	-0.0932	1.1335	0.0113	2.722	-0.1033	-0.0017	-0.0512	-0.2531	0.0926	0.284	-0.0109	0.1376	-0	0.7073	0.0374	0.0018	0.5898	-0.0999	0.6311	44.0073	-27.6654	-56.5909
6	1.627	-0.1809	0.2202	0.7875	0.2636	2.1931	0.0686	-0.1527	-0.2671	0.14	0.1342	0.1674	0.1204	0.4453	0.0007	0.7811	0.0755	-0.0309	0.7074	-0.1134	0.6337	50.4286	-35.4097	-68.8958

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	1 - 413
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	2 - 415
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	1 - 412
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	1 - 415
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E	E	1 - 412
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F	F	1 - 411

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)