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- PDB-4rui: Crystal structure of a cytochrome P450 2A6 in complex with a mono... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rui
タイトルCrystal structure of a cytochrome P450 2A6 in complex with a monoterpene - sabinene.
要素Cytochrome P450 2A6
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / CYTOCHROME P450 2A6 / MONOOXYGENASE / MEMBRANE PROTEIN / CYP2A6 / ENDOPLASMIC RETICULUM / HEME / IRON / MEMBRANE / METAL BINDING / MICROSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


coumarin catabolic process / coumarin 7-hydroxylase activity / coumarin metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / CYP2E1 reactions / arachidonic acid epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / steroid metabolic process ...coumarin catabolic process / coumarin 7-hydroxylase activity / coumarin metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / CYP2E1 reactions / arachidonic acid epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / steroid metabolic process / cytoplasmic microtubule / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2A-like / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Sabinene / Cytochrome P450 2A6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Shah, M.B. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2015
タイトル: Structural and Biophysical Characterization of Human Cytochromes P450 2B6 and 2A6 Bound to Volatile Hydrocarbons: Analysis and Comparison.
著者: Shah, M.B. / Wilderman, P.R. / Liu, J. / Jang, H.H. / Zhang, Q. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
履歴
登録2014年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Cytochrome P450 2A6
A: Cytochrome P450 2A6
B: Cytochrome P450 2A6
C: Cytochrome P450 2A6
E: Cytochrome P450 2A6
F: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,54618
ポリマ－328,0306
非ポリマー4,51612
水5,621312
1
D: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4243
ポリマ－54,6721
非ポリマー7532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4243
ポリマ－54,6721
非ポリマー7532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4243
ポリマ－54,6721
非ポリマー7532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4243
ポリマ－54,6721
非ポリマー7532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4243
ポリマ－54,6721
非ポリマー7532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4243
ポリマ－54,6721
非ポリマー7532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.740, 132.970, 133.030
Angle α, β, γ (deg.)62.40, 99.06, 80.93
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
12D
22B
13D
23C
14D
24E
15D
25F
16A
26B
17A
27C
18A
28E
19A
29F
110B
210C
111B
211E
112B
212F
113C
213E
114C
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPRODA31 - 4939 - 471
21PROPROAB31 - 4939 - 471
12HISHISDA31 - 4959 - 473
22HISHISBC31 - 4959 - 473
13PROPRODA31 - 4939 - 471
23PROPROCD31 - 4939 - 471
14HISHISDA31 - 4959 - 473
24HISHISEE31 - 4959 - 473
15HISHISDA31 - 4959 - 473
25HISHISFF31 - 4959 - 473
16PROPROAB31 - 4939 - 471
26PROPROBC31 - 4939 - 471
17ARGARGAB31 - 4949 - 472
27ARGARGCD31 - 4949 - 472
18PROPROAB31 - 4939 - 471
28PROPROEE31 - 4939 - 471
19PROPROAB31 - 4939 - 471
29PROPROFF31 - 4939 - 471
110PROPROBC31 - 4939 - 471
210PROPROCD31 - 4939 - 471
111HISHISBC31 - 4959 - 473
211HISHISEE31 - 4959 - 473
112HISHISBC31 - 4959 - 473
212HISHISFF31 - 4959 - 473
113PROPROCD31 - 4939 - 471
213PROPROEE31 - 4939 - 471
114PROPROCD31 - 4939 - 471
214PROPROFF31 - 4939 - 471
115HISHISEE31 - 4959 - 473
215HISHISFF31 - 4959 - 473

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
詳細The crystal structure contains 6 identical chains, chain A through chain F in the asymmetric unit.

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 2A6 / 1 / 4-cineole 2-exo-monooxygenase / CYPIIA6 / Coumarin 7-hydroxylase / Cytochrome P450 IIA3 / ...1 / 4-cineole 2-exo-monooxygenase / CYPIIA6 / Coumarin 7-hydroxylase / Cytochrome P450 IIA3 / Cytochrome P450(I)


分子量: 54671.637 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Remark: The residues 1-28 of the corresponding database sequence (UNP P11509) were replaced with the sequence MAKKTS. MET A 23 UNP P11509 SEE REMARK ALA A 24 UNP P11509 SEE REMARK LYS A 25 ...詳細: Remark: The residues 1-28 of the corresponding database sequence (UNP P11509) were replaced with the sequence MAKKTS. MET A 23 UNP P11509 SEE REMARK ALA A 24 UNP P11509 SEE REMARK LYS A 25 UNP P11509 SEE REMARK LYS A 26 UNP P11509 SEE REMARK THR A 27 UNP P11509 SEE REMARK SER A 28 UNP P11509 SEE REMARK HIS A 495 UNP P11509 EXPRESSION TAG HIS A 496 UNP P11509 EXPRESSION TAG HIS A 497 UNP P11509 EXPRESSION TAG HIS A 498 UNP P11509 EXPRESSION TAG
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2A3, CYP2A6 / プラスミド: pCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: P11509, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P11509, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-SNE / Sabinene / (1S,5S)-4-methylidene-1-(propan-2-yl)bicyclo[3.1.0]hexane / (-)-サビネン


分子量: 136.234 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.3 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, and 25% w/v PEG 2K MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月28日
放射モノクロメーター: Si (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→113.76 Å / Num. all: 122464 / Num. obs: 110464 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.53 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.61→2.67 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 65.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.61→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / Redundancy reflection obs: 3.53 / SU B: 15.674 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.347 / ESU R Free: 0.351 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26071 5003 5 %RANDOM
Rwork0.19658 ---
all0.19976 104918 --
obs0.19976 94636 90.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.17 Å20.47 Å2-0.42 Å2
2---1.26 Å20.5 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21885 0 318 312 22515
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01922772
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0221028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.97430913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.191348164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.57252782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.78923.5141087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.901153635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.61315161
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.23301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02126181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.025657
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11D296370.05
12A296370.05
21D299470.05
22B299470.05
31D282410.06
32C282410.06
41D282290.06
42E282290.06
51D282390.05
52F282390.05
61A297490.04
62B297490.04
71A283060.06
72C283060.06
81A281170.06
82E281170.06
91A280320.05
92F280320.05
101B282080.05
102C282080.05
111B282140.06
112E282140.06
121B282410.05
122F282410.05
131C275240.06
132E275240.06
141C277740.05
142F277740.05
151E278500.05
152F278500.05
LS精密化 シェル解像度: 2.609→2.677 Å / Total num. of bins used: 20 / Redundancy reflection obs: 2.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 262 -
Rwork0.36 4543 -
obs-4543 59.45 %

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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