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- PDB-4rsv: Human Obscurin Ig58 Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rsv
タイトルHuman Obscurin Ig58 Domain
要素Obscurin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Ig-like / cytoskeletal / Titin / Myocytes
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to M-band / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / M band / regulation of small GTPase mediated signal transduction / structural constituent of muscle / ankyrin binding / sarcomere organization ...protein localization to M-band / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / M band / regulation of small GTPase mediated signal transduction / structural constituent of muscle / ankyrin binding / sarcomere organization / NRAGE signals death through JNK / RHOQ GTPase cycle / myofibril / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / RHOA GTPase cycle / titin binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / sarcolemma / Z disc / G alpha (12/13) signalling events / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / nuclear body / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Obscurin, SH3 domain / : / : / SOS1/NGEF-like PH domain / IQ calmodulin-binding motif / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. ...Obscurin, SH3 domain / : / : / SOS1/NGEF-like PH domain / IQ calmodulin-binding motif / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / IQ motif profile. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Wright, N.T. / Oehler, M.C. / Berndsen, C.E. / Du Pont, K.E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Arrhythmia and deregulated Ca2+ cycling underlie the development of hypertrophic cardiomyopathy due to mutant giant obscurin
著者: Hu, L.Y.R. / Ackermann, M.A. / Hecker, P.A. / Prosser, B.L. / King, B. / O'Connell, K.A. / Asico, L.D. / Jose, P.A. / Wright, N.T. / Oehler, M.C. / Berndsen, C.E. / Du Pont, K.E. / Meyer, L.C. ...著者: Hu, L.Y.R. / Ackermann, M.A. / Hecker, P.A. / Prosser, B.L. / King, B. / O'Connell, K.A. / Asico, L.D. / Jose, P.A. / Wright, N.T. / Oehler, M.C. / Berndsen, C.E. / Du Pont, K.E. / Meyer, L.C. / Lederer, W.J. / Kontrogianni-Konstantopoulos, A.
履歴
登録2014年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Obscurin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4241
ポリマ－11,4241
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.482, 44.482, 177.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Obscurin / Obscurin-RhoGEF / Obscurin-myosin light chain kinase / Obscurin-MLCK


分子量: 11423.818 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4337-4429 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OBSCN, KIAA1556, KIAA1639 / プラスミド: PET24A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)
参照: UniProt: Q5VST9, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 0.3-0.5M NaCl 19-23% PEG 3350 10.52-11.35 mg/ml, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 170 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月10日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.411→37.64 Å / Num. obs: 4329 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.03344 / Rsym value: 0.04104 / Net I/σ(I): 29.47
反射 シェル解像度: 2.56→2.62 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.3173 / Mean I/σ(I) obs: 3.08 / Rsym value: 0.04104 / % possible all: 69.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CR6, 2YZ8, 2E7B, 2RQ8

2cr6

2yz8

2e7b

2rq8


解像度: 2.41→37.64 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数
Rfree0.28 433
Rwork0.26 -
obs0.26 4329
all-11201
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→37.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数706 0 0 1 707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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